| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 470,807 | A→G | 4.9% | N58D (AAC→GAC) | mdlB → | putative multidrug ABC transporter ATPase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 470,807 | 0 | A | G | 4.9% | 275.4 / 2.5 | 98 | N58D (AAC→GAC) | mdlB | putative multidrug ABC transporter ATPase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (48/43); new base G (2/3); total (50/48) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.68e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.96e-01 | |||||||||||
TCGCTATCAACAACTGGAGGCGGCGCTCGACGACGCTCCGGAAAATCGCGAGGAGGCCGTCGATGCGTAGTTTTAG‑CCAACTGTGGCCGACTCTCAAGCGCCTGTTAGCGTACGGTTCGCCGTGGCGTAAACCGCTGGGGATT‑GCGGTCCTGATGATGTGGGTTGCGGCGGCGGCAGAAGTCAGT‑GGGCCGCTGCTTATCAGCTATTTTATCGACAATATGGTAGCGAAAAATA‑ACCTGCCGTTGAAAGTGGTTGCAGGGCTGGCTGCGGCGTATGTTGGGCTGCAACTGTTTGCCGCCGGGCTACATTACGCG‑CAGTCGCTGCTGTTTAATCGGGCGGCAGTAGGCGTAGTGCAACAGTTGCGTACCGACGTGATGGATGCTGCGTTACGCCAGCCATTAAGCGAGTTTGATACCCAA‑CCCGTCGGGCAGGTGATTTCCCGCGTCACTAATGACACTGAAGTGATCCGCG > NC_000913/470574‑471044 | tCGCTATACACAACTGGAGGCGGCGCGCGAGCACGCCTCGGAAATCTGCGGGGAGGCCGTCGATGCGTAGTTTTGG‑CCAATTGTGGCCGACTCTAAAGCGCCTGTTGGCGTACGGTGCGCCGTGGCGTAAACCGCTGGGGATT‑GCGGTCCTGATGATGTGGGTTGCGGCGGCGGCAGAAGTCAGT‑GGGCCGCTGCTTATCAGCTATTTTATCGACAATATGGTAGCGAAAAATA‑ACCTg < 2:1356653/239‑1 (MQ=255) tATCAACAACTGGAGGCGGCGCTCGACGACGCTCCGGAAAATCGCGAGGAGGCCGTCGATGCGTAGTTTTAG‑CCAACTGTGGCCGACTCTCAAGCGCCTGTTAGCGTACGGTTCGCCGTGGCGTAAACCGCTGGGGATT‑GCGGTCCTGATGATGTGGGTTGCGGCGGCGGCAGAAGTCAGG‑GGGCCGCTGCTTATCAGCTATTTTATCGACAATATGGTAGCGAAAAAAA‑ACCTGCCGt > 1:953816/1‑239 (MQ=255) aacaacTGGAGGCGGCGCTCGACGACGCTCCGGAAAATCGCGAGGAGGCCGTCGATGCGTAGTTTTAG‑CCAACTGTGGCCGACTCTCAAGCGCCTGTTAGCGTACGGTTCGCCGTGGCGTAAACCGCTGGGGATT‑GCGGTCCTGATGCTGTGGGTTGCGGCGGCGGCCGGAGCTCGT‑GGGCCGCTGGTTATCAGCACTTTTTTCGGCAAAATGGTAAGGAAAAAAA‑ACCTGCCGTTaaa > 2:856303/1‑239 (MQ=255) tGGAGGCGGCGCTCGACGACGCTCCGGAAAATCGCGAGGAGGCCGTCGATGCGTAGTTTTAG‑CCAACTGTAGCCGACTCTCAAGCGCCTGTTAGCGTACGGTTCGCCGTGGCGTAAACCGCTGGGGATT‑GCGGTCCTGTTGATGTGGGTTGCGGCGGGGGCCGAAGTCAGG‑GGGCCGCGGAGTTTCAGCCATTTTATTGCGAATCTAGTGGCGGAAAATA‑AACTCCCGtgtagaggggg > 2:551616/1‑229 (MQ=255) 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ggcggcGCTCGACGACGCTCCGGAAAATCGCGAGGAGGCCGTCGATGCGTAGTTTTAG‑CCAACTGTGGCCGACTCTCAAGCGCCTGTTAGCGTACGGTTCGCCGTGGCGTAAACCGCTGGGGATT‑GCGGTCCTGATGATGTGGGTTGCGGCGGCGGCAGAAGTCAGT‑GGGCCGCTGCTTATCAGCTATTTTATCGACAATATGGTAGCGAAAAATA‑ACCTGCCGTTGAAAGTGGTTGCa > 1:716208/1‑239 (MQ=255) ggcgCTCGACGACGCTCCGGAAAATCGCGAGGAGGCCGTCGATGCGTAGTTTTAG‑CCAACTGTGGCCGACTCTCAAGCGCCTGTTAGCGTACGGTTCGCCGTGGCGTAAACCGCTGGGGATT‑GCGGTCCTGATGATGTGGGTTGCGGCGGCGGCAGAAGTCAGT‑GGGCCGCTGCTTATCAGCTATTTTATCGACAATATGGTAGCGAAAAATA‑ACCTGCCCTTGCAAATGGTTGCAgg > 1:301936/1‑238 (MQ=255) cgcTCGACGACGCTCCGGAAAATCGCGAGGAGGCCGTCGATGCGTAGTTTTAG‑CCAACTGTGGCCGACTCTCAAGCGCCTGTTAGCGTACGGTTCGCCGTGGCGTAAACCGCTGGGGATT‑GCGGTCCTGATGATGTGGGTTGCGGCGGCGGCAGAAGTCAGT‑GGGCCGCTGCTTATCAGCTATTTTTTCGCCAATATTGTAGCGAAAAATA‑ACCTGCCCTTGAAAGTGGTTGCAggggt > 1:1063823/1‑237 (MQ=255) 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cTGTTAGCGTACGGTTCGCCGTGGCGTAAACCGCTGGGGATT‑GCGGTCCTGATGATGTGGGTTGCGGCGGCGGCAGAAGTCAGT‑GGGCCGCTGCTTATCAGCTATTTTATCGACAATATGGTAGCGAAAAATA‑ACCTGCCGTTGAAAGGGGTTGCAGGGCTGGCTGCGGCGTATGTTGGGCTGCAACTGTTTGCCGCCGGGCGACATTACGCG‑CAGTCGCTGCTGTTTAATTGggcggc > 1:1033873/1‑239 (MQ=255) gTTAGCGTACGGTTCGCCGTGGCGTAAACCGCTGGGGATT‑GCGGTCCTGATGATGTGGGTTGCGGCGGCGGCAGAAGTCAGT‑GGGCCGCTGCTTATCAGCTATTTTATCGACAATATGGTAGCGAAAAATA‑ACCTGCCGTTGCAAATGGTTGCAGGGCTGGCTGCGGCGTATGTTGGGCGGCAACTGGTTGCCGCCGGGCTACATTACGCG‑CAGTCGCTGCTGTTTAATCGGTCGGCAg > 1:1000562/1‑239 (MQ=255) gTTAGCGTACGGTTCGCCGGGGCGTAAACCGCTGGGGATT‑GCGGTCCTGATGATGTGGGTTGCGGCGGCGGCAGAAGTCAGT‑GGGCCGCTGCTTATCAGCTATTTTATCGACAATATGGTAGCGAAAAATA‑ACCTGCCGTTGAAAGTGGTTGCAGGGCTGGCTGCGGCGTATGTTGGGCTGCAACTGTTTGCCGCCGGGCTACATTACGCG‑CAGTCGCTGCTGTTTAATCGGGCGGCAg < 1:225898/239‑1 (MQ=255) 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gatgTGGGTTGCGGCGGGGGCAGAAGTCAGG‑GGGCCGTTGCTTATCAGCTATTTTACCGACAATATGGTAGCGAAAAATA‑ACCTGCCGTTGAAAGTGGTTGCAGGGCTGGCTGCGGCGTATGTTGGGCTGCAACTGTTTGCCGCCGGGCTACATTACGCG‑CAGTCGCTGCTGTTTAATCGGGCGGCAGTAGGCGTAGTGCAACAGTTGCGTACCGACGTGATGGATGCTGCGTTACgcc < 1:871890/239‑1 (MQ=255) ttgtgGGTTGCGGGGGTGGCAAGAGTAGGG‑GGGCCGATTCTTTTCAGCTATTTTATCGGAAATTTGGTAGCGAAAAATA‑ACCTGCCGTTGAAAGTGGTTGCAGGGCTGGCTGCGGCGTATGTTGGGCTGCAACTGTTTGCCGCCGGGCTACATTACGCG‑CAGTCGCTGCTGTTTAATCGGGCGGCAGTAGGCGTAGTGCAACAGTTGCGTACCGACGTGATGGATGCTGCGTTACgcca < 2:248874/238‑1 (MQ=255) tgtgGGTTGCGGCGGCGGCAGAAGTCAGT‑GGGCCGCTGCTTATCAGCTATTTTATCGGCAATATGGTAGCGAAAAATA‑ACCTGCCGTTGAAAGTGGTTGCAGGGCTGGCTGCGGCGTATGTTGGGCTGCAACTGTTTGCCGCCGGGCTACATTACGGC‑CAGTGCCGGCTGTTTAATGGGGCGGGAGGTGGCGTAGGGCAACAGTTGGGTACCGACGGGATGGGGGCGGCGGTACgccg > 2:1256027/1‑237 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |