| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,011,489 | A→G | 10.7% | T139A (ACT→GCT) | yigM → | putative inner membrane EamA‑like transporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,011,489 | 0 | A | G | 10.7% | 336.9 / 5.2 | 126 | T139A (ACT→GCT) | yigM | putative inner membrane EamA‑like transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (51/57); new base G (12/3); total (64/62) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.55e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 127 total aligned reads displayed.
TGGGCGCGATGCAGCTTGGCGTGATGTATATGCTGAGTTTCCGCGCTTATCTC‑TACCTGACGGTTTCCGAGCTGCTGCTGTTCACCGTGCTGACGCCGCTCTACATCACGCTGATTTATGACATCATGAGTAAGCGCCGTCTGCGCTGGGGCTATGCCTTTAGCGCCTTGCTGGCGGTGATTGGTGCCGGGATTATTCGCTATGATCAGGTCACCGACCATTTCTGGACTGGCTTGCT‑GCTGGTGCAACTCTCCAATATCACTTTTGCCATTGGCA‑TG‑GTGGGTT‑ACAAACGCCTGATGGAAACTCGCCCGA‑TGCCACAGCATAACGC‑CTTTGC‑GTGGTTCTATCTT‑GG‑CGCGTTTCTGGTGGCAGTGATTGCATGGTTCTTGCTGGGAAATGCGCAGAAAATG‑CCGCAAACCACGCTGCAATGGGGCATTCTGGTGTTTCTTGGCGTGGTGGCTTCCGGGATTG > NC_000913/4011262‑4011726 | tggGCGCGATGCAGCTTGGCGTGATGTATATGCTGAGTTTCCGCGCTTATCTC‑TACCTGACGGTTTCCGAGCTGCTGCTGTTCACCGTGCTGACGCCGCTCTACATCACGCTGATTTATGACATCATGAGTAAGCGCCGTCTGCGCTGGGGCTATGCCTTTAGCGCCTTGCTGTCGGTGATTGGGGCCGGGGTTATTCGCTATGACCAGGGCACCGACCCTTTTTGGACTGGCTtgct > 1:1364423/1‑238 (MQ=255)tggGCGCGATGCAGCTTGGCGTGATGTATATGCTGAGTTTCCGCGCTTATCTC‑TACCTGACGGTTTCCGAGCTGCTGCTGTTCACCGTGCTGACGCCGCTCTACATCACGCTGATTTATGACATCATGAGTAAGCGCCGTCTGCGCTGGGGCTATGCCTTTAGCGCCTTGCTGGCGGTGATTGGGTCCGGGATTATTCCCCTTGCTCCGGTCCCCGACACTTTTTGGACTGGCtt > 1:874710/1‑235 (MQ=255)tggGCGCGATGCAGCTTGGCGTGATGTATATGCTGAGTTTCCGCGCTTATCTC‑TACCTGACGGTTTCCGAGCTGCTGCTGTTCACCGTGCTGACGCCGCTCTACATCACGCTGATTTATGACATCATGAGTAAGCGCCGTCTGCGCTGGGGCTATGCCTTTAGCGCCTTGCTGGCGGGGGTTGGGGCCGGGGGTATTTGCCTTAATCCAGTGACCGCGCATTTTTGGACGGGGtttgtg > 2:447589/1‑235 (MQ=255) ggCGCGGTGCGTGTTGGGGTGAGTTTTATGCTGAGTTTCCGCCATTATCCC‑TACCTGAAGGTTTCCGAGCTGCTTCTGTTCACCGGTCTGACGCCGCTCTACATCACGCTGATGTATGACATCATGAGTAAGCGCCGTCTGCGCTGGGGCTATGCCTTTAGCGCCTTGCTGGCGGTGATTGGTGCCGGGATTATTCGCTATGATCAGGTCACCGACCATTTCTGGACTGGCTtgct‑gc < 2:1364423/238‑1 (MQ=255) ggCGCGATGCAGCTTGGCGTGATGTATATGCTGAGTTTCCGCGCTTATCTC‑TACCTGACGGTTTCCGAGCTGCTGCTGTTCACCGTGCTGACGCCGCTCTACATCACGCTGATTTATGACATCATGAGTAAGCGCCGTCTGCGCTGGGGCTATGCCTTTAGCGCCTTGCTGGCGGGGCTTGGTGGCGGGGTTATTCCCCTTGTACAGGGCACCGCCCCTTTCTGGGCGGGCCtggt‑gtt > 2:160952/1‑237 (MQ=255) cgcgATGCAGCTTGGCGTGATGTATATGCTGAGTTTCCGCGCTTATCTC‑TACCTGACGGTTTCCGAGCTGCTGCTGTTCACCGTGCTGACGCCGCTCTACATCACGCTGATTTATGACATCATGAGTAAGCGCCGTCTGCGCTGGGGCTATGCCTTTAGCGCCTTGCTGGCGGGGATTGGTGCCGGGGTTATTCGCTATGATCAGGTTACCGCCCATTTCTGGGCTGGCttccgccctg > 1:1032005/1‑231 (MQ=255) aacTTGGCCGGATTTAAATGCTGAGTTTCCGCGCTTATCTC‑TACCTGACGGTTTCCGAGCTGCTGCTGTTCACCGTGCTGACGCCGCTCTACATCACGCTGATTTATGACATCATGAGTAAGCGCCGTCTGCGCTGGGGCTATGCCTTTAGCGCCTTGCTGGCGGTGATTGGTGCCGGGATTATTCGCTATGATCAGGTCACCGACCATTTCTGGACTGGCTTGCT‑GCTGGTGCAAct < 1:407177/236‑1 (MQ=255) ggCGTGATGTATATGCTGAGTTTCCGCGCTTATCTC‑TACCTGACGGTTTCCGAGCTGCTGCTGTTCACCGTGCTGACGCCGCTCTACATCACGCTGATTTATGACATCATGAGTAAGCGCCGTCTGCGCTGGGGCTATGCCTTTAGCGCCTTGCTGGCGGTGATTGTGGCCGGGGTTATTCGCTATGTTCAGGGTCCCGACCCTTTCTGGGGCGGGTtgct‑gtggggggactcttccaa > 2:407177/1‑222 (MQ=255) cGTGATGTATATGCTGAGTTTCCGCGCTTATCTC‑TACCTGACGGTTTCCGAGCTGCTGCTGTTCACCGTGCTGACGCCGCTCTACATCACGCTGATTTATGACATCATGAGTAAGCGCCGTCTGCGCTGGGGCTATGCCTTTAGCGCCTTGCTGGCGGTGTTTGGGGCCGGGCTTATTCGCTATGGTCAGGTCACCGACCATTTTTGGACTGGCTTGCTCGCTGGTGAAAC‑CTCCCata > 1:665453/1‑239 (MQ=255) aTGTATATGCTGAGTTTCCGCGCTTATCTC‑TACCTGACGGTTTCCGAGCTGCTGCTGTTCACCGTGCTGACGCCGCTCTACATCACGCTGATTTATGACATCATGAGTAAGCGCCGTCTGCGCTGGGGCTATGCCTTTAGCGCCTTGCTGGCGGATAATGGTGCCCGGGTTATTCGCTATGATCAGGTCACCGACCAATTTTGGACTGGCTTGCT‑GCTGGGGCAACACTCCAatata > 1:340532/1‑236 (MQ=255) tGTATATGCTGAGTTTCCGCGCTTATCTC‑TACCTGACGGTTTCCGAGCTGCTGCTGTTCACCGTGCTGACGCCGCTCTACATCACGCTGATTTATGACATCATGAGTAAGCGCCGTCTGCGCTGGGGCTATGCCTTTAGCGCCTTGCTGGCGGTGATTGGTGCCGGGATTATTCGCTATGATCAGGTCACCGACCATTTCTGGACTGGCTTGCT‑GCTGGTGCAACTCTCCAATATCACt > 1:1187606/1‑239 (MQ=255) tGTATAGTCTGAGTTTCCGCGCTTATCTC‑TACCTGACGGTTTCCGAGCTGCTGCTGTTCACCGTGCTGACGCCGCTCTACATCACGCTGATTTATGACATCATGAGTAAGCGCCGTCTGCGCTGGGGCTATGCCTTTAGCGCCTTGCTGGCGGTGATTGGTGCCGGGATTATTCGCTATGATCAGGTCACCGACCATTTCTGGACTGGCt < 1:1324185/210‑1 (MQ=255) atGGTGGGTTTCCGGGCTTATCTC‑TCACTGACGGTTTCCGAGCTGCTGCTGTTTCCCGTGGTGACGCCGCTTCACATCACGCTGATTTATGACATCATGAGTAAGCGCCGTCTGCGCTGGGGCTATGCCTTTAGCGCCTTGCTGGCGGTGATTGGTGCCGGGATTATTCGCTATGATCAGGTCCCCGACCATTTCTGGACTGGCTTGCT‑GCTGGTGCAACTCTCCAATATCACTTTTGc < 1:591813/239‑1 (MQ=255) 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gTTTCCGCGCTTATCTC‑TACCTGACGGTTTCCGAGCTGCTGCTGTTCACCGTGCTGACGCCGCTCTACATCACGCTGATTTATGACATCATGAGTAAGCGCCGTCTGCGCTGGGGCTATGCCTTTAGCGCCTTGCTGGCGGTGATTGGTGCCGGGGTTATTCGCTATGATCAGGTCACCGACCATTTCTGGACTGGCTTGCT‑GCTGGGGCAACTCTCCAATATACCTTTTGCCATTGGc > 1:22875/1‑239 (MQ=255) gTTTCCGCGCTTATCTC‑TACCTGACGGTTTCCGAGCTGCTGCTGTTCACCGTGCTGACGCCGCTCTACATCACGCTGATTTATGACATCATGAGTAAGCGCCGTCTGCGCTGGGGCTATGCCTTTAGCGCCTTGCTGGCGGTGATTGGTGCCGGGGTTATTCGCTATGATCAAGTCACCGACCAATTCTGGACTGGCTTGCT‑GCTGGGGGCACTCTCCCCTATCACCTTTTCCAttt > 1:1084936/1‑236 (MQ=255) ccGCGCTTAGCTCTTCCCTGA‑GGTTTCCGAGCTGCTGCTGTTCCCCGTGCTGACGCCGCTTTACATCACGCTGATTTATGACATCATGAGTAAGCGCCGTCTGCGCTGGGGCTATGCCTTTAGCGCCTTGCTGGCGGTGATTGGTGCCGGGATTATTCGCTATGATCAGGTCACCGACCATTTCTGGACTGGCTTGCT‑GCTGGTGCAACTCTCCAATATCACTTTTGCCATTGGCA‑tg‑g < 1:226948/239‑1 (MQ=255) 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aCGGTTTCCGAGCTGCTGCTGTTCACCGTGCTGACGCCGCTCTACATCACGCTGATTTATGACATCATGAGTAAGCGCCGTCTGCGCTGGGGCTATGCCTTTAGCGCCTTGCTGGCGGTGATTGGTGCCGGGGTTATTCGCTATGATCAGGTCACCGACCATTTCTGGACTGGCTTGCT‑GCTGGTGCAACTCTCCAATATACCTTTTGCCATTGGCA‑TT‑GTGGGTT‑TCAAACGCCTGAt > 1:1303919/1‑239 (MQ=255) gAGCTGCTGCTGTTCCCCGTGCTGACGCCGCTTTACATCACGCTGATTTATGACATCATGAGTAAGCGCCGTCTGCGCTGGGGCTATGCCTTTAGCGCCTTGCTGGCGGTGATTGGTGCCGGGATTATTCGCTATGATCAGGTCACCGACCATTTCTGGACTGGCTTGCT‑GCTGGTGCAACTCTCCAATATCACTTTTGCCATTGGCA‑TG‑GTGGGTT‑ACAAACGCCTGATGGAAACTCg < 1:711424/239‑1 (MQ=255) cttctgctgTTCACCGTGCTGACGCCGCTCTACATCACGCTGATTTATGACATCATGAGTAAGCGCCGTCTGCGCTGGGGCTATGCCTTTAGCGCCTTGCTGGCGGTGATTGGTGCCGGGATTATTCGCTATGATCAGGTCACCGACCATTTCTGGACTGGCTTGCT‑GCTGGTGCAACTCTCCAATATCACTTTTGCCATTGGCA‑TG‑GTGGGTT‑ACAAACGCCTGATGGAAACTCGcc < 1:1215911/235‑1 (MQ=255) gctgctgTTCACCGTGCTGACGCCGCTCTACATCACGCTGATTTATGACATCATGAGTAAGCGCCGTCTGCGCTGGGGCTATGCCTTTAGCGCCTTGCTGGCGGGGGTTGGGGCCGGGGTTATTCGCTATGATCAGGGCCCCCCCCATTTTTGGTCTGGCTTTCT‑TCCTGTGGCACTCTCCCAAATCCCTTTTTCCCTTTGCA‑TG‑GGGGGGT‑AAAAAAGCCCGCTGGgaaacacccccc > 2:1107388/1‑230 (MQ=255) gcttTTCCCCGGGCTGACGCCGCTCTAAATAACGCTGATTTTTGACAGCATGAGTAAGCGCCGTCTGCGCTGGGGCTATGCCTTTAGCGCCTTGCTGGCGGTGATTGGTGCCGGGATTATTCGCTATGATCAGGTCACCGACCATTTCTGGACTGGCTTGCT‑GCTGGTGCAACTCTCCAATATCACTTTTGCCATTGGCA‑TG‑GTGGGTT‑ACAAACGCCTGATGGAAACTCGCCCGA‑TGc < 2:665453/239‑1 (MQ=255) ctgTTCACCGTGCTGACGCCGCTCTACATCACGCTGATTTATGACATCATGAGTAAGCGCCGTCTGCGCTGGGGCTATGCCTTTAGCGCCTTGCTGGCGGTGATTGGTGCCGGGATTATTCGCTATGATCAGGTCACCGACCATTTCTGGACTGGCTTGCT‑GCTGGTGCAACTCTCCAATATCACTTTTGCCATTGGCA‑TG‑GTggg < 1:1167680/206‑1 (MQ=255) ttttcccccttcTGGCGGCGCTCTACATTCCGTTGATTTATGACATTATGAGTAAGCGCGGGCGGCGCTGGGGCTATGCCTTTAGGGACTTGCTGGCGGGGATTGGTGCCGGGATTATTCGCTATGATCAGGTCACCGACCATTTCTGGACTGGCTTGCT‑GCTGGTGCAACTCTCCAATATCACTTTTGCCATTGGCA‑TG‑GTGGGTT‑ACAAACGCCTGATGGAAACTCGCCCGA‑TGCca < 2:1312075/228‑1 (MQ=255) ttttCGCCGGGCGGGCGCCGTTTTACAACGCGCTTTTTTAGAACATCATGGGTAAGGGTCGTCTGCGTTGGGGCTAGGCCTTTAGCGCCTTGCTGGCGGTGATTGGTGCCGGGATTATTCGCTATGATCAGGTCACCGACCATTTCTGGACTGGCTTGCT‑GCTGGTGCAACTCTCCAATATCACTTTTGCCATTGGCA‑TG‑GTGGGTT‑ACAAACGCCTGATGGAAACTCGCCCGA‑TGCca < 2:628737/237‑1 (MQ=255) tttcacgtggcttcggccgtTTTACATCCCGGTGATTTTTGACATCATGATGAAGCCGCGTTTGGGCTGGGGCTATGCCTTTAGCGCCTTGCTGGCGGTGATGGGTGCCGGGATTATTCGCTATGATCAGGTCACCGGCCATTTCTGGACTGGCTTGCT‑GCTGGTGCAACTCTCCAATATCACTTTTGCCATTGGCA‑TG‑GTGGGTT‑ACAAACGCCTGATGGAAACTCGCCCGA‑TGCcac < 2:160180/224‑1 (MQ=255) ccGTGCTGACGCCGCTCTACATCACGCTGATTTATGACATCATGAGTAAGCGCCGTCTGCGCTGGGGCTATGCCTTTAGCGCCTTGCTGGCGGTGGTTGGTGCCGGGATTATTCGCTTTGATCAGGGCACCGACCATTTCTGGACTGGCTTTCT‑GCTGGTGCCAATCTCCAATATACCTTTTTCCCTTTGAA‑TG‑GTGGGGT‑TCAAACCCCCCATGGTAACACGCCCCA‑GGCcacaaaac > 2:213826/1‑235 (MQ=255) ccGTGCTGACGCCGCTCTACATCACGCTGATTTATGACATCATGAGTAAGCGCCGTCTGCGCTGGGGCTATGCCTTTAGCGCCTTGCTGGCGGTGATTGGTGCCGGGATTATTCGCTATGATCAGGTCACCGACCATTTCTTGACTGGCTTTCT‑GCTGGTGCAACTCTCCAATATCACTTTTGCCATTGGCA‑TG‑GTGGGTT‑ACAAACGCCCGATGGAAACTCCCCCGC‑TGcccaagcct > 1:400072/1‑232 (MQ=255) ccGTGCTGACGCCGCTCTACATCACGCTGATTTATGACATCATGAGTAAGCGCCGTCTGCGCTGGGGCTATGCCTTTAGCGCCTTGCTGGCGGAGCTTGGTGCCGGGGGTATTCCCTCTGATCAGGGCACCCACCATTTCTGGGCTGGCTTGCG‑GCTCGTGCAACCCTCCACAATCACTTTTTCCCATGGCC‑TG‑GTGGGGT‑TCAAAAGCCCCATTGaaaacccacccatgcaaccacca > 2:437847/1‑219 (MQ=255) gTGCTGCCGCCGCTTTACATCACGTTGATTTATGACATCATGGGTACGGGCCGTCTGCGCTGGGGCTTTGCCTTTAGCGCCTTGCTGGCGGTGATTGGTGCCGGGATTATTCGCTATGATCAGGTCACCGACCATTTCTGGACTGGCTTGCT‑GCTGGTGCAACTCTCCAATATCACTTTTGCCATTGGCA‑TG‑GTGGGTT‑ACAAACGCCTGATGGAAACTCGCCCGA‑TGCCACAGCATaa < 2:753761/239‑1 (MQ=255) gTGCTGACGCCGCTCTACATCACGCTGATTTATGACATCATGAGTAAGCGCCGTCTGCGCTGGGGCTATGCCTTTAGCGCCTTGCTGGCGGTGATTGGTGCCGGGATTATTCGCTATGATCAGGTCACCGACCATTTCTGGACTGGCTTGCT‑GCTGGTGCAACTCTCCAATATCACTTTTGCCATTGGCA‑TG‑GTGGGTT‑ACAAACGCCTGATGGAAACTCGCCCGA‑TGCCACAGCATaa < 1:749150/239‑1 (MQ=255) tGCTGACGCCGCTCTACATCACGCTGATTTATGACATCATGAGTAAGCGCCGTCTGCGCTGGGGCTATGCCTTTAGCGCCTTGCTGGCGGTGATTGGTGCCGGGGATATTCGCTATGATCAGGTCACCCACCATTTCTGGACTGGCTTGAT‑TCTGGTGCAACTTTCCCATAACACTTTTGCCATTGGCT‑TG‑GTGGGTT‑ACGAACTCCCTACTGAAACTCGCCCGA‑TGGCACAGCATaa > 1:128249/1‑238 (MQ=255) 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TGGGCGCGATGCAGCTTGGCGTGATGTATATGCTGAGTTTCCGCGCTTATCTC‑TACCTGACGGTTTCCGAGCTGCTGCTGTTCACCGTGCTGACGCCGCTCTACATCACGCTGATTTATGACATCATGAGTAAGCGCCGTCTGCGCTGGGGCTATGCCTTTAGCGCCTTGCTGGCGGTGATTGGTGCCGGGATTATTCGCTATGATCAGGTCACCGACCATTTCTGGACTGGCTTGCT‑GCTGGTGCAACTCTCCAATATCACTTTTGCCATTGGCA‑TG‑GTGGGTT‑ACAAACGCCTGATGGAAACTCGCCCGA‑TGCCACAGCATAACGC‑CTTTGC‑GTGGTTCTATCTT‑GG‑CGCGTTTCTGGTGGCAGTGATTGCATGGTTCTTGCTGGGAAATGCGCAGAAAATG‑CCGCAAACCACGCTGCAATGGGGCATTCTGGTGTTTCTTGGCGTGGTGGCTTCCGGGATTG > NC_000913/4011262‑4011726 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |