| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,426,178 | 0 | A | T | 4.9% | 330.3 / 3.5 | 106 | intergenic (+96/‑276) | ydaY/tmpR | pseudogene, Rac prophage,Phage or Prophage Related/Rac prophage, pseudogene, tail protein family,Phage or Prophage Related, putative alpha helix protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (32/64); new base T (3/2); total (38/68) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.38e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.93e-01 | |||||||||||
Only 100 of 106 total aligned reads displayed.
AGAGCAGCAGAAGCAGGATACGATAAAAAAGCCATAGCTGCCCAGCGGTGGTTATCGGAGTTCGGGGGAGAAAGGGGGGAAAAGGC‑AAGATGGAAGCGAGAAAAACTCAGGTTGCCACCGATACCGGAACCAGAAATAGACCCGGTGCTTAAGGAGTTGTTGTACGCCTATTCGGTAATATCCCGTGCCCGACGTTATGCTGGAATGGCTGGGGTGCCTTTGCCTTTATCTCTGACAGAGATAAATGAATATTTAGCCACTCATCCGGTATTGATTGAGCGCGATGAATTTGAAGCAGTGATC‑TTTGCACTGGATGACCAGTATTTTCAGGAGCAGTGTGTGTAGTTGTTAATTACGTACACTCTG‑TTACAGAGATGTGATGGTGTCTTTAATTAAATCGATGATGCTCCTGGAGAAAAGCATTGCGTGGCCTCGTAATCGCTATATC > NC_000913/1425944‑1426391 | agagCAGCAGAAGCAGGATACGATAAAAAAGCCATAGCTGCCCAGCGGTGGTTATCGGAGTTCGGGGGAGAAAGGGGGGAAAAGGC‑AAGATGGAAGCGAGAAAAACTCAGGTTGCCACCGATACCGGAACCAGAAATAGACCCGGTGCTTAAGGAGTTGTTGTACGCCTATTCGGTAATATCCCGTGCCCGACGTTATGCTGGAATGGCTGGGGTGCCTTTGCCTTTATCTCTGACaga > 1:971225/1‑239 (MQ=255)agagCAGCAGAAGCAGGATACGATAAAAAAGCCATAGCTGCCCAGCGGTGGTTATCGGAGTTCGGGGGAGAAAGGGGGGAAAAGGC‑AAGATGGAAGCGAGAAAAACTCAGGTTGCCACCGATACCGGAACCAGAAATAGACCCGGTGCTTAAGGAGTTGTTGTACGCCTATTCGGTAATATCCCGTGCCCGACGTTATGCTGGAATGGCTGGGGTGCCTTTGCCTTTATCTCTGACaga > 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |