| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,478,311 | A→G | 18.3% | E29G (GAG→GGG) | ynbB → | putative CDP‑diglyceride synthase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,478,311 | 0 | A | G | 18.3% | 166.6 / 6.4 | 73 | E29G (GAG→GGG) | ynbB | putative CDP‑diglyceride synthase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (2/54); new base G (10/4); total (13/60) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.47e-07 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GCGTTAATATTTGGTCTGTGGGGTCTGGCCGTTGCCATTTATCCACAGTGGATGCAGTGGAATAATCTTTTATGGAGCATTGCTTCAATTCTGCTTCTCTGGACTGCGATTAATCGTTGTCGGAGTGTGCTTCTTATGAGCGCTGAAATATAATGCTGGAAAAATCTCTGGCAACACTTTTCGCGTTGTTAA‑TTTTAGCAACGCTGATAAACCGTTTTCTGCTATGGCGGTTACC‑G‑GAGAGAAAAGGGGGTGA‑GGTTACATTACGTATTCGTACC‑TGGTGGGGCATCGTCATTTGTTTTTCAAT‑GGTGATTTCAGGTCCACGCTGGATGACGTTGACGTTTTTTGCGCTGATAAGTTTTCTGGCATTGAAAGAATATTGTACGCTTATATCTGTACATTTTCCGCGTTGGTTATATTGGGGTATTCCTCTTAACTATTTGCTTATCGGTTTTAATTGCTTTGAGCTGTTTCTG > NC_000913/1478074‑1478546 | gttttAATTTTTGGTTTGTGGGTTTTGGCCGTTGCCATTTATCCAAAGTGGATGCAGTGGAATAATCTTTTATGGAGCATTGCTTCAATTCTGCTTCTCTGGACTGCGATTAATCGTTGTCGGAGTGTGCTTCTTATGAGCGCTGAAATATAATGCTGGAAAAATCTCTGGCAACACTTCTCGCGTTGTTAA‑TTTTAGCAACGCTGATAAACCGTTTTCTGCTATGGCGGTTACC‑G‑gag < 2:495580/236‑1 (MQ=255)gcgTTAATATTTGGTCTGTGGGGTCTGGCCGTTGCCATTTATCCACAGTGGATGCAGTGGAATAATCTTTTATGGAGCATTGCTTCAATTCTGCTTCTCTGGACTGCGATTAATCGTTGTCGGAGTGTGCTTCTTATGAGCGCTGAAATATAATGCTGGAAAAATCTCTGGCAACACTTTTCGCGTTGTTAA‑TTTTAGCAACGCTGATAAACCGTTTTCTGCTATGGCGGTTACC‑G‑gag < 1:1685/239‑1 (MQ=255) atatTTGGTCTGTGGGGTCTGGCCGTTGCCATTTATCCACAGTGGATGCAGTGGAATAATCTTTTATGGAGCATTGCTTCAATTCTGCTTCTCTGGACTGCGATTAATCGTTGTCGGAGTGTGCTTCTTATGAGCGCTGAAATATAATGCTGGAAAAATCTCTGGCAACACTTTTCGCGTTGTTAA‑TTTTAGCAACGCTGATAAACCGTTTTCTGCTATGGCGGTTACC‑G‑GAGAGaaaa < 1:228715/239‑1 (MQ=255) ggTTTGTTGGGTTTGGCCTTTGCCATTTTTCCACAGTGGATGCAGTGGAATTATCTTTTATGGAGCATTGCTTCAATTCTGCTTCTCTGGACTGCGATTAATCGTTGTCGGAGTGTGCTTCTTATGAGCGCTGAAATATAATGCTGGAAAAATCTCTGGCAACACTTTTCGCGTTGTTAA‑TTTTAGCAACGCTGATAAACCGTTTTCTGCTATGGCGGTTACC‑G‑GAGAGAAAAGGGGGt < 2:520699/239‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |