| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 422,231 | A→T | 17.8% | I416F (ATC→TTC) | proY → | proline‑specific permease |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 422,231 | 0 | A | T | 17.8% | 140.0 / 4.1 | 67 | I416F (ATC→TTC) | proY | proline‑specific permease |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (17/37); new base T (10/3); total (27/40) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.19e-03 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TGACTACCGCGCTGCTGTTTGCGGTGTATCTGAACTACATCATGCCGGAAAACGTCTTCCTGGTGATCGCTTCGCTGGCAACCTTCGCCACGGTGTGGGTGTGGATTATGATCCTGCTGTCGCAAATTGCCTTCCGTCGCCGTTTGCCGCCAGAAGAAGTTAAGGCGCTGAAATTTAAAGTGCCGGGTGGGGTAGCAACGACCATCGGC‑GGGCTGATTTTCCTGCTC‑TTTATTATCGGGTTGATT‑G‑GTTATCACCCGGATACGCG‑TA‑TCTCGCTGTATGTC‑GGTTTCGCGTGGATTGTTGTGCTGTTGATTGGCTGGATGT‑TTAAACGCCGCCACGATCGTCAGCTGGCTGAAAACCAGTAATCCTTGCGTTCTGTAAGCCGGTTCAGGAGGAAATCCTGATCCGGCTATTCCGAAAGTTATCCG‑CCCCCGT‑CCTCCTCCCCCAAATATCCTTCAGATGATGAGTGATC > NC_000913/421998‑422466 | ttccttccccgtttctttttGGGGTTTTTTTGAACTACATCTTGCCGGAAAACGTCTTCCTGGTGATCGCTTCGCTGGCAACCTTCGCCACGGTGTGGGTGTGGATTATGATCCTGCTGTCGCAAATTGCCTTCCGTCGCCGTTTGCCGCCAGAAGAAGTTAAGGCGCTGAAATTTAAAGTGCCGGGTGGGGTAGCAACGACCATCGGC‑GGGCTGATTTTCCTGCTC‑TTTATTATCggg < 2:455380/222‑1 (MQ=255) 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TGACTACCGCGCTGCTGTTTGCGGTGTATCTGAACTACATCATGCCGGAAAACGTCTTCCTGGTGATCGCTTCGCTGGCAACCTTCGCCACGGTGTGGGTGTGGATTATGATCCTGCTGTCGCAAATTGCCTTCCGTCGCCGTTTGCCGCCAGAAGAAGTTAAGGCGCTGAAATTTAAAGTGCCGGGTGGGGTAGCAACGACCATCGGC‑GGGCTGATTTTCCTGCTC‑TTTATTATCGGGTTGATT‑G‑GTTATCACCCGGATACGCG‑TA‑TCTCGCTGTATGTC‑GGTTTCGCGTGGATTGTTGTGCTGTTGATTGGCTGGATGT‑TTAAACGCCGCCACGATCGTCAGCTGGCTGAAAACCAGTAATCCTTGCGTTCTGTAAGCCGGTTCAGGAGGAAATCCTGATCCGGCTATTCCGAAAGTTATCCG‑CCCCCGT‑CCTCCTCCCCCAAATATCCTTCAGATGATGAGTGATC > NC_000913/421998‑422466 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |