| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,527,428 | A→G | 11.6% | E162G (GAG→GGG) | yfeH → | putative inorganic ion transporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,527,428 | 0 | A | G | 11.6% | 267.0 / 3.4 | 110 | E162G (GAG→GGG) | yfeH | putative inorganic ion transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (48/44); new base G (7/8); total (57/53) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.84e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 115 total aligned reads displayed.
GGTGTACTGTTTGCCTGGTGGAAACCGGTAAATGTCGACCCGATGCTCTACTCCGGTTTTCTCTACTTGTGCATTCTCCCGGCTACCGTGCAGTCTGCAATCGCCTTCACGTCAATGGCGGGCGGTAACGTCGCGGCAGCGGTTTGTTCTGCGTCGGCATCCAGCCTGCTGGGGATTTTCCTTTCACCATTGCTGGTT‑GGTCTGGTGATGAATGTTCAC‑GGTGCAGGGGGCAGCCTTGAGCAGGTCGGTAAAATTATGCTGCAACTGCTGCTG‑CCGTTTGTGT‑TGGGGCATCTTTCCCGGCCGTGGATTGGTG‑AC‑TGGGTGTCGCGCAATAAAAAATGGATTGCGAAAACTGACCAGACGTCCATTCTGTTGGTGGTTTATACAGCGTTCAGCGAAGCCGTCGTTAATGGTATCTGGCATAAAGTTGGCTGGGGATCATTGCTGTTTATCGTGGTGGTCAGCTGCGTTCTTCTGGCTA > NC_000913/2527190‑2527667 | ggTGTACTGTTTGCCTGGTGGAAACCGGTAAATGTCGACCCGATGCTCTACTCCGGTTTTCTCTACTTGTGCATTCTCCCGGCTACCGTGCAGTCTGCAATCGCCTTCACGTCAATGGCGGGCGGTACCGTCGCGGCAGCGGGTTGTTCTGCGTCGGCATCCAGCCTGCTGGGGATTTTCCTTTACACATTTTTGGTTGGGTTAGGTG‑TGAATGGTCAC‑GGTGCGGGGGGGAGCCATGa > 2:666208/1‑239 (MQ=255)ggTGTACTGTTTGCCTGGTGGAAACCGGTAAATGTCGACCCGATGCTCTACTCCGGTTTTCTCTACTTGTGCATTCTCCCGGCTACCGTGCAGTCTGCAATCGCCTTCACGTCAATGGCGGGCGGTAACGGCGCGGCAGCGGGTTGTTCTGCGTCGGCATCCAGCCTGCTGGGGATTTTACTTTCAACATTGCTGGGT‑GGTCTGGTGATGAATGTGTAC‑GTTGCAGGGGGCGACCTTGa > 1:781477/1‑239 (MQ=255) ttGCCTGGTGGAAACCGGTAAATGTCGACCCGATGCTCTACTCCGGTTTTCTCTACTTGTGCATTCTCCCGGCTACCGTGCAGTCTGCAATCGCCTTCACGTCAATGGCGGGCGGTAACGTCGCGGCAGCGGTGTGTTCTTCGTCGGCATCCAGCCCGCTGGGGGTTTTCCTTTCACCCTTTCTGGTT‑TGGCTGGGGGTGAAGGTTCAC‑GGTGGCGGGGGCAGCCTTGGGCAggggggg > 2:1026888/1‑234 (MQ=255) gCCTGGTGGAAACCGGTAAATGTCGACCCGATGCTCTACTCCGGTTTTCTCTACTTGTGCATTCTCCCGGCTACCGTGCAGTCTGCAATCGCCTTCACGTCAATGGCGGGCGGTAACGTCGCGGCCGCGGGTTGTTCTGCGTCGGCATCCAGCCTGCTGGGGGTTTTCCTTTCTCCCTTGCTGGTT‑GGTCTGGTGATGAATGTTTAC‑GGTGCCGGGGGCAGCCTTGAGCAGGGCGGGaa > 2:581376/1‑239 (MQ=255) gCCTGGTGGAAACCGGTAAATGTCGACCCGATGCTCTACTCCGGTTTTCTCTACTTGTGCATTCTCCCGGCTACCGTGCAGTCTGCAATCGCCTTCACGTCAATGGCGGGCGGTAACGTCGCGGCAGCGGTTTTTTCTGCGTCGGCATCCCGCCTGCTGGGGATTTTCCTTTTACCATTGCTGGTT‑GGTCTGGTGAGTAATGTTAAC‑GGTGCGAGGGGCACCCTTGAGAAGGTCgggga > 2:140269/1‑236 (MQ=255) gCCTGGTGGAAACCGGTAAATGTCGACCCGATGCTCTACTCCGGTTTTCTCTACTTGTGCATTCTCCCGGCTACCGTGCAGTCTGCAATCGCCTTCACGTCAATGGCGGGCGGGAACGTCGCGGCAGCGGGTTGTTCTTCGTCGGCCTCCAGGCTGACGGGGGGTTTCCCTGCTCCATTGATGGTT‑GGGCTGGGGGTGAATGTGCAC‑GGGGCCGGGGGGAGCCTTGGGCGGGTGGGTaa > 2:303080/1‑239 (MQ=255) gtggAAACCGGTAAATGTCGACCCGATGCTCTACTCCGGTTTTCTCTACTTGTGCATTCTCCCGGCTACCGTGCAGTCTGCAATCGCCTTCACGTCAATGGCGGGCGGTAACGTCGCGGCAGCGGTTTGTTCTGCGCCGGCATCCACGCTGCTGGGGGTTTTCCTTTCCCCCTTGGTGGTT‑GGTCTGGTGTGTAAAGTTTCC‑GGGGCAGGGGGCACCCTTGGGCAGGGGGGGaaaaatt > 2:6680/1‑236 (MQ=255) 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tACTCCGGTTTTCTCTACTTGTGCATTCTCCCGGCTACCGTGCAGTCTGCAATCGCCTTCACGTCAATGGTGGGCGGTACCGTCGCGGCCGCGGTTTGTTATGGGTCGGCATCCAGCCTGCTGGGGATTTTTCTTTTACCATTGCTGGTT‑GGGCTGGGGGTGTAGTTTCAT‑TGTGAACGGGGGGTCGTTTGGCAGGGTTGTAAAATTTTTCTACAACCGTAGCTG‑CCGGTtggtgtggg > 2:545673/1‑232 (MQ=255) tACTCCGGTTTTCTCTACTTGTGCATTCTCCCGGCTACCGTGCAGTCTGCAATCGCCTTCACGTCAATGGCGGGCGGTAACGTCGCGGCCGCGGTTTGTTCTGCGTCGGCATCCAGCCTGCTGGGGATTTTCCTTTCACCATTGCTGGTT‑GGGCTGGTGATGAATGTTCAC‑GGTGCAGGGGGCAGCCTTTAGCCGGTTGGTAAAATTATGCTGGAACCGTGGCTG‑CCG‑TTGTGT‑Ttggg > 2:567759/1‑239 (MQ=255) gTTTTCTCTACTTGTGCATTCTCCCGGCTACCGTGCAGTCTGCAATCGCCTTCACGTCAATGGCGGGCGGTAACGTCGCGGCAGCGGTTTGTTCTGCGTCGGCCTCCAGCCTGCTGGGGGTTTTCCTTTCACCATTGCTGGGT‑GGTTTGGGGGTGACTGTTCCCGGGTGC‑GGGGGCCGCCTTGAGGCGGTCGGGAAAATTTTTCTGCCACTCGGGCTG‑CCGTTTGTGT‑Tgggggaattt > 2:1084480/1‑233 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |