| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 2,195,580 | T→G | 13.0% | V428G (GTG→GGG) | metG → | methionyl‑tRNA synthetase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,195,580 | 0 | T | G | 13.0% | 264.7 / 2.6 | 106 | V428G (GTG→GGG) | metG | methionyl‑tRNA synthetase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (49/40); new base G (14/2); total (64/42) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.41e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 108 total aligned reads displayed.
ATCATTTTGACGCAGACAGCCTGCGTTACTACTACACTGCGAAACTCTCTTCGCGCATTGATGATATCGATCTCAACCTGGAAGATTTCGTTCAGCGTGTGAATGCCGATATCGTTAACAAAGTGGTTAACCTGGCCTCCCGTAATGCGGGCTTTATCAACAAGCGTTTTGACGGCGTGCTGGCAAGCGAACTGGCTGACCCGCAGTTGTACAAAACCTTCACTGATGCCGCTGAAGTGATTGGTGAA‑GCGTGGGAAAGCCGTGAATTTGGTAAAGCCGTGCGCGAAATCATGGCGCTGGCTGATCTGGCTAACCGCTATGTCGATGAACAGGCTCCGTGGGTGGTGGCGAAACAGGAAGGC‑CGCGATGCCGACCTGCAGGCAATTTGCTCAATGGGCATCAACCTGTTCCGCGTGCTGATGACTTACCTGAAGCCGGTACTGCCGAAACTGACCGAGCGTGCAGAAGCAT > NC_000913/2195343‑2195813 | aTCATTTTGACGCTGACCGCCTGCGTTACTACTACACTGCGAAACTCTCTTCGCGCATTGATGATATCGATATAAACCTGGAAGATTTCGTTCAGCGTGTGAATGCCGATATCGTTAACAAAGTGGTTAACCTGGCCTCCCGTAATGCGGGCTTTATCAACAAGCGTTTTGACGGCGTGCTGGCAAGCGAACTGGCTGACCCGCAGTTGTACAAAGCCTTCACTGATGCCGCTGAAGt < 1:945854/238‑1 (MQ=255) tttGACGCAGACAGCCTGCGTTACTACTACACTGCGAAACTCTCTTCGCGCATTGATGATATCGATCTCAACCTGGAAGATTTCGTTCAGCGTGTGAATGCCGTTATCGTTAACAAAGTGGTTAACCTGGCCTCCCGTAATGCGGGCTTTATCAAACAGCGTTTTGACGGCGTGCTGGCAAGCGAACTGGCTGACCCGCACGTGTACAAAACCTTCACAGAGGCCGCTGAAGGGATTgg > 2:552548/1‑239 (MQ=255) tGACGCAGACAGCCTGCGTTACTACTACACTGCGAAACTCTCTTCGCGCATTGATGATATCGATCTCAACCTGGAAGATTTCGTTCAGCGTGTGAATGCCGATATCGTTAACAAAGTGGTTAACCTGGCCTCCCGTAATGCGGGCTTTATCAACAAGCGTTTTGACGGCGTGCTGGCAAGCGAACTGGCTGACCCGCAGTTGTACAAAACCTTCACTGATGCCGCTGAAGTGATTGGTg < 1:704484/239‑1 (MQ=255) gACAGCCTGCGTTACTACTACACTGCGAAACTCTCTTCGCGCATTGATGATATCGATCTCAACCTGGAAGATTTCGTTCAGCGTGTGAATGCCGATATCGTTAACAAAGTGGTTAACCTGGCCTCCCGTAATGCGGGCTTTATCAACAAGCGTTTTGACGGCGTGCTGGCAAGCGAACTGGCTGACCCCCAGTTGTACAAAACCTTCACTGCTGCCGCTGAAGGGATTGGGGAA‑GCGTg > 2:642383/1‑239 (MQ=255) 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ATCATTTTGACGCAGACAGCCTGCGTTACTACTACACTGCGAAACTCTCTTCGCGCATTGATGATATCGATCTCAACCTGGAAGATTTCGTTCAGCGTGTGAATGCCGATATCGTTAACAAAGTGGTTAACCTGGCCTCCCGTAATGCGGGCTTTATCAACAAGCGTTTTGACGGCGTGCTGGCAAGCGAACTGGCTGACCCGCAGTTGTACAAAACCTTCACTGATGCCGCTGAAGTGATTGGTGAA‑GCGTGGGAAAGCCGTGAATTTGGTAAAGCCGTGCGCGAAATCATGGCGCTGGCTGATCTGGCTAACCGCTATGTCGATGAACAGGCTCCGTGGGTGGTGGCGAAACAGGAAGGC‑CGCGATGCCGACCTGCAGGCAATTTGCTCAATGGGCATCAACCTGTTCCGCGTGCTGATGACTTACCTGAAGCCGGTACTGCCGAAACTGACCGAGCGTGCAGAAGCAT > NC_000913/2195343‑2195813 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 28 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |