| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,011,697 | T→G | 11.3% | V208G (GTG→GGG) | yigM → | putative inner membrane EamA‑like transporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,011,697 | 0 | T | G | 11.3% | 425.7 / 5.3 | 167 | V208G (GTG→GGG) | yigM | putative inner membrane EamA‑like transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (59/82); new base G (24/2); total (83/84) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 9.28e-07 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 172 total aligned reads displayed.
CGCTATGATCAGGTCACCGACCATTTCTGGACTGGCTTGCTGCTGGTGCAACTCTCCAATATCACTTTTGCCATTGGCATGGTGGGTTACAAACGCCTGATGGAAACTCGCCCGATGCCACAGCATAACGCCTTTGCGTGGTTCTATCTTGGCGCGTTTCTGGTGGCAGTGATTGCATGGTTCTTGCTGGGAAATGCGCAGAAAATG‑CCGCAAACCACGCTGCAATGGGGCATTCTGGTGTTTCTTGGCGTGGTGGCTTCCGGGATTGGCTACTTTATGTGGAACTACGGCGCGACGCAGGTGGACGCCGGAACGCTGGGCATTATGAATAATATGCACGTTCCGGCAGGGCTGCTGGTAAACCTGGCTATCTGGCACCAACAGCCGCACTGGCCAACGTTTATTACAGGCGCGCTGGTGATCCTGGCCTCACTGTGGGTGCATCGTAAGTGGGTCGCTCCGCGCTCTTCACAAAC > NC_000913/4011459‑4011934 | ccctttggtCAGGTCCCCGACCATTTCTGGGATGGCTTGGTGCTGGTGCAACCCCCCAATATCCCTTTTGCCATTGGCATGGTGGGTTACAAACGCCTGATGGAAACTCGCCCGATGCCACAGCATAACGCCTTTGCGTGGTTCTATCTTGGCGCGTTTCTGGTGGCAGTGATTGCATGGTTCTTGCTGGGAAATGCGCAGAAAATG‑CCGCAAACCACGCTGCAATGGGGCATTCTGgt < 2:1021517/231‑1 (MQ=255) tATGATCAGGTCACCGACCATTTCTGGACTGGCTTGCTGCTGGTGCAACTCTCCAATATCACTTTTGCCATTGGACTGGTGGGTTACAAACGCCTGATGGAAACTCGCCCGATGCCCCAGACTAACGCCTTTGCCTCGTTCTTACTTGGCCCGTTTCTGGTGGCAGTGATTGCATGGTTCTTCTTGGGAAAAG‑GCCGAAAAAGACCGCCAACCCCGCCGCAAGGGGGCGTTCGGGGGtt > 2:639558/1‑239 (MQ=255) tATGATCAGGTCACCGACCATTTCTGGACTGGCTTGCTGCTGGTGCAACTCTCCAATATCACTATTGCCATTGGCATGGTGGGTTACAAACGCCTGATGGAAACTCGCCCGATGCCACAGCATAACGCCTTTGCGTGGTTCTATCTTGGCGCGTTTCTGGTGGCAGTGATTGCATGGTTCTTGCTGGGAAATGCGCAGAAAATG‑CGGCAAACCACGCTGCAATGGGGACTTCTGGGGtt > 1:729762/1‑239 (MQ=255) gATCAGGTCCCCGACCATTTTGGGACGGGGTTGCGGGTGGGGCAACCTTCCAATTTCCCTTTTGCCATTGGCATGGTGGGTTACAAACGCCTGATGGAAACTCGCCCGATGCCACAGCATAACGCCTTTGCGTGGTTCTATCTTGGCGCGTTTCTGGTGGCAGTGATTGCATGGTTCTTGCTGGGAAATGCGCAGAAAATG‑CCGCAAACCACGCTGCAATGGGGCATTCTGGTGTTTCt < 2:130382/239‑1 (MQ=255) 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ttGCCGCTGGTGCAACCCTCCAATACCCCTTTTGCCATTGGCATGGTGGGTTACAAACGCCTGATGGAAACTCGCCCGATGCCACAGCATAACGCCTTTGCGTGGTTCTATCTTGGCGCGTTTCTGGTGGCAGTGATTGCATGGTTCTTGCTGGGAAATGCGCAGAAAATG‑CCGCAAACCACGCTGCAATGGGGCATTCTGGTGTTTCTTGGCGTGGTGGCTTCCGGGATTGGCTACt < 1:1291446/238‑1 (MQ=255) ctggtgggtcAACTCTCCAATATCCTTTTTGCCATTGGCATGGTGGGTTACAAACGCCTGATGGAAACTCGCCCGATGCCACAGCATAACGCCTTTGCGTGGTTCTATCTTGGCGCGTTTCTGGTGGCAGTGATTGCATGGTTCTTGCTGGGAAATGCGCAG‑AAATG‑CCGCAAACCACGCTGCAATGGGGCATTCTGGTGTTTCTTGGCGTGGTGGCTTCCGGGATTGGCTACTTTAtg < 1:36176/230‑1 (MQ=255) aCTCTCCAATATCACTTTTGCCATTGGCATGGTGGGTTACAAACGCCTGATGGAAACTCGCCCGATGCCACAGCATAACGCCTTTGCGTGGTTCTATCTTGGCGCGTTTCTGGTGGCAGTGATTGCATGGTTCTTGCTGGGAAATGCGCAGAAAATG‑CCGCAAACCACGCTGCAATGGGGCATTCTGGGGTTTCTTGGCGTGGTGGCTTCCGGGATTGGCTACTTTATGTGGAACTACg > 1:984301/1‑239 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 28 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |