Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_000913 | 286,013 | A→C | 12.5% | T207P (ACC→CCC) | yagG → | CP4‑6 prophage, putative sugar transporter |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 286,013 | 0 | A | C | 12.5% | 245.9 / 3.0 | 98 | T207P (ACC→CCC) | yagG | CP4‑6 prophage, putative sugar transporter |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (46/34); new base C (5/12); total (51/47) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.92e-02 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
TGCCGGGCGTCATCACCGCCGACCCGAAAGAGCGTCACGCCCTGCAGTCCTGGCGCTTCTTCCTGGCGGCGGCGGGCTCG‑CTCGCTATCAGCGGCATCGCGCTGCCGCTGGTGAGCATCATCGGCAAAGGGGACGAGCAGGTGGGCTACTTCGGCGCCAT‑GTGCGTGCTGGGGCTGAGCGGCG‑TGGTGCTGCTCTACGTCTGCTTCTTCACGACCAAAGAGCGCTACACCTTTGAGGTGCAGCCGGGCTCGTCGGTGGCGAAAGACCTTAAGCTGCTGCTGGGCAACAGCCAGTGGCGCATCATGTGCG‑CGTTCAAGATGATGGCGACCTGCTCCAACGTGGTGCGCGGCGGGGCGACGCTCTACTTCGTGAAATACGTGATGGATCACCCGGAGTTGGCGACCCAGTTTTTACTTTACGGCAGCCTCGCCACCATGTTCGGCTCGCTTTGCTCCTCACGCC > NC_000913/285786‑286247 | tGCCGGGCGTCATCACCGCCGACCCGAAAGAGCGTCACGCCCTGCAGTCCTGGCGCTTCTTCCTGGCGGCGGCGGGCTCG‑CTCGCTATCAGCGGCATCGCGCTGCCGCTGGTGAGCATCATCGGCACAGGGGACGAGCAGGTGGGCTACTTCGGCGCCAT‑GGGCGTGCTGGGGCGGAGGGGGG‑GGGTGCTGCTCTCCGGCTGCTTCTTTCCGACCAAAAAGCGCCCCAccccgctcctt > 2:723325/1‑230 (MQ=255) gggCGTCATCCCCGCCGACCCGAAAGAGCGTCACGCCCTGCAGTCCTGGCGCTTCTTCCTGGCGGCGGCGGGCTCG‑CTCGCTATCAGCGGCATCGCGCTGCCGCTGGTGAGCATCATCGGCAAAGGGGACGAGCAGGTGGGCTACTTCGGCGCCAT‑GTGCGTGCTGGGGCTGAGCGGCG‑TGGTGCTGCTCTACGTCTGCTTCTTCACGACCAAAGAGCGCTACACCTTTGAGGTGCAGc < 1:1044822/239‑1 (MQ=255) ggCGTCATCACCGCCGACCCGAAAGAGCGTCACGCCCTGCAGTCCTGGCGCTTCTTCCTGGCGGCGGCGGGCTCG‑CTCGCTATCAGCGGCATCGCGCTGCCGCTGGTGAGCATCATCGGCAAAGGGGACGAGCAGGGGGGCTACTTCGGCGCCCT‑GTGCGTGCTGGGGCTGAGCGGCG‑TGGTGCTGCTCTACGTCTGCTTCTTCACGACCCAAGAGCGCTCCACCTTTGAGGTGCAGcc > 1:841302/1‑239 (MQ=255) catcaCCGCCGACCCGAAAGAGCGTCACGCCCTGCAGTCCTGGCGCTTCTTCCTGGCGGCGGCGGGCTCG‑CTCGCTATCAGCGGCATCGCGCTGCCGCTGGTGAGCATCATCGGCAAAGGGGCCGAGCCGGTGGGCTACTTCCGCGCCCT‑GTGCGTGCTGGGCCTGGGCGGCG‑GGGGGCGGCCCTACGCTGGCTTCTTCCCGACCAAAGCGCGCTACCCCTTTGGGGGTCCGCCGGGc > 2:945943/1‑238 (MQ=255) atcaCCGCCGACCCGAAAGAGCGTCACGCCCTGCAGTCCTGGCGCTTCTTCCTGGCGGCGGCGGGCTCG‑CTCGCTATCTGCGGCATCGCGCTGCCGCTGGTGAGCATCATCGGCAAAGGGGACGAGCAGGTGGGCTACTTCGGCGCCAT‑GTGCGTGCTGGGGCTGAGCGGCG‑TGGTGCTGCTCTACGTCTGCTTCTTCACGACCAAAGAGCGCTACACCTTTGAGGTGCAGCCGGGcgc > 1:162294/1‑237 (MQ=255) ccgACCCGAAAGAGCGTCACGCCCTGCAGTCCTGGCGCTTCTTCCTGGCGGCGGCGGGCTCG‑CTCGCTATCAGCGGCATCGCGCTGCCGCTGGTGAGCATCATCGGCAACGGGGACGCGCAGGTGGGCTACTTCGGCGCCAT‑TTGCGTGCTGGGGCTGAGCGGCG‑GGGTGCTGCCCTACGTCTGCTTCTTCACGACCAAAAGACGCTCCACCTTTGAGGTGCAGCCGGGCCcggcgggg > 2:907559/1‑237 (MQ=255) ccGGAAGGGCGTCACGCACTGCATTCCTGGCGCTTTTTCCTGGCGGCGGCGGGCTCG‑CTCGCTATCAGCGGCATCGCGCTGCCGCTGGTGAGCATCATCGGCAAAGGGGACGAGCAGGTGGGCTACTTCGGCGCCAT‑GTGCGTGCTGGGGCTGAGCGGCG‑TGGTGCTGCTCTACGTCTGCTTCTTCACGACCAAAGAGCGCTACACCTTTGAGGTGCAGCCGGGCTCGTCGGTGGCGaa < 1:1136916/239‑1 (MQ=255) ccGAAAGGGCGTCCCGCCCTGCAGTCCGGGCCCTTCGTCCTGGCGGCGGCGGGCTCG‑CTCGCTATCAGCGGCATCGCGCTGCCGCTGGTGAGCATCATCGGCAAAGGGGACGAGCAGGTGGGCTACTTCGGCGCCAT‑GTGCGTGCTGGGGCTGAGCGGCG‑TGGTGCTGCTCTACGTCTGCTTCTTCACGACCAAAGAGCGCTACACCTTTGAGGTGCAGCCGGGCTCGTCGGTGGCGaa < 1:945943/239‑1 (MQ=255) ccGAAAGAGCGTCACGCCCTGCAGTCCTGGCGCTTCTTCCTGGCGGCGGCGGGCTCG‑CTCGCTATCAGCGGCATCGCGCTGCCGCTGGTGAGCATCATCGGCAAAGGGGACGAGCAGGTGGGCTACTTCGGCGCCAT‑GTGCGTGCTGGGGCTGAGCGGCG‑TGGTGCTGCTCTACGTCTGCTTCTTCACGACCAAAGAGCGCTACACCTTTGAGGTGCAGCCGGGCTCGTCGGTGGCGaa < 1:387004/239‑1 (MQ=255) ccGAAAGAGCGTCACGCCCTGCAGTCCTGGCGCTTCTTCCTGGCGGCGGCGGGCTCG‑CTCGCTATCAGCGGCATCGCGCTGCCGCTGGTGAGCATCATCGGCAAAGGGGACGAGCAGGTGGGCTACTTCGGCGCCAT‑GTGCGTGCTGGGGCTGAGCGGCG‑TGGTGCTGCTCTACGTCTGCTTCTTCACGACCAAAGAGCGCTACACCTTTGAGGTGCAGCCGGGCTCGTCGGTGGCGaa < 1:401113/239‑1 (MQ=255) 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tcttcCTGGCGGCGGCGGGCTCG‑CTCGCTATCAGCGGCATCGCGCTGCCGCTGGTGAGCATCATCGGCAAAGGGGACGAGCAGGTGGGCTACTTCGGCGCCAT‑GTCCGTGCTGGGGCTGAGCGGCG‑TGGTCCTGCCCTACGCCTGCTTCTTCACGACCAAAGGGCCCTACACCCTTTAGGGGCGACCGGGCCCGCGGGTGGCGAAAGACCTTAAACCGCGGGCGGGCaaaccaccggtg > 2:1111654/1‑229 (MQ=255) tcttcCCGGCGGCGGCGGGCTCG‑CTCGCTAGCAGCGGCATCGCGCTGCCGCTGGTGAGCATCATCGGCAAAGGGGACGAGCAGGTGGGCTACTTCGGCGCCAT‑GTGCGTGCTGGGGCTGAGCGGCG‑TGGTGCTGCTCTACGTCTGCTTCTTCACGACCAAAGAGCGCTACACCTTTGAGGTGCAGCCGGGCTCGTCGGTGGCGAAAGACCTTAAGCTGCTGCTGGGCAACAGCCAGTgg < 1:725503/239‑1 (MQ=255) gcggggCTCG‑CTCGCTTTCGGCGGCCTCGCGCTGCCGCTGGTGGGCCTCATGGGCAAAGGGGACGGGCAGGTGGGCTCCTTCGGCGCCAT‑GTGCGTGCTGGGGGTGAGCGGCG‑TGGTGCTGCTCTACGTCTGCTTCTTCACGACCAAAGAGCGCTACACCTTTGAGGTGCAGCCGGGCTCGTCGGTGGCGAAAGACCTTAAGCTGCTGCTGGGCAACAGCCAGTGGCGCATCATGTgcg < 2:727345/236‑1 (MQ=255) 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aTCGCGCTGCCGCTGGTGAGCATCATCGGCAAAGGGGACGAGCAGGTGGGCTACTTCGGCGCCAT‑GTGCGTGCTGGGGCTGAGCGGCG‑TGGTGCTGCTCTACGTCTGCTTCTTCACGACCAAAGAGCGCTACACCTTTGAGGTGCAGCCGGGCTCGTCGGTGGCGAAAGACCTTAAGCTGCTGCTGGGCAACAGCCAGTGGCGCATCATGTGCG‑CGTTCAAGATGATGGCGCCCTGCTc > 1:63869/1‑239 (MQ=255) aTCGCGCTGCCGCTGGTGAGCATCATCGGCAAAGGGGACGAGCAGGTGGGCTACTTCGGCGCCAT‑GTGCGTGCTGGGGCTGAGCGGCG‑TGGTGCTGCTCTACGTCTGCTTCTTCACGACCAAAGAGCGCTACACCTTTGAGGTGCAGCCGGGCTCGTCGGTGGCGAAAGACCTTAAGCTGCTGCTGGGCAACAGCCAGTGGCGCATCATGTGCG‑CGTTCAAGATGATGGCGACCTGcc > 1:901299/1‑237 (MQ=255) aTCGCGCTGCCGCTGGTGAGCATCATCGGCAAAGGGGACGAGCAGGTGGGCTACTTCGGCGCCAT‑GTGCGTGCTGGGGCTGAGCGGCG‑TGGTGCTGCTCTACGTCTGCTTCTTCACGACCAAAGAGCGCTACACCTTTGAGGTGCAGCCGGGCTCGTCGGTGGCGAAAGACCTTAAGCTGCTGCTGGGCAACAGCCAGTGGCGCATCATGTGCG‑CGTTCAAGATGATGGCGACCTGCt < 1:1309582/238‑1 (MQ=255) 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atcatgGGCAAGGGGGGCGGGGTGGTGGGCTACCTGGGCGCCAT‑GTGCGTGCGGGGGCTGGGCGGCG‑TGGTGCTGCTCTACGTCTGCTTCTTCACGACCAAAGAGCGCTACCCCTTTGAGGTGCAGCCGGGCTCGTCGGTGGCGAAAGACCTTAAGCTGCTGCTGGGCAACAGCCAGTGGCGCATCATGTGCG‑CGTTCAAGATGATGGCGACCTGCTCCAACGTGGTGCGCGGCgggg < 2:809899/238‑1 (MQ=255) atcatcGGCAAAGGGGACGGGCAGGGGGGCTACTTCGGCGCCAT‑GTGCGTGCTGGGGCTGAGCGGCG‑TGGTGCTGCTCTACGTCTGCTTCTTCACGACCAAAGAGCGCTACCCCTTTGAGGTGCAGCCGGGCTCGTCGGTGGCGAAAGACCTTAAGCTGCTGCTGGGCAACAGCCAGTGGCGCATCATGTGCG‑CGTTCAAGATGATGGCGACCTGCTCCAACGTGGTGCGCGGCgggg < 1:1113972/238‑1 (MQ=255) atcatcGGCAAAGGGGACGAGCAGGTGGGCTACTTCGGCGCCAG‑GTGCGTGCTGGGGCTGAGCGGCG‑TGGTGCTGCTCTACGTCTGCTTCTTCACGACCAAAGAGCGCTACACCTTTGAGGTGCAGCCGGGCTCGTCGGTGGCGAAAGACCTTAAGCTGCTGCTGGGCAACAGCCAGTGGCGCATCATGTGCG‑CGTTCAAGATGATGGCGACCTGCTCCAACGTGGTGCGCGGCgggg < 1:1108400/238‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |