Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_000913 | 4,016,069 | A→G | 13.7% | S34P (TCT→CCT) | ysgA ← | putative carboxymethylenebutenolidase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 4,016,069 | 0 | A | G | 13.7% | 251.4 / 2.5 | 104 | S34P (TCT→CCT) | ysgA | putative carboxymethylenebutenolidase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (72/13); new base G (3/15); total (76/28) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.76e-08 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 107 total aligned reads displayed.
TACCAGACCGCTAAGCAACGTGGGGATATCGGCAAAATCATTCGGATCGCCTTCGCGGAAGTAAAGTTCAGGTGCGATAGCCAGATACCCCTCCAGCGCCAGACGGCGACAAATGTCGCGGATATGTTCATGCACGCCAAAAATT‑T‑CCTGCACTACAATGACCACTGGCAGTGGG‑CCAT‑CGCTTTGCTTTGGTCTGGCATGGTAAGCAGGCATGTTATCCCCTTGTGAAGGGATAGAGGT‑GAAGCCCGCCACAATCGCGTCGTCCGGGGTCTGAACGATGGTCGAAGCGAGA‑GGCGATGCAGCAGGTGCAAATCCAGATTGTTGTGTTGTTGCCATGGTATTCTCCGTACCCTTATAAAAATGTTGCGCAATGTTAACTATAGTCAGCATGCAACAAATCACATTGCCTGAATCGGCTCATCTTTTATGCAGTCCTGCAGAATGAAGGGTGATTTATGTGATTTGCATC > NC_000913/4015833‑4016301 | tACCAGACCGCTAAGCAACGTGGGGATATCGGCAAAATCATTCGGATCGCCTTCGCGGAAGTAAAGTTCAGGTGCGATAGCCAGATACCCCTCCAGCGCCAGACGGCGACAAATGTCGCGGATATGTTCATGCACGCCAAAAATT‑T‑CCTGCACTACAATGCCCACTGGCCGTGGG‑CCAT‑CGCTTTGCTTTGGCCTGGCATGGTAAGCAGGCATGTTATCCCCTTGTGAAGGGATAgggg > 1:834619/1‑239 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |