| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 3,275,634 | A→C | 18.6% | T119P (ACC→CCC) | garD → | D‑galactarate dehydrogenase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,275,634 | 0 | A | C | 18.6% | 154.6 / 2.2 | 81 | T119P (ACC→CCC) | garD | D‑galactarate dehydrogenase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (43/18); new base C (6/13); total (49/32) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.31e-03 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
CCGGATGGGCTGGAATTAATTGAACATATTCCCCAGGGGCATAAAGTCGCATTGCTGGACATTCCGGCTAATGGTGAAATTATTCGTTATGGCGAAGTGATTGGTTACGCCGTGCGTG‑CAATCCCACGCGGAAGCTGGATCGACGAATCAA‑TGGTTGTACTACCGGAAGCGCCGCCGT‑T‑ACACACGCTGCCACTGGCAACCAAAGTCCCGGAACCCTTA‑CCGCCGCTGGAAGGATACACCTTTGAGGGCTATCGCAATGCCGATGGCA‑GCGTGGGCACCAAAAACCTGCTCGGTATCACCACCAGCGTCCACTGTGTGGCAGGCGTGGTGGACTATGTAGTAAAAATCATTGAACGCGATCTGCTACCGAAATACCCGAACGTCGATGGCGTGGTGGGGCTGAATCATTTGTACGGTTGTGGCGTGGC‑GATTAACGCACCGGCGGCAGTTGTACCTATCCGTACCATTCACA > NC_000913/3275397‑3275868 | ccGGATGGGCTGGAATTAATTGAACATATTCCCCAGGGGCATAAAGTCGCATTGCTGGACATTCCGGCTAATGGTGAAATTATTCGTTATGGCGAAGTGATTGGTTACGCCGTGCGTG‑AAATCCCACGCGGAAGCTGGATCGACGAATCAA‑TGGTTGTACTACCGGAACCGCCGCCGT‑T‑ACACACGCTGCCACTGGCAACCAAAGTCCCGGCACCCTTC‑CCGCCGCTGGAAGCATaca > 1:587770/1‑238 (MQ=255) attGAACATATTCCCCAGGGGCATAAAGTCGCATTGCTGGACATTCCGGCTAATGGTGAAATTATTCGTTATGGCGAAGTGATTGGTTACGCCGTGCGTG‑CAATCCCACGCGGAAGCTGGATCGACGAATCAA‑TGGTTGTACTACCGGAAGCGCCGCCGT‑T‑ACACACGCTGCCACTGGCAACCAAAGTCCCGGAACCCTTA‑CCGCCGCTGGAAGGATACACCTTTGAGGGCTATCGCaa > 1:427438/1‑239 (MQ=255) aaCATATTCCCCAGGGGCATAAAGTCGCATTGCTGGACATTCCGGCTAATGGTGAAATTATTCGTTATGGCGAAGTGATTGGTTACGCCGTGCGTG‑CAATCCCACGCGGAAGCTGGATCGACGAATCAA‑TGGTTGTACTACCGGAAGCGCCGCCGT‑T‑ACACACGCTGCCACTGGCAACCAAAGTCCCGGAACCCTTA‑CCGCCGCTGGAAGGATCAACCTTTGAGGGCTATCGCAATGcc > 1:222987/1‑239 (MQ=255) atTCCCCAGGGGCATAAAGTCGCATTGCTGGACATTCCGGCTAATGGTGAAATTATTCGTTATGGCGAAGTGATTGGTTACGCCGTGCGTG‑CAATCCCACGCGGAAGCTGGATCGACGAATCAC‑TGGTTGTACTACCGGAAGCGCCGCCGT‑T‑ACCCACGCTGCCACTGGCAACCACAGCCCCGGAACCCTTA‑CCGCCGCTGGAAGGATACACCTTTGAGAGCTATCCCAATGCCGATgg > 1:408229/1‑239 (MQ=255) 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ccccctcgtgAAGGAGTCCCCTTTGGGGGGTTACTCAAGCCCGATGGCAGGCGT‑GCCATCAAAACCCTTCTCGGTATCACCACCAGCGTCCACTGTGTGTCAGGCGTGGTGGACTATGTAGTAAAAATCATTGAACGCGATCTGCTACCGAAATACCCGAACGTCGATGGCGTGGTGGGGCTGAATCATTTGTACGGTTGTGGCGTGGC‑TATTAACGCCCCGGCGGCAGTTGTACCTAt < 2:587770/230‑1 (MQ=255) gcTGGAAGGATACCCCTTTGAGGGCTATCGCAATGCCGATGGCA‑GCGTGGGCACCAAAAACCTGCTCGGTATCACCACCAGCGTCCACTGTGTGGCAGGCGTGGTGGACTATGTAGTAAAAATCATTGAACGCGATCTGCTACCGAAATACCCGAACGTCGATGGCGTGGTGGGGCTGAATCATTTGTACGGTTGTGGCGTGGC‑GATTAACGCACCGGCGGCAGTTGTACCTATCCGTa < 1:1110833/239‑1 (MQ=255) gcTGGAAGGAAACCCCTTGGAGGGCTATCCCAATGCCGGTGGCA‑GCGGGGGCACCAAAAACCCGCTCGGTATCACCACCAGCGTCCACTGTGTGGCAGGCGTGGTGGACTATGTAGTAAAAATCAGTGAACGCGATCTGCTACCGAAATACCCGAACGTCGATGGCGTGGTGGGGCTGAATCATTTGTACGGTTGTGGCGTGGC‑GATTAACGCACCGGCGGCAGTTGTACCTATCCGTa < 2:752974/239‑1 (MQ=255) 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CCGGATGGGCTGGAATTAATTGAACATATTCCCCAGGGGCATAAAGTCGCATTGCTGGACATTCCGGCTAATGGTGAAATTATTCGTTATGGCGAAGTGATTGGTTACGCCGTGCGTG‑CAATCCCACGCGGAAGCTGGATCGACGAATCAA‑TGGTTGTACTACCGGAAGCGCCGCCGT‑T‑ACACACGCTGCCACTGGCAACCAAAGTCCCGGAACCCTTA‑CCGCCGCTGGAAGGATACACCTTTGAGGGCTATCGCAATGCCGATGGCA‑GCGTGGGCACCAAAAACCTGCTCGGTATCACCACCAGCGTCCACTGTGTGGCAGGCGTGGTGGACTATGTAGTAAAAATCATTGAACGCGATCTGCTACCGAAATACCCGAACGTCGATGGCGTGGTGGGGCTGAATCATTTGTACGGTTGTGGCGTGGC‑GATTAACGCACCGGCGGCAGTTGTACCTATCCGTACCATTCACA > NC_000913/3275397‑3275868 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |