Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_000913 | 4,485,027 | T→C | 13.3% | E309G (GAG→GGG) | pepA ← | multifunctional aminopeptidase A: a cyteinylglycinase, transcription regulator and site‑specific recombination factor |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 4,485,027 | 0 | T | C | 13.3% | 148.7 / 3.7 | 73 | E309G (GAG→GGG) | pepA | multifunctional aminopeptidase A: a cyteinylglycinase, transcription regulator and site‑specific recombination factor |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (28/33); new base C (5/6); total (33/40) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
AGCGCGATCACGCAGGCACCGGTCAGCGTCGCCACGTCAATCACCGCTTCCGGCTCAAAACGCTCAACGTAAGTTAACACGTC‑GCACAGTACCAGGCGGCCTTCAGCGTCGGTGTTCAGC‑ACTTCA‑ACGGTTTGACCGGACATGGTGGTTAA‑CACATCGCCCGGACGATAGGCTC‑GT‑CCGCCAGGCATGTTTTCGCAGCCTGCCAA‑CACGCCGATAAC‑GTTAATCGGCAGTTGTAGCTCCGCGACCATCCGCATCACGCCGTAAACCGCT‑GCCGCACCGCACATATCGTACTTCATCTCATCCATGCCTTCTGAAGGCTTGATCGAGATACCG‑CCGGAGTCGAAGGTTAAACCTTTACCCACCAGCACGATTGGGC‑GTGCATC‑TTCCGACGCGTTGCCTTTGTACTCAATCACCGACATCAGCGATTCGTTTTGCGAACCCTGACCGACCGCCAGATAGGAATGCATCCC > NC_000913/4484790‑4485259 | aGCGCGATCACGCAGGCACCGGTCAGCGTCGCCACGTCAATCACCGCTTCCGGCTCAAAACGCTCAACGTAAGTTAACACGTC‑GCACAGTACCAGGCGGCCTTCAGCGTCGGTGTTCAGC‑ACTTCA‑ACGGTTTGACCGGACATGGTGGTTAA‑CACATCGCCCGGCCGATAGGCTC‑GT‑CCGCCAGGCATGTTTTCGCAGCCTGCCAA‑CACGCCGATAAC‑GTTAATCGGCCGTTTGAGCt > 1:1309048/1‑238 (MQ=255) cgcgATCACGCAGGCACCGGTCAGCGTCGCCACGTCAATCACCGCTTCCGGCTCAAAACGCTCAACGTAAGTTAACACGTC‑GCACAGTACCAGGCGGCCTTCAGCGTCGGTGTTCAGC‑ACTTCA‑ACGGTTTGACCGGACATGGTGGTTAA‑CACATCGCCCGGACGATAGGCTC‑GT‑CCGCCAGGCATGTTTTCGCAGCCTGCCAA‑CACGCCGAGAAC‑GTTAATCGGCAGTTTTAGCTcc > 1:953386/1‑238 (MQ=255) aTCACGCAGGCACCGGTCAGCGTCGCCACGTCAATCACCGCTTCCGGCTCAAAACGCTCAACGTAAGTTAACACGTC‑GCACAGTACCAGGCGGCCTTCAGCGTCGGTGTTCAGC‑ACTTCA‑ACGGTTTGACCGGACATGGTGGTTAA‑CACATCGCCCGGACGATAGGCTC‑GT‑CCGCCAGGCATGTTTTCGCAGCCTGCCAA‑CACGCCGATAAC‑GTTAATCGCCAGTTGAAGCCCCGCGa > 1:884369/1‑238 (MQ=255) cccggtcaccgcccccgctcaactCACCTCTCCCGCCTCAAAACGCCCCACGTAAGTTAACGCGCC‑CCACAGTACCAGGCGTCTTTCAGCTTGGGTCTTCCGC‑CCTTAA‑ACGTTTTGCCCGGACAGGTTGTTTAA‑CACCTCCCCCGGCCGATAGGCTC‑GT‑CCGCCAGGCATGTTTCCGCAGCCTGCCAA‑CACGCCGATAAC‑GTTAATCGGCAGTTGTAGCTCCGCGACCATCCGCATc < 2:953386/215‑1 (MQ=255) cgggtccgtgccccaaccacAATCACGGGTGCGGGCTAAAACCTCTCAGCGAAATTTAACGCGTC‑GCACGGTACGAGGCGGCCTTAAGTGTCGGTTTTCAGC‑AATTCA‑ACTGTGTGGCCGGACATGGTGGTTAA‑CACATCGCCCGGAGGATAGGCTC‑GT‑CCGCCAGGCTTGTTTTCGCAGCCTGCCAA‑CACGCCGATAAC‑GTTAATCGGCAGTTGTAGCTCCGCGACCATCCGCATCAc < 2:829607/220‑1 (MQ=255) cGTCGCCACGTCAATCACCGCTTCCGGCTCAAAACGCTCAACGTACGTTAACACGTC‑GCACAGTACCAGGCGGCCTTCAGCGTCGGTGTTCAGC‑ACTTCA‑ACGGTTTGACCGGACATGGTGGTTAA‑CACATCGCCCGGACGATAGGCTC‑GT‑CCGCCACGCATGTTTTCTCAGCCTGCCAA‑CACGCCGATTAC‑GTTAATCGTCAGTTGAACTCCCGCGGCCATCCGCATCACGCCGTaa > 1:1107662/1‑238 (MQ=255) gTCGCCACTCCAATCCCCGCTCCCGCCTAAAAACGCTCAACGTAAGTTAACACGTC‑GCACAGTCCCAGGCGGCCTTCAGCGTCGGTGTTCAGC‑ACTTCA‑ACGGTTTGACCGGACATGGTGGTTAA‑CCCGTCGCCCGGACGATAGGCTC‑GT‑CCGCCAGGCATGTTTTCGCAGCCTGCCAA‑CACGCCGATAAC‑GTTAATCGGCAGTTGTAGCTCCGCGACCATCCGCATCACGCCGTAAAc < 2:830860/239‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 17 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |