| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,581,060 | A→G | 13.3% | E476G (GAG→GGG) | tktB → | transketolase 2, thiamine triphosphate‑binding |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,581,060 | 0 | A | G | 13.3% | 221.5 / 2.2 | 87 | E476G (GAG→GGG) | tktB | transketolase 2, thiamine triphosphate‑binding |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (31/42); new base G (3/10); total (35/52) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.31e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
AGATCCAGCGGGCAACTACATTCACTACGGGGTGCGTGAATTTGGCATGACCGCTATCGCCAACGGCATCGCGCACCACGGCGGCTTTGTGCCGTATACCGCGACGTTCCTGATGTTTGTTGAA‑TACGCCCGTAACGCCGCGCGGATGGCGGCACTGATGAAAGCGCGGCAGATTATGGTTTATACCCACGACTCAATTGGCCTGGGCGAAGATGGTCCGACGCACCAGGCTGTTGAGCAACTGGCCAGCCTGCGCTTAACGCCAAATTTCA‑GCACCTGGCGACCGTGC‑GATCAGGTGGAAGCGGCGGTGGGCTGGAAGCT‑GGC‑GGTTGAGCGCCACAACGGA‑CCGAC‑GGCACTGAT‑CCTCTCAAGGCAGAATCT‑GGCCCAGGTGGAACGTACGCCGGATCAGGTTAAAGAGAT‑TGCTCGTGGCGGTTATGTGCTGAAAGACAGCGGCGGTAAGCCAGATATTATT > NC_000913/2580824‑2581289 | agATCCAGCGGGCAACTACATTCACTCCGGGGTGCGTGAATTGGGCATGACCGGTATCGCCAACGGCATCGCGCACCACGGCGGCTTTGTGCCGTATACCGCGACGTTCCTGATGTTTGTTGAA‑TACGCCCGTAACGCCGCGCGGATGGCGGCACTGATGAAAGCGCGGCAGATTATGGTTTATACCCACGACTCAATTGGCCTGGGCGAAGATGGTCCGACGCACCAGGCTGTTGAGc < 1:868713/239‑1 (MQ=255) aTCCAGCGGGCAACTACATTCACTACGGGGTGCGTGAATTTGGCATGACCGCTATCGCCAACGGCATCGCGCACCACGGCGGCTTTGTGCCGTATACCGCGACGTTCCTGATGTTTGTTGAA‑TACGCCCGTAACGCCGCACGGATGGCGGCACTGATGAAAGCGCGGCAGATTATGGCTTATACCCACGACCCAATTGACCTGGGCGAAGATGGTCCCACGCACCCGGCCGTTGAGCa > 1:41259/1‑238 (MQ=255) tCCAGCGGGCAACTTCATTCCCTACGGGGTGCGTGAATTTGGCATGCCCGCTATCGCCAACGGCATCGCGCACCACGGCGGCTTTGTGCCGTATACCGCGACGTTCCTGATGTTTGTTGAA‑TACGCCCGTAACGCCGCGCGGATGGCGGCACTGATGAAAGCGCGGCAGATTATGGTTTATACCCACGACTCAATTGGCCTGGGCGAAGATGGTCCGACGCACCAGGCTGTTGAGCa < 1:1267297/237‑1 (MQ=255) cGGGCAACTACATTCACTACGGGGTGCGTGAATTTGGCATGACCGCTATCGCCAACGGCATCGCGCACCACGGCGGCTTTGTGCCGTATACCGCGACGTTCCTGATGTTTGTTGAA‑TACGCCCGTAACGCCGCGCGGATGGCGGCCCTGATGAAAGCGCGGCAGATTAGGGTTTATACCCACGCCTCAATTGGCCTGGGCGAAAATGGTCCGACCCACCAAGCGGTTGGGCAAACGGcc > 2:527341/1‑239 (MQ=255) gggCAACTACATTCACTACGGGGTGCGTGAATTTGGCATGACCGCTATCGCCAACGGCATCGCGCACCACGGCGGCTTTGTGCCGTATACCGCGACGTTCCTGATGTTTGTTGAA‑TACGCCCGTAACGCCGCGCGGATGGCGGCACTGATGAAAGCGCGGCAGATTATGGTTTATACCCACGACTCAATTGGCCTGGGCGAAGATGGTCCGACGCACCAGGCTGTTGAGCAACTGGcc < 1:52826/238‑1 (MQ=255) gggCAACTAAATTCACTGCGGGGTGCGTGAATTTGGCATGACCGCTATCGCCAACGGCATCGCGCACCACGGCGGCTTTGTGCCGTATACCGCGACGTTCCTGATGTTTGTTGAA‑TACGCCCGTAACGCCGCGCGGATGGCGGCACTGATGAAAGCGCGGCAGATTATGGTTTATACCCACGACTCAATTGGCCTGGGCGAAGATGGTCCGACGCACCAGGCTGTTGAGCAACTGGcc < 1:499439/238‑1 (MQ=255) cAACTACATTCACTACGGGGTGCGTGAATTTGGCATGACCGCTATCGCCAACGGCATCGCGCACCACGGCGGCTTTGTGCCGTATACCGCGACGTTCCTGATGTTTGTTGAA‑TACGCCCGTAACGCCGCGCGGATGGCGGCACTGATGAAAGCGCGGCAGATTATGGTTTATACCCACGACTCAATTGGCCTGGGCGAAGATGGTCCGACGCACCAGGCTGTTGAGCAAATGGCCAAcc > 1:128652/1‑239 (MQ=255) aCTACGGGGTGCGTGAATTTGGCATGACCGCTATCGCCAACGGCATCGCGCACCACGGCGGCTTTGTGCCGTATACCGCGACGTTCCTGATGTTTGTTGAA‑TACGCCCGTAACGCCGCGCGGATGGCGGCACTGATGAAAGCGCGGCAGATTATGGTTTATACCCACGACTCAATTGGCCTGGGCGAAGATGGTCCGACGCACCAGGCTGTTGAGCAACTGGCCAGCCTGCGCTTAAc > 1:1132257/1‑238 (MQ=255) tACGGGGTGCGTGAATTTGGCATGACCGCTATCGCCAACGGCATCGCGCACCACGGCGGCTTTGTGCCGTATACCGCGACGTTCCTGATGTTTGTTGAA‑TACGCCCGTAACGCCGCGCGGATGGCGGCACTGATGAAAGCGCGGCAGATTATGGTTTATACCCACGACTCAATTGGCCTGGGCGAAGATGGTCCGACGCCCCAGGCTGTTGAGCAACTGGCCAGCCTGCGCTTAACGcc > 1:785953/1‑239 (MQ=255) caggggTGGGGGAATTGGGCATTCCCGCTATGGCCAACGGCATCGGGCACCCCGGCGGCTTTGTGCCGTTTGCCGCGACGTTCCTGATGTTTGTTGAA‑TACGCCCGTAACGCCGCGCGGATGGCGGCACTGATGAAAGCGCGGCAGATTATGGTTTATACCCACGACTCAATTGGCCTGGGCGAAGATGGTCCGACGCACCAGGCTGTTGAGCAACTGGCCAGCCTGCGCTTAACGCCa < 2:472592/237‑1 (MQ=255) cGGGGTGCGTGAATTTGGCATGACCGCTATCGCCAACGGCATCGCGCACCACGGCGGCTTTGTGCCGTATACCGCGACGTTCCTGATGTTTGTTGAA‑TACGCCCGTAACGCCGCGCGGATGGCGGCACTGATGAAAGCGCGGCAGATTATGGTTTATACCCACGACTCAATTGGCCTGGGCGAAGATGGTCCGACGCACCAGGCTGTTGAGCAACTGGCCAGCCTGCGCTTAACGCCaa > 1:1238644/1‑239 (MQ=255) cGGGGTGCGTGAATTTGGCATGACCGCTATCGCCAACGGCATCGCGCACCACGGCGGCTTTGTGCCGTATACCGCGACGTTCCTGATGTTTGTTGAA‑TACGCCCGTAACGCCGCGCGGATGGCGGCACTGATGAAAGCGCGGCAGATTATGGTTTATACCCACGACTCAATTGGCCTGGGCGAAGATGGTCCGACGCACCAGGCTGTTGAGCAACTGGCCAGCCTGCGATTACCGCCaa > 1:561273/1‑239 (MQ=255) ggTGCGTGAATTTGGCATGACCGCTATCGCCAACGGCATCGCGCACCACGGCGGCTTTGTGCCGTATACCGCGACGTTCCTGATGTTTGTTGAA‑TACGCCCGTAACGCCGCGCGGATGGCGGCACTGATGAAAGCGCGGCAGATTATGGTTTATACCCACGACTCAATTGGCCTGGGCGAAGATGGTCCGACGCACCAGGCTGTTGAGCAACTGGCCAGCCTGCGCTTAACGCCAAAtt > 1:300298/1‑239 (MQ=255) 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gTGAATTTGGCATGCCCGGATACGCCAACGGCCTCGCCGCCCACGGGGGCTTTGGGCCGTATACCGCGACGTTCCTGATGTTTGTTGAA‑TACGCCCGTAACGCCGCGCGGATGGCGGCACTGATGAAAGCGCGGCAGATTATGGTTTATACCCACGACTCAATTGGCCTGGGCGAAGATGGTCCGACGCACCAGGCTGTTGAGCAACTGGCCAGCCTGCGCTTAACGCCAAATTTCA‑g < 1:1202774/238‑1 (MQ=255) gTGAATTGGGCATTACCCCTTCCGCCACCGGCATCGCGACACACGGCGGCTTTGGGCCGTATACCGCGACGTTCCTGATGTTTTTTGAA‑TACGCCCGTAACGCCGCGCGGATGGCGGCACTGATGAAAGCGCGGCAGATTATGGTTTATACCCACGACTCAATTGGCCTGGGCGAAGATGGTCCGACGCACCAGGCTGTTGAGCAACTGGCCAGCCTGCGCTTAACGCCAAATTTCA‑g < 2:1114399/238‑1 (MQ=255) ttGGCATGACCCTTATCGCCAACGGCATCGCGGACCACGGCGGCTTTGGCCCGTATACCGCGACGTTCCTGATGTTTGTTGAA‑TACGCCCGTAACGCCGCGCGGATGGCGGCACTGATGAAAGCGCGGCAGATTATGGTTTATACCCACGACTCAATTGGCCTGGGCGAAGATGGTCCGACGCACCAGGCTGTTGAGCAACTGGCCAGCCTGCGCTTAACGCCAAATTTCA‑GCACCTgg < 1:473567/239‑1 (MQ=255) 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tCCTGATGTTTGTTGAA‑TACGCCCGTAACGCCGCGCGGATGGCGGCACTGATGAAAGCGCGGCAGATTATGGTTTATACCCACGACTCAATTGGCCTGGGCGAAGATGGTCCGACGCACCAGGCTGTTGAGCAACTGGCCAGCCTGCGCTTAACGCCAAATTTCA‑GCACCTGGCGACCGTGC‑GATCAGGTGGAAGCGGCGGTGGGCTGGAAGCT‑GGC‑GGTTTGGCGCCCCCACGGA‑CCg > 1:501918/1‑239 (MQ=255) ccgtattgttgtggAA‑GACCCCCGTAACGCCGCCCGGAGGGCGGCACTGGTGAAAGCGGGGCCGATTATGGTTTATCCCCACGACTCAATTGGCCTGGGCGAAGATGGTCCGACGCACCAGGCTGTTGAGCAACTGGCCAGCCTGCGCTTAACGCCAAATTTCA‑GCACCTGGCGACCGTGC‑GATCAGGTGGAAGCGGCGGTGGGCTGGAAGCT‑GGC‑GGTTGAGCGCCACAACGGA‑CCGa < 2:1211415/231‑1 (MQ=255) ccgtaTGTTTTTTGAA‑TGCCCCCGTAACGCCGGGCGGATGGCGGCACTGATGAAAGCGCGGCAGATTATGGTTTATACCCACGACTCAATTGGCCTGGGCGAAGATGGTCCGACGCCCCAGGCTGTTGAGCAACTGGCCAGCCTGCGCTTAACGCCAAATTTCA‑GCACCTGGCGACCGTGC‑GATCAGGTGGAAGCGGCGGTGGGCTGGAAGCT‑GGC‑GGTTGAGCGCCACAACGGA‑CCGa < 2:1321707/235‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |