Predicted mutation | |||||||
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Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_000913 | 2,178,923 | 0 | T | G | 12.7% | 276.7 / 2.0 | 120 | S35R (AGT→AGG) | yegT | nucleoside transporter, low affinity |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (63/35); new base G (5/17); total (68/52) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.12e-04 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 120 total aligned reads displayed.
CGATTCATCAGAAAAAATGTTAGCGCGGTCAAGTTTTCACCGCAAAGGTATTTAAAAGGTATTATTAAGTGGTATTGTCATCGCGTACCTTACATTACCTGTCATGAAGGAATTAAAAGATGAAAACAACAGCAAA‑GCT‑GTCGTTC‑ATGATGTTTGTTG‑AATGGTTTATCTGGGGCGCGTGGTTTGTGCCATTGTGGTT‑GTGGTTAAGTAAAAGCGGTTTTAGTGCCGGAGAAA‑TTGGCT‑GGTCGTATGCCTGTACCGCCATTGCGGCGATCCTGTCGCCAATTCTGGTTGGCTCCAT‑CA‑CTGACCGCTTTTTCTCGGCG‑CAAAAAGTGCTGGCGGTATTGATGTTCGCAGGCGCGCTGCTG‑ATGT‑ATTTCGCTGCGCAACAGACCA‑CTTTTGCCGGGTTCTTCCCGTTACTGCTGGCCTACTCGCTAACCTATATGCCGACCATTGCGC > NC_000913/2178700‑2179149 | cGATTCTTGAAAAAAAATGTTTGCGCGATAAGGTTTTCACCCCAAAGGTATTTAAAAGGTATTATTAAGGGGTATTGTCACCGCGTACCTTACATTACCTGTCATGAAGGAATTAAAAGATGAAAACAACAGCAAA‑GCT‑GTCGTTC‑ATTATGTTTGTTG‑AATGGTTTATCTGGGGCGCGTGGTTTGTGCCATTGTGGTT‑GTGGTTAAGTAAAAGCGGTTTTAGGGCCGGAGAAA‑TTGGc < 2:618904/239‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |