| Predicted mutation | |||||||
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| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | NC_000913 | 4,140,197 | 0 | T | G | 11.5% | 350.1 / 4.0 | 143 | H675P (CAC→CCC) | frwA | putative PTS enzyme: Hpr, enzyme I and II components |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (41/75); new base G (23/3); total (65/78) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.18e-06 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 144 total aligned reads displayed.
TCTGATTTGCTGTGTGGAATGGCAAAACTAAAGCCCAGACCGGTAGAGAAAA‑CGGCCTCGCGCGCCCACAAGTCGGCTTCCAGTTTACGCGGATAGCGGCAGCGGCCCGCCAGCAGCAGGTTATCGGTCATGCCTTTGAGCACTTCTTCTTTGCTGCGCCAGTCGCTTTCCAGTGTGATGCACTCGGCGGTGACCAGCGGTGCGTCTTGTTGGGTCATGCGGAATTGCGCCAGCAGGTGTTCTACTTCCAGCGAAGTACGGCAGGCCATTGCCTGGTTGAGCAACTTGCGGCACTCAC‑GGCTATCAAGTTGCGCCATCCGAGCTTTCGCCGCCGGAATTGATGGTGCGCTCATGCTGAGTTCATCCAGCCCTAAGCCGACCAGCAACGGCAGCACGGAACCTTTCGCTCCCAGCTCACCGCACAGACCAATCCATTTGCCCTGGCGATGCACCGCTTGCACGGCGT > NC_000913/4139960‑4140425 | gcTGATTTGCTGTGTGGAATGGCAAAACTAAAGCCCAGCCCGGTAGAAAAAC‑CGGCCTCGCGCGCCCACAAGTCGGCTTCCAGTTTACGCGGATAGCGGCAGCGGCCCGCCAGCAGCAGGTTATCGGTCATGCCTTTGAGCACTTCTTCTTTGCTGCGCCAGTCGCTTTCCAGTGTGATGCACTCGGCGGTGACCAGCGGTGCGTCTTGTTGGGTCATGCGGAATTGCGCCAGCAGgt < 1:1027378/237‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |