| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 3,437,052 | A→C | 12.7% | P179P (CCA→CCC) | trkA → | NAD‑binding component of TrK potassium transporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,437,052 | 0 | A | C | 12.7% | 285.4 / 5.3 | 135 | P179P (CCA→CCC) | trkA | NAD‑binding component of TrK potassium transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (49/64); new base C (14/7); total (64/71) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.90e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 138 total aligned reads displayed.
TCACCAGACTACGTGCGCGATGCCGATAAGCTATTTCATTCAGATGCTGTGCCGATTGATCATCTGATCGCACCAGAGCAGTTGGTTATCGATAATATTTACCGACTGATTGAGTATCCCGGCGCATTGCAGGTGGTGAACTTCGCTGAGGGTAAAGTCAGCCTGGCTGTGGTTAAAGCCTATTATGGCGGCCCGCTGATTGGTAATGCACTTTCGACCATGCG‑CGAA‑CATATGCCACATATCG‑ATACTCGTGTGGCAGCAATTTTCCGCCACGATCGCCCCATTCGTCCGCAAGGTTCGACCATTGTTGAAGCTGGTGATGAAGTGTTCTTTATTGCCGCTTCACAGCATATCCGCGCGGTGATGAGTGAATTACAGCGACTGGAAAAACCGTATAAGCGGATCATGCTGGTTGGTGGCGGTAATATCGGTGCAGGGCTGGCGCGTCGTCTGGAAAAAGATTA > NC_000913/3436816‑3437279 | tccccAGATTCCTTGCGCGTTGCCGATAAGCTATTTCATTCAGATGCTGTGCCGATTGATCATCTGATCGCACCAGAGCAGTTGGTTATCGATAATATTTACCGACTGATTGAGTATCCCGGCGCATTGCAGGTGGTGAACTTCGCTGAGGGTAAAGTCAGCCTGGCTGTGGTTAAAGCCTATTATGGCGGCCCGCTGATTGGTAATGCACTTTCGACCATGCG‑CGAA‑CATATGCcaca < 2:66561/236‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |