| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,428,370 | A→G | 6.5% | R119R (CGT→CGC) | insH1 ← | IS5 transposase and trans‑activator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,428,370 | 0 | A | G | 6.5% | 332.1 / 6.4 | 134 | R119R (CGT→CGC) | insH1 | IS5 transposase and trans‑activator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (64/58); new base G (6/5); total (71/63) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.50e-01 | |||||||||||
Only 100 of 134 total aligned reads displayed.
CGCGGTGGTGACCAGGCTGTGGGTCAGGCCACTCTTGGCATCGACACCAATGTGGGCCTTCATGCCAAAGTGCCACTGATTGCCTTTCT‑TGGTCTGATGCATCTCCGGATCGCGTTGCTGCTCTTTGTTCTTGGTAGAGCT‑GGGTGCCTCAATGATGGTGGCATCCACCAAAGTGCCTTGGGTCATCATGACGC‑CTGCTTCGGCCAGCCAGCGATTGATGGTCTTGAACAATTGACGGGCCAGTTGATGCTGCTCGAGCAGGTGGCGGAAATTCATGATGGTGGTGCGATCCGGCAGGGCGCTATCCAGGGATAATCGGGCAAACAGGCGCATGGAGGCGATTTCGTACAGGGCATCTTCCATGGCACCGTCGCT‑CAGGTTGTACCAATGCTGCATGCAGTGAATACGCAGCATGGTCTCCAGCGGAT‑AGGGCCGTCGGCCATTGCCCGCCTTGGGATAAAACGGCTCGAT > NC_000913/1428136‑1428606 | cggggtggtGACCAGGCTGTGGGTCAGGCCACTCTTGGCATCGACACCAATGTGGGCCTTCATGCCAAAGTGCCACTGATTGCCTTTCT‑TGGTCTGATGCATCTCCGGATCGCGTTGCTGCTCTTTGTTCTTGGTAGAGCT‑GGGTGCCTCAATGATGGTGGCATCCACCAAAGTGCCTTGGGTCATCATGACGC‑CTGCTTCGGCCAGCCAGCGATTGATGGTCTTGAACAATTGACggg < 1:404167/236‑1 (MQ=37) gcgGTGGTGACCAGGCTGTGGGTCAGGCCACTCTTGGCATCGACACCAATGTGGGCCTTCATGCCAAAGTGCCACTGATTGCCTTTCT‑TGGTCTGATGCATCTCCGGATCGCGTTGCTGCTCTTTGTTCTTGGTAGAGCT‑GGGTGCCTCAATGATGGTGGCATCCACCAAAGTGCCTTGGGTCATCATGACGC‑CTGCTTCGGCCAGCCAGCGATTGATGGTCTTGAACAATTGACggg < 1:677952/238‑1 (MQ=37) gCTGTGGGTCAGGCCACTCTTGGCATCGACACCAATGTGGGCCTTCATGCCAAAGTGCCACTGATTGCCTTTCT‑TGGTCTGATGCATCTCCGGATCGCGTTGCTGCTCTTTGTTCTTGGTAGAGCT‑GGGTGCCTCAATGATGGTGGCATCCACCAAAGTGCCTTGGGTCATCATGACGC‑CTGCTTCGGCCAGCCAGCGATTGATGGCCTTGAACAATTGAAGGGCCAGTTGTtgcggcc > 2:485626/1‑238 (MQ=255) aGGCCACTCTTGGCATCGACACCAATGTGGGCCTTCATGCCAAAGTGCCACTGATTGCCTTTCT‑TGGTCTGATGCATCTCCGGATCGCGTTGCTGCTCTTTGTTCTTGGTAGAGCT‑GGGTGCCTCAATGATGGTGGCATCCACCAAAGTGCCTTGGGTCATCATGAGGC‑CTGCTTCGGCCAGCCAGCGATTGTGGGTCTTGAACAATTGACGGGCCAGTTgtgccggtcggagaagggg > 2:208144/1‑221 (MQ=11) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |