Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 2,527,395 | T→G | 16.1% | V151G (GTG→GGG) | yfeH → | putative inorganic ion transporter |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 2,527,395 | 0 | T | G | 16.1% | 212.5 / 4.5 | 104 | V151G (GTG→GGG) | yfeH | putative inorganic ion transporter |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (38/43); new base G (16/6); total (55/49) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.26e-02 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 107 total aligned reads displayed.
CAGCACCTTCGTGCTGTTTCCGATTCTGGGTGTACTGTTTGCCTGGTGGAAACCGGTAAATGTCGACCCGATGCTCTACTCCGGTTTTCTCTACTTGTGCATTCTCCCGGCTACCGTGCAGTCTGCAATCGCCTTCACGTCAATGGCGGGCGGTAACGTCGCGGCAGCGGTTTGTTCTGCGTCGGCATCCAGCCTGCTGGGGATTTTCCTTTCACCATTGCTGGTT‑GGTCTGGTGATGAAT‑GTTCA‑C‑GGTGCAGGGGGCAGCCTTGAGCAGGTCGGTAAAATTATGCTGCAACTGCTGCTG‑CCGTTTGTGT‑TGGGGCATCTTTCCCGGCCGTGGATTGGTG‑AC‑TGGGTGTCGCGCAATAAAAAATGGATTGCGAAAACTGACCAGACGTCCATTCTGTTGGTGGTTTATACAGCGTTCAGCGAAGCCGTCGTTAATGGTATCTGGCATAAAGTTGGCTGGGGATCATTGCT > NC_000913/2527162‑2527632 | cagctCCTTCGTGCTTTTTCCGATTCTGGGTGTACTGTTTGCCTGGTGGAAACCGGTAAATGTCGACCCGATGCTCTACTCCGGTTTTCTCTACTTGTGCATTCTCCCGGCTACCGTGCAGTCTGCAATCGCCTTCACGTCAATGGCGGGCGGTAACGTCGCGGCAGCGGTTTGTTCTGCGTCGGCATCCAGCCTGCTGGGGATTTTCCTTTCACCATTGCTGGTT‑GGTCTGGtgatg < 1:948847/238‑1 (MQ=255) agcaCCTTCGTGCTGTTTCCGATTCTGGGTGTACTGTTTGCCTGGTGGAAACCGGTAAATGTCGACCCGATGCTCTACTCCGGTTTTCTCTACTTGTGCATTCTCCCGGCTACCGTGCAGTCTGCAATCGCCTTCACGTCAATGGCGGGCGGTAACGTCGCGGCAGCGGTTCGTTCGGGGTCGGCATCCAGCCTGCTGGGGCTTTTCCTTTGCCCATTGCTGGTT‑GGGCTGGtgatgga > 1:1368475/1‑237 (MQ=255) gccccTTCGTGTTTTTTCCGATTCTGGGTGTACTGTTTGCCTGGTGGAAACCGGTAAATGTCGGCCCGATGCTCTACTCCGGTTTTCTCTACTTGTGCATTCTCCCGGCTACCGTGCAGTCTGCAATCGCCTTCACGTCAATGGCGGGCGGTAACGTCGCGGCAGCGGTTTGTTCTGCGTCGGCATCCAGCCTGCTGGGGATTTTCCTTTCACCATTGCTGGTT‑GGTCTGGTGATGAAt < 2:619542/236‑1 (MQ=255) cTTCGTGCTGTTTCCGATTCTGGGTGTACTGTTTGCCTGGTGGAAACCGGTAAATGTCGACCCGATGCTCTACTCCGGTTTTCTCTACTTGTGCATTCTCCCGGCTACCGTGCAGTCTGCAATCGCCTTCACGTCAATGGCGGGCGGTAACGTCGCGGCAGCGGTTTGTTCTGCGTCGGCATCCAGCCTGCTGGGGATTTTCCTTTAACCATTGCTGGTT‑GGTCTGGTGTTGAAT‑GTTc > 1:34375/1‑239 (MQ=255) 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ggTGTACTGTTTGCCTGGTGGAAACCGGTAAATGTCGACCCGATGCTCTACTCCGGTTTTCTCTACTTGTGCATTCTCCCGGCTACCGTGCAGTCTGCAATCGCCTTCACGTCAATGGCGGGCGGTAACGGCGCGGCAGCGGGTTGTTCTGCGTCGGCATCCAGCCTGCTGGGGATTTTACTTTCAACATTGCTGGGT‑GGTCTGGTGATGAAT‑GTGTA‑C‑GTTGCAGGGGGCGACCTTGa > 1:781477/1‑239 (MQ=255) tGTTTGCCTGGTGGAAACCGGTAAATGTCGACCCGATGCTCTACTCCGGTTTTCTCTACTTGTGCATTCTCCCGGCTACCGTGCAGTCTGCAATCGCCTTCACGTCAATGGCGGGCGGTAACGTCGCGGCAGCGGTTTGTTCTGCGTCGGCATCCACCCTGCTGGGGCTTTTCCTTTCCCCATTGCGGGTG‑GGCCTGCGGATGCAA‑GTTCA‑C‑GGGGCGGGGGGCAGCCCTggggggggg > 2:480383/1‑231 (MQ=255) ttGCCTGGTGGAAACCGGTAAATGTCGACCCGATGCTCTACTCCGGTTTTCTCTACTTGTGCATTCTCCCGGCTACCGTGCAGTCTGCAATCGCCTTCACGTCAATGGCGGGCGGTAACGTCGCGGCAGCGGTGTGTTCTTCGTCGGCATCCAGCCCGCTGGGGGTTTTCCTTTCACCCTTTCTGGTT‑TGGCTGGGGGTGAAG‑GTTCA‑C‑GGTGGCGGGGGCAGCCTTGGGCAggggggg > 2:1026888/1‑234 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |