| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 4,277,559 | A→T | 13.1% | Y31F (TAT→TTT) | soxR → | redox‑sensitive transcriptional activator of soxS, autorepressor |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,277,559 | 0 | A | T | 13.1% | 258.2 / 2.4 | 95 | Y31F (TAT→TTT) | soxR | redox‑sensitive transcriptional activator of soxS, autorepressor |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (20/61); new base T (12/2); total (32/63) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.27e-05 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.96e-01 | |||||||||||
CTGGTCAATATGCTCGTCAATCCATGCGATAAGATCCTGAATAATTTTCTGATGGGACATAAATCTGCCTCTTTTCAGTGTTCAGTTCGTTAATTCATCTGTTGGGGAGTATAATTCCTCAAGTTAACTTGAGGTAAAGCGATTTATGGAAAAGAAATTACCCCGCATTAAAGCGCTGCTAACCCCCGGCGAAGTGGCGAAACGCAGCGGTGTGGCGGTATCGGCGCTGCATTTCTATG‑AAAGTAAAGGGTTGATTACCAGTATCCGTAACAGCGGCAATCAGCGGCGATATAAACGTGATGTGTTGCGATATGTTGCAATTATCAAAATTGCTCAGCGTATTGGCATTCCGCTGGCGACCATTGGTGAAGCGTTTGGCGTGTTGCCCGAAGGGCATACGTTAAGTGCGAAAGAGTGGAAACAGCTTTCGTCCCAATGGCGAGAAGAGTTGGATCGGCGCATTC > NC_000913/4277323‑4277786 | cTGGTCAATATGCTCGTCAATCCATGCGATAAGATCCTGAATAATTTTCTGATGGGACATAAATCTGCCTCTTTTCAGTGTTCAGTTCGTTAATTCATCTGTTGGGGAGTATAATTCCTCAAGTTAACTTGAGGTAAAGCGATTTATGGAAAAGAAATTACCCCGCATTAAAGCGCTGCTAACCCCCGGCGAAGTGGCGAAACGCAGCGGTGTGGCGGTATCGGCGCTGCATTTCTTTg > 1:915313/1‑239 (MQ=255) ttgTCAATAGTCTCGTCAATCCATGCGATAAGATCCTGAATAATTTTCTGATGGGACATAAATCTGCCTCTTTTCAGTGTTCAGTTCGTTAATTCATCTGTTGGGGAGTATAATTCCTCAAGTTAACTTGAGGTAAAGCGATTTATGGAAAAGAAATTACCCCGCATTAAAGCGCTGCTAACCCCCGGCGAAGTGGCGAAACGCAGCGGTGTGGCGGTATCGGCGCTGCATTTCTATG‑a < 1:1038881/237‑1 (MQ=255) tGGTCAATTTTCTCTTCAATCCATGCGATAAGATCCTGAATAATTTTCGGAGGGGACATAAATCTGCCTCTTTTCAGTGTTCAGTTCGTTAATTCATCTGTTGGGGAGTATAATTCCTCAAGTTAACTTGAGGTAAAGCGATTTATGGAAAAGAAATTACCCCGCATTAAAGCGCTGCTAACCCCCGGCGAAGTGGCGAAACGCAGCGGTGTGGCGGTATCGGCGCTGCATTTCTATg < 2:1076470/238‑1 (MQ=255) ggTCAATATGCTCGTCAATCCATGCGATAAGATCCTGAATAATTTTCTGATGGGACATAAATCTGCCTCTTTTCAGTGTTCAGTTCGTTAATTCATCTGTTGGGGAGTATAATTCCTCAAGTTAACTTGAGGTAAAGCGATTTATGGAAAAGAAATTACCCCGCATTAAAGCGCTGCTAACCCCCGGCGAAGTGGCGAAACCCAGCGGTGGGGCGGCATGGGCGCTGCATTTCCTTG‑aa > 2:1038881/1‑239 (MQ=255) 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CTGGTCAATATGCTCGTCAATCCATGCGATAAGATCCTGAATAATTTTCTGATGGGACATAAATCTGCCTCTTTTCAGTGTTCAGTTCGTTAATTCATCTGTTGGGGAGTATAATTCCTCAAGTTAACTTGAGGTAAAGCGATTTATGGAAAAGAAATTACCCCGCATTAAAGCGCTGCTAACCCCCGGCGAAGTGGCGAAACGCAGCGGTGTGGCGGTATCGGCGCTGCATTTCTATG‑AAAGTAAAGGGTTGATTACCAGTATCCGTAACAGCGGCAATCAGCGGCGATATAAACGTGATGTGTTGCGATATGTTGCAATTATCAAAATTGCTCAGCGTATTGGCATTCCGCTGGCGACCATTGGTGAAGCGTTTGGCGTGTTGCCCGAAGGGCATACGTTAAGTGCGAAAGAGTGGAAACAGCTTTCGTCCCAATGGCGAGAAGAGTTGGATCGGCGCATTC > NC_000913/4277323‑4277786 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |