| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,557,473 | A→G | 14.2% | L402P (CTC→CCC) | eutB ← | ethanolamine ammonia‑lyase, large subunit, heavy chain |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,557,473 | 0 | A | G | 14.2% | 177.7 / 4.2 | 73 | L402P (CTC→CCC) | eutB | ethanolamine ammonia‑lyase, large subunit, heavy chain |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (20/42); new base G (9/2); total (29/44) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.08e-03 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.95e-01 | |||||||||||
GTCCCATTGACGCCATCACGCTGCGTACAATTTCTTCAATCTGTTTTTGATCCATGATATGTTATCTCCGCGTCATCAGAAGAACAGTGACGGATCGCCCGCCCGTTTGGTCAGGCGACCGTTTGCCATAATGCCCATGCTTTCCAGCCAGCGTTCAAACTCCGGTGACGGGCGCAGGTTGAGTAACTGACGCACAGTGGCGGTATCGTGGAATGCGGTGGTCTGGTAGTTGAGCA‑TGATGTCATCACCCAGCGGCATCCCCATGATGTAGTTGCA‑GCCTGCGGTGGCGAGCAGGATCATCAGGTTTTCGTTGAGGTTCTGGTCAGCGTCAGCGTGGTTGGTATAACAGCAGTCACAGCCCATAGAGATGCCGCTCAGCTTGCCCATAAAGTGATCTTCTAAGCCAG‑CACGGATAATCTGGCGGTCGTTGTAGAGATACTCCGGCCCAATAAAGCCGACCACGGTGTTG > NC_000913/2557241‑2557709 | gTCCCATTGACGCCATCACGCTGCGTACAATTTCTTCAATCTGTTTTTGATCCATGATATGTTAACTCCGCGTCATCAGAAGAACAGTGACGGATCGCCCGCCCGTTTGGTCAGGCGACCGTTTGCCATAATGCCCATGCTTTCCAGCCAGCGTTCAAACTCCGGTGACGGGCGCAGGTTGAGTAACTGACGCACAGTGGCGGTATCGTGGAATGCGGTGGTCTGGTAGTTGAGCa‑tga < 1:832584/239‑1 (MQ=255) 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1:879654/1‑209 (MQ=255) cGGTGGTCTGGTAGTTGAGCA‑TGATGTCATCACCCAGCGGCATCCCCATGATGTAGTTGCA‑GCCTGCGGTGGCGAGCAGGATCATCAGGTTTTCGTTGAGGTTCTGGTCAGCGTCAGCGTGGTTGGTATAACAGCAGTCACAGCCCATAGAGATGCCGCTCAGCTTGCCCATAAAGTGATCTTCTAAGCCAG‑CACGGATAATCTGGCGGCCGTTGTAGAGATACTCCGGCCCAATaaa > 1:494260/1‑238 (MQ=255) cTGGTAGTTGAGCA‑TGATGTCATCCCCCAGCGGCATCCCCATGATGTAGTTGCA‑GCCTGCGGTGGCGAGCAGGATCATCAGGTTTTCGTTGAGGTTCTGGTCAGCGTCAGCGTGGTTGGTATAACAGCAGTCACAGCCCATAGAGATGCCGCTCAGCTTGCCCATAAAGTGATCTTCTAAGCCAG‑CACGGATAATCTGGCGGTCGTTGTAGAGATACTCCGGCCCAATAAAGCCGACCa < 1:844771/239‑1 (MQ=255) ggTAGTTGAGCA‑TGATGTCATCACCCAGCGGCATCCCCATGATGTAGTTGCA‑GCCTGCGGTGGCGAGCAGGATCATCAGGTTTTCGTTGAGGTTCTGGTCAGCGTCAGCGTGGTTGGTATAACAGCAGTCACAGCCCATAGAGATGCCGCTCAGCTTGCCCATAAAGTGATCTTCTAAGCCAG‑CACGGATAATCTGGCGGTCGTTGTAGAGATACTCCGGCCCAATAAAGCCGACCACg < 1:529111/239‑1 (MQ=255) 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gAGCA‑TGATGTCATCACCCAGCGGCATCCCCATGATGTAGTTGCA‑GCCTGCGGTGGCGAGCAGGATCATCAGGTTTTCGTTGAGGTTCTGGTCAGCGTCAGCGTGGTTGGTATAACAGCAGTCACAGCCCATAGAGATGCCGCTCAGCTTGCCCTTAAAGTGATCTTCTAAGCCAG‑CACGGATAATCTGGCGGTCGTTGTAGAGATACTCCGGCCACATAAAGCCGACCACGGGGTTg > 1:1102453/1‑238 (MQ=255) | GTCCCATTGACGCCATCACGCTGCGTACAATTTCTTCAATCTGTTTTTGATCCATGATATGTTATCTCCGCGTCATCAGAAGAACAGTGACGGATCGCCCGCCCGTTTGGTCAGGCGACCGTTTGCCATAATGCCCATGCTTTCCAGCCAGCGTTCAAACTCCGGTGACGGGCGCAGGTTGAGTAACTGACGCACAGTGGCGGTATCGTGGAATGCGGTGGTCTGGTAGTTGAGCA‑TGATGTCATCACCCAGCGGCATCCCCATGATGTAGTTGCA‑GCCTGCGGTGGCGAGCAGGATCATCAGGTTTTCGTTGAGGTTCTGGTCAGCGTCAGCGTGGTTGGTATAACAGCAGTCACAGCCCATAGAGATGCCGCTCAGCTTGCCCATAAAGTGATCTTCTAAGCCAG‑CACGGATAATCTGGCGGTCGTTGTAGAGATACTCCGGCCCAATAAAGCCGACCACGGTGTTG > NC_000913/2557241‑2557709 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |