| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,130,055 | A→T | 17.0% | V25E (GTA→GAA) | flgM ← | anti‑sigma factor for FliA (sigma 28) |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,130,055 | 0 | A | T | 17.0% | 175.7 / 3.9 | 79 | V25E (GTA→GAA) | flgM | anti‑sigma factor for FliA (sigma 28) |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (3/58); new base T (11/4); total (16/63) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.27e-08 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GACGTGTCATACGATCAGTTACTCTGCAAGTCTTGCTGCGCTTCGTTGATCAGCGCATCGGCAATTTTGCCGGTGTCCATTTTTAGTTCACCGTTACGAATCGCCAGTTTTAACGCTTCGACACGTTCAAGATTGATATCACTGCTGCCGGGTTGCATCAGTTTTGCTTGCGCGTCGCTTAACGTCACACTGGTGCTGGTGGAGGCGGT‑TG‑TTTTTGCCGCCCGGCTGTTCGTTAC‑CGGCGCGTCAG‑TGGTTTCGCGCGGTTGAACGGTGCTTACAGGCTTCAGAGGCGAAGTGCGATCAATACTCATGGTTTATTCCTCATTGAGGGCGCTTTTATCATGTGTTGCTTATTTATCGGCAAGGGACGGGTAATCTTTAACAGCTTACAGGTTTATAAGAATATTCCCATCTGCATCAACAACGCCGCTGACTACCTGTCCCGATACCATGCGCACCCGCGCATTCTGTGC > NC_000913/1129821‑1130290 | gACGTGTCATACGATCAGTTACTCTGCAAGTCTTGCTGCGCTTCGTTGATCAGCGCATCGGCAATTTTGCCGGTGTCCATTTTTAGTTCACCGTTACGAATCGCCAGTTTTAACGCTTCGACACGTTCAAGATTGATATCACTGCTGCCGGGTTGCATCAGTTTTGCTTGCGCGTCGCTTAACGTCACACTGGTGCTGGTGGAGGCGGT‑TG‑ATTTTGCCGCCCGTCCTTTCGTTAC‑Cg > 1:104809/1‑238 (MQ=255) 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GACGTGTCATACGATCAGTTACTCTGCAAGTCTTGCTGCGCTTCGTTGATCAGCGCATCGGCAATTTTGCCGGTGTCCATTTTTAGTTCACCGTTACGAATCGCCAGTTTTAACGCTTCGACACGTTCAAGATTGATATCACTGCTGCCGGGTTGCATCAGTTTTGCTTGCGCGTCGCTTAACGTCACACTGGTGCTGGTGGAGGCGGT‑TG‑TTTTTGCCGCCCGGCTGTTCGTTAC‑CGGCGCGTCAG‑TGGTTTCGCGCGGTTGAACGGTGCTTACAGGCTTCAGAGGCGAAGTGCGATCAATACTCATGGTTTATTCCTCATTGAGGGCGCTTTTATCATGTGTTGCTTATTTATCGGCAAGGGACGGGTAATCTTTAACAGCTTACAGGTTTATAAGAATATTCCCATCTGCATCAACAACGCCGCTGACTACCTGTCCCGATACCATGCGCACCCGCGCATTCTGTGC > NC_000913/1129821‑1130290 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |