| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,711,636 | A→C | 18.0% | T407P (ACC→CCC) | nadB → | quinolinate synthase, L‑aspartate oxidase (B protein) subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,711,636 | 0 | A | C | 18.0% | 164.6 / 3.9 | 74 | T407P (ACC→CCC) | nadB | quinolinate synthase, L‑aspartate oxidase (B protein) subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (37/21); new base C (5/11); total (42/32) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.51e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GATCTCACACAAGAACCGGTACCGATTGTGCCTGCTGCACATTATACCTGCGGTGGTGTAATGGTTGATGATCATGGGCGTACGGACGTCGAGGGCTTGTAT‑GCCATTGGCGAGGTGAGTTATACCGGCTTACACGGCGCTAACCGCATGGCCTCGAATTCATTGCTGGAGTGTCTGGTCTATGGCTGGTCGGCGGCGGAAGATA‑TCACCAGACGTATGCCTTATGCCCACGACATCAGTACGTTACCGCCGTGGGATGAAAGCCGCGTTGAGAACCCTGACGAACGGGTAGTAATTCAGCATAACTGGCACGAGCTACGTCTGTTTATGTGGGATTACGTTGGCATTGTGCGCACAACGAAGCGCCTGGAACGCGCCCTGCGGCGGATAACCATGCTCCAACAAGAAATAGACGAATATTACGCCC > NC_000913/2711429‑2711855 | gatttcccacgaagtccggttccggttGTGCGTGGAGGACATTATCCCTGGGGTGGTGTAATGGTTGGTGGTCATGGGCGTACGGACGTCGAGGGCTTGGAT‑GCCATTGGCGAGGTGAGTTATACCGGCTTACCCGGCGCTAACCGCATGGCCTCGAATTCATTGCTGGAGTGTCTGGTCTATGGCTGGTCGGCGGCGGAAGATA‑TCACCAGACGTATGCCTTATGCCCACGACATAAg < 2:1021308/224‑1 (MQ=255)gATCTCACACAAGAACCGGTACCGATTGTGCCTGCTGCACATTATACCTGCGGTGGTGTAATGGTTGATGATCATGGGCGTACGGACGTCGAGGGCTTGTAT‑GCCATTGGCGAGGTGAGTTATACCGGCTTACACGGCGCTAACCGCATGGCCTCGAATTCATTGCTGGAGGGTCTGGTCTATGGCTGGTCGGCGGCGGAAGATA‑TCACCAGACGTATGCCTTTTGCCCACAACATCAg > 1:1067032/1‑239 (MQ=255) 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gtggtgTAATGGTTGATGATCATGGGCGTACGGACGTCGAGGGCTTGTAT‑GCCATTGGCGAGGTGAGTTATACCGGCTTACACGGCGCTAACCGCATGGCCTCGAATTCATTGCTGGAGTGTCTGGTCTCTGGCTGGGTGGCGGGGGCAGCAA‑TCACCGAACGAATGCCCTATGCCCACGAACTCAGTACTGAACCGCCGGGGAGTGAAAACCCCGTGGAAAACACCAACGAACggggg > 2:408687/1‑237 (MQ=255) gtggtgTAATGGTTGATGATCATGGGCGTACGGACGTCGAGGGCTTGTAT‑GCCATTGGCGAGGTGAGTTATACCGGCTTACACGGCGCTAACCGCATGGCCTCGAATTCATTGCTGGAGTGTCTGGTCTATGGCTGGTCGGCGGCGGAAGATA‑TCACCAGACGTATGCCTTATGCCCACGACATCAGTACGTTACCGCCGTGGGATGAAAGCCGCGTTGAGAACCCTGACGAACgggga > 1:977828/1‑237 (MQ=255) gtggtgTAATGGTTGATGATCATGGGCGTACGGACGTCGAGGGCTTGTAT‑GCCATTGGCGAGGTGAGTTATACCGGCTTACACGGCGCTAACCGCATGGCCTCGAATTCATTGCTGGAGTGTCTGGTCTATGGCTGGTCGGCGGCGGAAGATA‑TCACCAGACGTATGCCTTATGCCCACGACATCAGTACGTTACCGCCGTGGGATGAAAGCCGCGTTGAGAACCCTGACGAACgggaa > 1:873082/1‑237 (MQ=255) 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tgatgaTCATGGGCGTACGGACGTCGAGGGCTTGTAT‑GCCATTGGCGAGGTGAGTTATACCGGCTTACACGGCGCTAACCGCATGGCCTCGAATTCATTGCTGGAGTGTCTGGTCTATGGCTGGCCGGCGGCGGAAGATA‑TCACCAGACGTATGCCTTATGCCCACGACATCAGTACGTTACCGCCGTGGGATGAAAGCCGCGTTGAGTACCCTGACGAACGGGAAGTAATTACGCATa > 1:499263/1‑239 (MQ=255) atCATGGGCGTACGGACGTCGAGGGCTTGTAT‑GCCATTGGCGAGGTGAGTTATACCGGCTTACACGGCGCTAACCGCATGGCCTCGAATTCATTGCTGGAGTGTCTGGTCTATGGCTGGTCGGCGGCGGAAGATA‑TCACCAGACGTATGCCTTATGCCCACGACAt < 1:452539/166‑1 (MQ=255) cgggggCGTTCGGAAGGGGGGGGCTTGTTT‑TCCATTGGCGAGGTGGGTTAGACCGGTTTACACGGCGTAAACCGCATGGCCTGGAATTGATGGCTGGAGTGTCTGTTCTATGGCTGGTCGGGGGCGGAAGATA‑TCACCAGAGGTATGCCTTATGCCCAGGACATCAGTACGTTACCGCCGTGGGATGAAAGCCGCGTTGAGAACCCTGACGAACGGGTAGTAATTCAGCATAACTGGCa < 2:73398/236‑1 (MQ=255) aTGGGCGTACGGACGTCGAGGGCTTGTAT‑GCCATTGGCGAGGTGAGTTATGCCGGCTTACACGGCGCTAACCGCATGGCCTCGAATTCCTTGCTGGGGTGTCTGGTCTATGGCTGGTCGGCGGCGGACGATA‑TCCACAGACGGATGCCTTTTGCCCACGACATCAGGACGTTACCGCCGTGGGAGTCAGGCCGCGTTGCGAACCCTGACCACCGGGGAGTAATTCAGCaaaaaagggca > 2:191620/1‑232 (MQ=255) 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ttgttGGTTTATGGCGGGTCGGGGGCCGAAGTTA‑TCCCCAGACGTTTGCCTTATGCCCACGGACTCATTCCTTTACCGGCGTGGGATGAAAGCCGCGTTGAGAACCCTGACGAACGGGTAGTAATTCAGCATAACTGGCACGAGCTACGTCTGTTTATGTGGGATTACGTTGGCATTGTGCGCACAACGAAGCGCCTGGAACGCGCCCTGCGGCGGATAACCATGCTCCAACAAGaaa < 1:1081393/234‑1 (MQ=255) tCTGGTCTATGGCTGGTCGGCGGCGGAAGATA‑TCACCAGACGTATGCCTTATGCCCACGACATCCGTACGTTACCGCCGTGGGATGAAAGCCGCGTTGAGAACCCTGACGAACGGGTAGTAATTCAGCATAACTGGCACGAGCTACGTCTGTTTATGTGGGATTACGTTGGCATTGTGCGCACAACGAAGCGCCTGGAACGCGCCCTGCGGCGGGTAACCATGCTCCAACAAGAAATaa > 1:126576/1‑238 (MQ=255) tCTGGTCTATGGCTGGTCGGCGGCGGAAGATA‑TCACCAGACGTATGCCTTATGCCCACGACATCAGTACGTTACCGCCGTGGGATGAAAGCCGCGTTGAGAACCCTGACGAACGGGTAGTAATTCAGCATAACTGGCACGAGCTACGTCTGTTTATGTGGGATTACGTTGGCATTGTACGCACAACGAAGCGCCTGGAACGCGCCCTGCGGCGGATAACCATGGTCCAACCAGAAATAg > 1:517739/1‑239 (MQ=255) tCTGGTCTAGGGCGGGTCGGGGGCGGAAGATA‑TCCCCAGACGTATGCCTTATGCCCACGACATCAGTACGTTACCGCCGTGGGATGAAAGCCGCGTTGAGAACCCTGACGAACGGGTAGTAATTCAGCATAACTGGCACGAGCTACGTCTGTTTATGTGGGATTACGTTGGCATTGTGCGCACAACGAAGCGCCTGGAACGCGCCCTGCGGCGGATAACCATGCTCCAACAAGAAATa < 1:660495/238‑1 (MQ=255) tGGTCTATGGGTGGTCGGCGGCGGAAGTAA‑CCCCCAGACGTATGCCTTATGCCCACGACATCAGTACGGTACCGCCGTGGGATGAAAGCCGCGTTGAGAACCCTGACGAACGGGTAGTAATTCAGCATAACTGGCACGAGCTACGTCTGTTTATGTGGGATTACGTTGGCATTGTGCGCACAACGAAGCGCCTGGAACGCGCCCTGCGGCGGATAACCATGCTCCAACAAGAAATAGAc < 1:1099940/239‑1 (MQ=255) ggTCTATGGCTGGTCGGCGGCGGAAGATA‑TCACCAGACGTATGCCTTATGCCCACGACATCAGTACGTTACCGCCGTGGGATGAAAGACGCGTTGAGAACCCTGACGACCGGGTAGTAATTCAGCATAACTGGCACGAGCTACGGCGCTTTATGTGGGATTAGCTGGGCATTGTGCGCACAACGAAGCCCCTGGAACGCGCCCTGCGGCGGATAAACAAGCCCCCACaaaaaaaaaaaa > 2:539975/1‑233 (MQ=255) tGGCTGGTCGGCGGCGGAAGATA‑TCACCAGACGTATGCCTTATGCCCACGACATCAGTACGTTACCGCCGTGGGATGAAAGCCGCGTTGAGAACCCTGACGAACGGGTAGTAATTCAGCATAACTGGCACGAGCTACGTCTGTTTATGTGGGATTACGTTGGCATTGTGCGCACAACGAAGCGCCTGGAACGCGCCCTGCGGCGGATAACCATGCTCCCACAAGAAATAGACGAATAtt > 1:716747/1‑239 (MQ=255) tGGCTGGGCGGCGGCGCAAGATA‑TCACCAGACGTTTGCCTTATGCCACGGAAATCAGTATGTTACCGCCGTGGGATGAAAGCCGCGTTGAGAACCCTGACGAACGGGTAGTAATTCAGCATAACTGGCACGAGCTACGTCTGTTTATGTGGGATTACGTTGGCATTGTGCGCACAACGAAGCGCCTGGAACGCGCCCTGCGGCGGATAACCATGCTCCAACAAGAAATAGACGAATAtt < 1:852913/239‑1 (MQ=255) ggggtggtggGCGGCGGAA‑ATATTCCCAAGGCGTATGCCTTATGCCCACCACCTAATTACGTTACCGCCGTGGGATAAAACCCGCGTTTAGAACCCTGACGAACGGGTAGTAAGTCAGCATAACTGGCACGAGCTACGTCTGGTTATGTGGGATTACGTTGGCATTGTGCGCACAACGAAGCGCCTGGAACGCGCCCTGCGGCGGATAACCATGCTCCAACAAGAAATAGACGAATAtt < 2:242387/235‑1 (MQ=255) ggccagTCGCCGGAGGAAGATA‑TCACCCGACGTATGCCTTATGCCCACGACCTCCGGACGTTACCGCCGTGGGGTGGAAGCCGCGTAGAGAACCCTGACGAACGGGTAGTAATTCAGCATAACTGTAACGAGCTACGTCTGTTTATGTGGGATTACGTTGGCATTGTGCGCCCAACGAAGCGCCTGGAACGGGCCCTGGTGCGGATAACCATGCTCCAAAAAAAAAAAAACGCACAtt > 2:652721/6‑238 (MQ=255) ggCTGGTCGGCGGCGGAAGATA‑TCACCAGACGTATGCCTTATGCCCACGACATCAGTACGTTACCGCCGTGGGATGAAAGCCGCGTTGAGAACCCTGACGAACGGGTAGTAATTCAGCATAACTGGCACGAGCTACGTCTGTTTATGTGGGATTACGTTGGCATTGTGCGCACAACGAAGCGCCTGGAACGCGCCCTGCGGCGGATAACCATGCTCCAACAAGAAATAGACGAatatct > 1:952075/1‑237 (MQ=255) gTCGGCGGCGGAAGATA‑TCACCAGACGTATGCCTTATGCCCACGACATCAGTACGTTACCGCCGTGGGATGAAAGCCGCGTTGAGAACCCTGACGAACGGGTAGTAATTCAGCATAACTGGCACGAGCTACGTCTGTTTATGTGGGATTACGTTGGCATTGTGCGCACAACGAAGCGCCTGGAACGCGCCCTGCGGCGGATAACCATGCTCCAACAAGAAATAGACGAATATTACGccc > 1:298771/1‑239 (MQ=255) | GATCTCACACAAGAACCGGTACCGATTGTGCCTGCTGCACATTATACCTGCGGTGGTGTAATGGTTGATGATCATGGGCGTACGGACGTCGAGGGCTTGTAT‑GCCATTGGCGAGGTGAGTTATACCGGCTTACACGGCGCTAACCGCATGGCCTCGAATTCATTGCTGGAGTGTCTGGTCTATGGCTGGTCGGCGGCGGAAGATA‑TCACCAGACGTATGCCTTATGCCCACGACATCAGTACGTTACCGCCGTGGGATGAAAGCCGCGTTGAGAACCCTGACGAACGGGTAGTAATTCAGCATAACTGGCACGAGCTACGTCTGTTTATGTGGGATTACGTTGGCATTGTGCGCACAACGAAGCGCCTGGAACGCGCCCTGCGGCGGATAACCATGCTCCAACAAGAAATAGACGAATATTACGCCC > NC_000913/2711429‑2711855 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |