| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,981,334 | A→G | 14.6% | E150G (GAG→GGG) | yifK → | putative APC family amino acid transporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,981,334 | 0 | A | G | 14.6% | 244.8 / 4.7 | 115 | E150G (GAG→GGG) | yifK | putative APC family amino acid transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (35/57); new base G (16/3); total (55/60) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.77e-04 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.96e-01 | |||||||||||
Only 100 of 115 total aligned reads displayed.
TTACCGGTTCGTTCGCCGTTTATGCGCATCGTTATATGAGCCCGTTCTTTGGCTATCTCACCGCCTGGTCTTACTGGTTTATGTGGATGGCGGTGGGGATCTCTGAAATCACCGCCATTGGCGTTTATGTCCAGTTCTGGTTCCCGGAGATGGCGCAGTGGATACCCGCATTGATCGCAGTGGCGCTGGTGGCGTTGGCGAATCTGGCGGCGGTGCGGTTGTACGGCGAAATCGAGTTCTGGTTCGCGATGATCAAAGTCACCACGATTATCGTGATGATTGTCATTGGCCTGGGCGTGATTTTCTTTGGCTTTGGCAATGGCGGGCAGTCGATTGGTTTTAGCAATCTCACAGAGCATGGCGGTTTCTTTGCGGGTGGCTGGAAAGGGTTCCTGACCGCTCTGTGTATTGTGGTGGCGTCCTACCAGGGCGTGGAGCTGATTGGCATTACTGCCGGTGAAG > NC_000913/3981100‑3981561 | ttaccggttCGTTCGCCGTTTATGCGCATCGTTATATGAGCCCGTTCTTTGGCTATCTCACCGCCTGGTCTTACTGGTTTATGTGGATGGCGGTGGGGATCTCTGAAATCACCGCCATTGGCGTTTATGTCCAGTTCTGGTTCCCGGAGATGGCGCAGTGGATACCCGCATTGATCGCAGTGGCGCTGGTGGCGTTGGCGAATCTGGCGGCGGTGCGGTTGTACGCCGAAATCGAGTTc > 1:1087365/1‑239 (MQ=255) ttcgttcgCCGTTTATGCGCATCGTTATATGAGCCCGTTCTTTGGCTATCTCACCGCCTGGTCTTACTGGTTTATGTGGATGGCGGTGGGGATCTCTGAAATCACCGCCATTGGCGTTTATGTCCAGTTCTGGTTCCCGGAGATGGCGCAGTGGATACCCGCATTGATCGCCGTGGCGCTGGTGGCGTTGGCGAATCTGGCGTCGGTGCGGTTTTACTGCGAAATCGCGTTCTGGTTcc > 1:55468/1‑238 (MQ=255) cgttcgCCGTTTATGCGCATCGTTATATGAGCCCGTTCTTTGGCTATCTCACCGCCTGGTCTTACTGGTTTATGTGGATGGCGGTGGGGATCTCTGAAATCACCGCCATTGGCGTTTATGTCCAGTTCTGGTTCCCGGAGATGGCGCAGTGGATACCCGCATTGATCGCAGTGGCGCTGGTGGCGTTGGCGAATCTGGCGGCGGTGCGGTTGTACGGCGAAATCGAGTTCTGGTTcgcg > 1:7579/1‑239 (MQ=255) cGTTATATGAGCCCGTTCTTTGGCTATCTCACCGCCTGGTCTTACTGGTTTATGTGGATGGCGGTGGGGATCTCTGAAATCACCGCCATTGGCGTTTATGTCCAGTTCTGGTTCCCGGAGATGGCGCAGTGGATACCCGCATTGATCGCAGTGGCGCTGGTGGCGTTGGCGAATCTGGCGGCGGTGCGGTTTTACGGCGAAATCCAGTTCTGGTTCGCCAGCATTAAAGTCCCCCCggt > 1:1046441/1‑237 (MQ=255) tgtaaaagAGCCTGTTCTTGGGCATTCCCACCGCCTGGTCTTATGGTTTTAGGTGGATGGCGGTGGGGATCTCTGAAATCACCGCCATTGGCGTTTATGTCCAGTTCTGGTTCCCGGAGATGGCGCAGTGGATACCCGCATTGATCGCAGTGGCGCTGGTGGCGTTGGCGAATCTGGCGGCGGTGCGGTTGTACGGCGAAATCGAGTTCTGGTTCGCGATGATCAAAGTCACCACGAtt < 1:1362351/232‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |