| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 334,255 | T→C | 10.9% | E60G (GAG→GGG) | yahB ← | putative DNA‑bindng transcriptional regulator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 334,255 | 0 | T | C | 10.9% | 432.0 / 7.5 | 160 | E60G (GAG→GGG) | yahB | putative DNA‑bindng transcriptional regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (68/71); new base C (3/16); total (71/89) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.67e-03 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 160 total aligned reads displayed.
GACGCCGTTATACACTTCGGTGGTGACGGTAATCTGGCAGGTAGGAAACTGCTTTTTCAGCACCTGTAACAAGCGTGCGGTGTGTTTGGGCGTATAAAGCAGCTGATTAATACAAATGCGCACACGCGCTTCTATGCCCTGCGAAATAGTATCGATTCTGCGTTTGATGGCATAAAAATCATTCAGCAGGTCGGTAGCTTTGCGGAAAAAATAACGCCCGGACTCCGTTAACTCAATGCTGCGGGTACTGCGAGTGAACAGCA‑CCACATCCAGCCCCGTCTCCATACGCTTAATGGTGTAGCTAATGGCGGAAGTGGTTAAACCCAACTCTTCTGCGGCTTTACTGAAGCTGCCAAAACGCGCAGCGGTAGTAAATGCCAACAGATTCTCTTCGGTAAAAATTGAGTTCATTAAACCATTCTCGCCATTATCTACTATGAATTTCTCCAGCTATGACTGTAGAGGTAT > NC_000913/334023‑334490 | ccGTTATACACTTCGGTGGTGACGGTAATCTGGCAGGTAGGAAACTGCTTTTTCAGCACCTGTAACAAGCGTGCGGTGTGTTTGGGCGTATAAAGCAGCTGATTAATACAAATGCGCACACGCGCTTCTATGCCCTGCGAAATAGAATCGATTCTGCGTTTGATGGCATAAAAATCATTCAGCAGGTCGGTAGCTTTTCGGAAAAACTAACCCCCGGACCCCGTTAACTAAAtcctggg > 2:1181584/1‑237 (MQ=255) gTTATACACTTCGGTGGTGACGGTAATCTGGCAGGTAGGAAACTGCTTTTTCAGCACCTGTAACAAGCGTGCGGTGTGTTTGGGCGTATAAAGCAGCTGATTAATACAAATGCGCACACGCGCTTCTATGCCCTGCGAAATAGTATCGATTCTGCGGTTGATGGCATAAAAATCATTCAGCAGGCCGGTAGCTTTGCGGAAAAAATAACGCCCGGACTCCGTTAACTCAATGCTCCggg > 1:135889/1‑239 (MQ=255) ttaCCCTTCGGTGTGGAAGGTTATCTGGCAGGTAGGAAACGTCTTTTTCAGCACCTGTAACAAGCGTGCGGTGTGTTTGGGCGTATAAAGCAGCTGATTAATACAAATGCGCACACGCGCTTCTATGCCCTGCGAAATAGTATCGATTCTGCGTTTGATGGCATAAAAATCATTCAGCAGGTCGGTAGCTTTGCGGAAAAAATAACGCCCGGACTCCGTTAACTCAATGCTGCGGGTAc < 2:1245446/238‑1 (MQ=255) ataCACTTCGGTGGTGACGGTAATCTGGCAGGTAGGAAACTGCTTTTTCAGCACCTGTAACAAGCGTGCGGTGTGTTTGGGCGTATAAAGCAGCTGATTAATACAAATGCGCACACGCGCTTCTATGCCCTGCGAAATAGTATCGATTCTGCGTTTGATGGCATAAAAATCATTCAGCAGGTCGGTAGCTTTGCGGAAAAAATAACGCCCGGACTCCGTTAACTCAATGCTGCGGGTAc < 1:1049334/239‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |