| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 144,068 | C→T | 14.9% | L123L (CTG→TTG) | yadH → | putative ABC transporter permease |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 144,068 | 0 | C | T | 14.9% | 173.3 / 4.7 | 81 | L123L (CTG→TTG) | yadH | putative ABC transporter permease |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (22/45); new base T (11/2); total (34/47) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.17e-03 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
ATTGGTTCGCGTATTGGCGATATGCATGGCTTCAGCTATATGCAGTTCATCGTACCGGGGCTGATCATGATGTCGGTGATCACCAATGCCTACGCCAACGTTGCGTCATCATTTTTTGGTGCCAAGTTCCAGCGTAATATTGAAGAGCTGCTGGTAGCGCCGGTTCCGACTCACGTCATTATTGCCGGATATGTCGGCGGTG‑GC‑GTGGCGCGTGGTCTGTTTGTTGGCA‑TTCTGGTGACGGCAATTT‑CACTGTTTTTTGTG‑CCATTTCAGGTGCATTCGTGGGTATTCGTTGCCTT‑AACGCTGGTGCT‑CAC‑GGC‑GGTGTTGTTCTCCCTTGCGGGTTTGCTGAAC‑GGTGTGTTTGCCAAAACGTTCGATGACATCAGCCTGGTGCCAACCTTTGTGTTAACGCCACTCACGTATTTGGGCGGGGTCTTTTACTCACTGACTTTGTTGCCGCCGTTCTGGCA > NC_000913/143837‑144297 | aTTGGTTCGCGTATTGGCGATATGCATGGCTTCAGCTATATGCAGTTCATCGTACCGGGGCTGATCATGATGTCGGTGATCACCAATGCCTACGCCAACGTTGCGTCATCATTTTTTGGTGCCAAGTTCCAGCGTAATATTGAAGAGCTGCTGGTAGCGCCGGTTCCGACTCACGTCATTATTGCCGGATATGTCGGCGGTG‑GC‑GGGGGGCGGGGGCTGTTTTTTGGGA‑TTTTggggtg > 1:898869/1‑235 (MQ=255)aTTGGTTCGCGTATTGGCGATATGCATGGCTTCAGCTATATGCAGTTCATCGTACCGGGGCTGATCATGATGTCGGTGATCACCAATGCCTACGCCAACGTTGCGTCATCATTTTTTGGTGCCAAGTTCCAGCGTAATATTGAAGAGCTGCTGGTAGCGCCGGTTCCGACTCACGTCATTATTGCCGGAAATGTCGGCGGTG‑GG‑GGGGGGCGGGGGTGGTTTGTGGGCG‑TTATtgtgcc > 1:75649/1‑237 (MQ=255) ttGGTTCGCGTATTGGCGATATGCATGGCTTCAGCTATATGCAGTTCATCGTACCGGGGCTGATCATGATGTCGGTGATCACCAATGCCTACGCCAACGTTGCGTCATCATTTTTTGGTGCCAAGTTCCAGCGTAATATTGAAGAGCTGCTGGTAGCGCCGGTTCCGACTCACGTCATTATTGCCGGATATTTCGGCGGTG‑GC‑GTGGGGCGTGGGCTGTTTGTTGGCA‑TTTTGGTgtgg > 1:367099/1‑236 (MQ=255) tggCATGGCTTTAGCTTTTTGCCTTTCATCGTACCGGGGCTGATCATGATGTCGGTGATCACCAATGCCTACGCCAACGTTGCGTTATCATTTTTTGGTGCCAAGTTCCAGCGTAATATTGAAGAGCTGCTGGTAGCGCCGGTTCCGACTCACGTCATTATTGCCGGATATGTCGGCGGTG‑GC‑GTGGCGCGTGGTCTGTTTGTTGGCA‑TTCTGGTGACGGCAATTT‑CACTGTTTTTtgt < 2:145370/237‑1 (MQ=255) 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ATTGGTTCGCGTATTGGCGATATGCATGGCTTCAGCTATATGCAGTTCATCGTACCGGGGCTGATCATGATGTCGGTGATCACCAATGCCTACGCCAACGTTGCGTCATCATTTTTTGGTGCCAAGTTCCAGCGTAATATTGAAGAGCTGCTGGTAGCGCCGGTTCCGACTCACGTCATTATTGCCGGATATGTCGGCGGTG‑GC‑GTGGCGCGTGGTCTGTTTGTTGGCA‑TTCTGGTGACGGCAATTT‑CACTGTTTTTTGTG‑CCATTTCAGGTGCATTCGTGGGTATTCGTTGCCTT‑AACGCTGGTGCT‑CAC‑GGC‑GGTGTTGTTCTCCCTTGCGGGTTTGCTGAAC‑GGTGTGTTTGCCAAAACGTTCGATGACATCAGCCTGGTGCCAACCTTTGTGTTAACGCCACTCACGTATTTGGGCGGGGTCTTTTACTCACTGACTTTGTTGCCGCCGTTCTGGCA > NC_000913/143837‑144297 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |