| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,838,897 | G→T | 10.3% | L217F (TTG→TTT) | yicL → | EamA family inner membrane putative transporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,838,897 | 0 | G | T | 10.3% | 457.6 / 2.1 | 153 | L217F (TTG→TTT) | yicL | EamA family inner membrane putative transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (48/85); new base T (16/4); total (64/89) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.84e-04 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.92e-01 | |||||||||||
Only 100 of 153 total aligned reads displayed.
GTGACACACGGTAATCCGACGTCATTATCGATCTCTCCTG‑CCGCGTTGTTCTGGGGCATTGCCTCGGCATTTGCTGCTGCATTCTATACCACCTATCCCTCAACGCTAATTGCCCGCTATGGCACGTTACCAGTCGTCGGCTGGAGTATGCTGATTGGCGGTCTGATTCTGTTGCCTTTTTATGCCAGACAAGGAACAAACTTTGTCGTTAACGGCA‑G‑TTTGA‑TTCTGGCGTTTTTTTATTTGGT‑GGTCATTGGTACGTCCCTG‑ACATTTAGTC‑TGTACC‑TGAAAGGAGCACAATTAATTGGCGGTCCAAAAGCCAGCATTTTGAGCTGTG‑CAGAACCATTAA‑GTAGCGCGCT‑ACTCTCTTTGCTGTTGCTGGGGATCACGTTCACATTACCGGACTGGCTGGGAACGCTGCTGATTCTGTCATCGGTGATTTTGATTTCAAT > NC_000913/3838676‑3839118 | gTGACACACGGTAATCCGACGTCATTATCGATCTCTCCTG‑CCGCGTTGTTCTGGGGCATTGCCTCGGCATTTGCTGCTGCATTCTATACCACCTATCCCTCAACGCTAATTGCCCGCTATGGCACGTTACCAGTCGTCGGCTGGAGTATGCTGATTGGCGGTCTGATTCTGTTGCCTTTTTATGCCAGACAAGGAACAAACTTTTTCGTTAACGGCA‑G‑GTTGA‑TTTTGGCGtttttttt > 1:39876/1‑238 (MQ=255) cccccgtttgtCCGACGTCATTATTGATCTCTCCTG‑CCGCGTTGTTCTGGGGTATTGCCTCGGCATTTGCTGCTGCATTCTATACCACCTATCCCTCAACGCTAATTGCCCGCTATGGCACGTTACCAGTCGTCGGCTGGAGTATGCTGATTGGCGGTCTGATTCTGTTGCCTTTTTATGCCAGACAAGGAACAAACTTTGTCGTTAACGGCA‑G‑TTTGA‑TTCTGGCGTTTTTTTATTtg < 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ccGCGTTGTTCTGGGGCATTGCCTCGGCATTTGCTGCTGCATTCTATACCACCTATCCCTCAACGCTAATTGCCCGCTATGGCACGTTACCAGTCGTCGGCTGGAGTATGCTGATTGGCGGTCTGATTCTGTTTCCTTTTTATGCCAGAAAAGGAACAAACTTTGTCGTTAACGGCA‑GTTTTGT‑TTTTGGGGTTTTTTTTTTTGG‑‑GGTGAATTGTAAGTCCCCG‑ACATTTAGTC‑TGTa > 2:425434/1‑238 (MQ=255) cgTTGTTCTGGGGCATTGCCTCGGCATTTGCTGCTGCATTCTATACCACCTATCCCTCAACGCTAATTGCCCGCTATGGCACGTTACCAGTCGTCGGCTGGAGTATGCTGATTGGCGGTCTGATTCTGTTGCCTTTTTATGCCAGACAAGGAACAAACTTTGTCGTTAACGGCA‑G‑GTTGA‑TTCTGGCGTTTTTTTATTTGGT‑GGGCATTGGTACGTCCCCT‑ACAtttttgcttttcctg > 1:1151336/1‑227 (MQ=255) tgttCTGGGGCATTGCCTCGGCATTTGCTGCTGCATTCTATACCCCCTATCCCTCAACGCTAATTGCCCGCTATGGCACGTTACCAGTCGTCGGCTGGAGTATGCTGATTGGCGGTCTGATTCTGTTGCCTTTTTATGCCAGACAAGGAACAAACTTTGTCGTTAACGGCA‑G‑TTTGA‑TTCTGGCGTTTTTTTATTTGGT‑GGTCATTGGTACGTCCCTG‑ACATTTAGTC‑TGTACC‑TGaa < 1:609023/238‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |