| Predicted mutation | |||||||
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| RA | NC_000913 | 2,882,451 | A→C | 9.5% | V62G (GTG→GGG) | casB ← | CRISP RNA (crRNA) containing Cascade antiviral complex protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | NC_000913 | 2,882,451 | 0 | A | C | 9.5% | 388.6 / 3.9 | 145 | V62G (GTG→GGG) | casB | CRISP RNA (crRNA) containing Cascade antiviral complex protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (77/47); new base C (2/18); total (79/66) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.25e-05 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 146 total aligned reads displayed.
CCCACCAGGTCAACATCCTGGCCATTAATGGCCAGTCAAGTACGGGTTCGGCGTGAGTAAGTAATCGACGTAACTGGACCATATCGGCTGTTCTGTCAGCCCGAATTAATTGAAAGATACGGCGCTCGTTAATTCTTCCACTATTGGCTAAAGCTCTTCCCAACGAGATACCTGTTGTTTGCTCCGATTTTTTGTCCTGATGTCGGATGACATTCTTTCCTGCGCTCAGGCAAAACACCATGCGCAAAAGAG‑CCTG‑CTGGTGACGTGGGTTTTCCCAACCAAAAGGTTGCACCAGCCTATAAAACGCAGGGATATCGCGTAATTCATCAGGTTCTGAAACACGTCTAATTTGCGCACATGATCCATTATCCAGTTGTTGCCAGGCTCGATATAAAGCCATTGCATCAATTTCATCAGCCATTTGATGGCCCTCCTTGCGGTTTTAACTCCCGTAAATGTTTGTATAGCG > NC_000913/2882215‑2882683 | ccccccCGGTTAATAGCCTGGCCATTAATGGCCAGTCAAGTACGGGTTCGGCGTGAGGAATTAATCGACGTAACTGGACCATATCGGCTGTTCTGTCAGCCCGAATTAATTGAAAGATACGGCGCGCGTTAATTCTTCCACTATTGGCTAAAGCTCTTCCCAACGAGATACCTGTTGTTTGCTCCGATTTTTTGTCCTGATGTCGGATGACATTCTTTCCTGCGCTCAGGCAAAAcccc < 2:568773/239‑1 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |