Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_000913 | 175,537 | T→G | 17.8% | V144G (GTG→GGG) | clcA → | H(+)/Cl(‑) exchange transporter |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 175,537 | 0 | T | G | 17.8% | 163.6 / 2.5 | 82 | V144G (GTG→GGG) | clcA | H(+)/Cl(‑) exchange transporter |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (14/49); new base G (17/2); total (31/51) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.77e-07 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
GGGGCGCTGGTACATACTGCTGATAATTATCCGCTTCTGTTAACCGTCGCTTTTCTCTGTTCGGCGGTGCTGGCGATGTTTGGCTACTTTTTGGTGCGCAAATACGCGCCGGAAGCAGGTGGTTCGGGGATCCCGGAAATTGAAGGGGCGCTGGAAGATCAACGTCCCGTTCGCTGGTGGCGTGTATTGCCGGTGAAGTTCTTTGGCGGGCTGGGGACACTC‑GGCGGAGGCATGGTGTTGGGGCGCGAAGGGCCAACCGTGCAGATCGGC‑GGTAA‑CATTGGCCGT‑ATGGT‑GCTTGATATTTTCCGCCTGAAAGGT‑GACGAAGCTCGCCATACGCTGCTGGCAACCGGTGCTGCTGCGGGGCTGGCTGCGGCCTTTAACGCGCCGCTGGCGGGTATTTTGTTTATTATCGAAGAGATGCGTCCGCAGTTTCGCTATACGTTAATTTCGATTAAAGCGGTATTTATTGG > NC_000913/175302‑175768 | ggggCGCTGGTACATACTGCTGATAATTATCCGCTTCTGTTAACCGTCGCTTTTCTCTGTTCGGCGGTGCTGGCGATGTTTGGCTACTTTTTGGTGCGCAAATACGCGCCGGAAGCAGGTGGTTCGGGGATCCCGGAAATTGAAGGGGCGCTGGAAGATCAACGTCCCGTTCGCTGGTGGCGTGTATTGCCGGTGAAGTTCTTTGGCGGGCTGGGGGCACCC‑GGCGGGGGCCTGGGGtt > 1:663854/1‑239 (MQ=255) cTGGTACATACTGCTGATAATTATCCGCTTCTGTTAACCGTCGCTTTTCTCTGTTCGGCGGTGCTGGCGATGTTTTGCTACTTTTTGGTGCTCAAATACGCGCCGGAATCAGGTGGTTCGGGGATCCCGGACATTTCAGGGGCGCTGGCACATCAACGTCCCGTTCGCTGGGGTCGTGTATTGCCGGGGAAGTTTTTTGGCGGGGTGGGGACACCC‑GCCCGAGCCCTTGTGTTGGGgcg > 2:1355857/1‑239 (MQ=255) ggTACATACTGCTGATAATTATCCGCTTCTGTTAACCGTCGCTTTTCTCTGTTCGGCGGTGCTGGCGATGTTTGGCTACTTTTTGGTGCGCAAATACGCGCCGGAAGCAGGTGGTTCGGGGATCCCGGAAATTGAAGGGGCGCTGGAAGATCAACGTCCCGTTCGCTGGTGGCGTGTATTGCCGGTGAAGTTCTTTGGCGGGCTGGGGACACTC‑GGCGGAGGCATGGTGTTGGGGcgcg < 1:1005943/239‑1 (MQ=255) taaatgctgctgATAATTTCCCGCTTTTGTTAACCGTCGGTTTTCGCTGTTCGGCGGTGCTGGCGATGTTTGGCTACTTTTGGGTGCGCAAATACGCGCCGGAAGCAGGTGGTTCGGGGATCCCGGAAATTGAAGGGGCGCTGGAAGATCAACGTCCCGTTCGCTGGTGGCGTGTATTGCCGGTGAAGTTCTTGGGCGGGCTGGGGACACTC‑GGCGGAGGCATGGTGTTGGGGCGCGa < 1:1068338/232‑1 (MQ=255) cATACTGCTGATAATTATCCGCTTCTGTTAACCGTCGCTTTTCTCTGTTCGGCGGTGCTGGCGATGTTTGGCTACTTTTTGGTGCGCAAATACGCGCCGGAAGCAGGTGGTTCGGGGATCCCGGAAATTGAAGGGGCGCTGGAAGATCAACGTCCCGTTCGCTGGTGGCGTGTATTGCCGGTGAAGTTCTTTGGCGGGCTGGGGACACTC‑GGCGGAGGCATGGTGTTGGGGCGCGAAgg < 1:1007150/239‑1 (MQ=255) ttctgttgTTAATTTTCCTGTTCTTTTAACCTTCGCTTTTCCTTTTTCGGGGGGGGTGGGGATGGTTGGCTACTTTGTGGGGCGGAAATTCGCGGCGGAAGCAGGTGGTTCGGGGGTCCCGGAAATTGAAGGGGCGCTGGAAGATCAACGTCCCGTTCGCTGGTGGCGTGTATTGCCGGTGAAGTTCTTTGGCGGGCTGGGGACACTC‑GGCGGAGGCATGGTGTTGGGGCGCGAAGGGc < 2:663854/237‑1 (MQ=255) tcctgctgATAATTATCCGCTTCTGTTAACCGTCGCTTTTCTCTGTTCGGCGGTGCTGGCGATGTTTGGCTACTTTTTGGTGCGCAAATACGCGCCGGAAGCAGGTGGTTCGGGGATCCCGGAAATTGAAGGGGCGCTGGAAGATCAACGTCCCGTTCGCTGGTGGCGTGTATTGCCGGTGAAGTTCTTTGGCGGGCTGGGGACACTC‑GGCGGAGGCATGGTGTTGGGGCGCGAAGGGc < 1:858098/237‑1 (MQ=255) tACTGGTGATAATTTGCCGTTTCTGTTAACCGTTGCTTTTCTCTGTTCGGCGGTGCTGGCGATGTTTGGCTACTTTTTGGTGCGCAAATACGCGCCGGAAGCAGGTGGTTCGGGGATCCCGGAAATTGAAGGGGCGCTGGAAGATCAACGTCCCGTTCGCTGGTGGCGTGTATTGCCGGTGAAGTTCTTTGGCGGGCTGGGGACACTC‑GGCGGAGGCATGGTGTTGGGGCGCGAAGGGc < 1:130754/239‑1 (MQ=255) tggtgATAATTACCCGCTTCTGGTAACCTTCGCTTTTCTCTGTTCGGCGGTGCTGGCTATGGTTGGCTACTTTTGGGGGCGCAAATACGCGCCGGAAGCAGGTGGTTCGGGGATCCCGGAAATTGAAGGGGCGCTGGAAGATCAACGTCCCGTTCGCTGGTGGCGTGTATTGCCGGTGAAGTTCTTTGGCGGGCTGGGGACACTC‑GGCGGAGGCATGGTGTTGGGGCGCGAAGGGCCaa < 1:89474/236‑1 (MQ=255) tgctgATAATTATCCGCTTCTGTTAACCGTCGCTTTTCTCTGTTCGGCGGTGCTGGCGATGTTTGGCTACTTTTTGGTGCGCAAATACGCGCCGGAAGCAGGTGGTTCGGGGATCCCGGAAATTGAAGGGGCGCTGGAAGATCACCGTCCCGTTCGCTTGTGGCGCGTATTGCCGGTGAGAATTTTTGGCGGGTCGGGGGCCCTC‑GGCGGGGGGATGGGGTTGGGGGGCGAgggggag > 2:232236/1‑235 (MQ=255) 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GGGGCGCTGGTACATACTGCTGATAATTATCCGCTTCTGTTAACCGTCGCTTTTCTCTGTTCGGCGGTGCTGGCGATGTTTGGCTACTTTTTGGTGCGCAAATACGCGCCGGAAGCAGGTGGTTCGGGGATCCCGGAAATTGAAGGGGCGCTGGAAGATCAACGTCCCGTTCGCTGGTGGCGTGTATTGCCGGTGAAGTTCTTTGGCGGGCTGGGGACACTC‑GGCGGAGGCATGGTGTTGGGGCGCGAAGGGCCAACCGTGCAGATCGGC‑GGTAA‑CATTGGCCGT‑ATGGT‑GCTTGATATTTTCCGCCTGAAAGGT‑GACGAAGCTCGCCATACGCTGCTGGCAACCGGTGCTGCTGCGGGGCTGGCTGCGGCCTTTAACGCGCCGCTGGCGGGTATTTTGTTTATTATCGAAGAGATGCGTCCGCAGTTTCGCTATACGTTAATTTCGATTAAAGCGGTATTTATTGG > NC_000913/175302‑175768 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |