| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 751,998 | C→A | 10.0% | A58S (GCG→TCG) | ybgQ ← | putative outer membrane protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 751,998 | 0 | C | A | 10.0% | 314.9 / 4.5 | 127 | A58S (GCG→TCG) | ybgQ | putative outer membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (51/59); new base A (2/12); total (53/74) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.39e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 128 total aligned reads displayed.
GCCAGCCAGGCTTGCGGAATACTAATATTCAGTTGCTGATTGGCTTGATCGAAATTGAAGAGCATTTCAGGTCGGGAACTGAAATCAATACACCGATCTATCTGTGGCAAGGACTGACGGATATCTGGTTTTAAACCAAATTTATCGACCAGTGAATCATTGATGCATGGAATGGTTTTGTCA‑CCCTTTTTTTGCCA‑GTTAATTTTTTGCCCATTACTGATTTTGTTGTTATTCACCGCAACGCTAACAAAATATTCACCGGGAGCAA‑TGACTCCTTTTTCCTTTAATAATGAAATATCAATGCGGTCGCGCATTGATTTATCGAGAACATTCAGATTGAATTCGACCGCCATTGCGCAAGGCATCGCCATGACCAGGCAGGATACAAAAGAGAGTCGATAAATATTCACGGTGTCCATACCTGATAAATATTTTATGAAAGGCGGCGATGATGCCGCCAAAAT > NC_000913/751760‑752223 | ccaggcagGCTTGCAGAATACTAATATTCCTTTTAGTACTGGCTTGATCGAAATTGAAGAACATTTCAGGTCGGGAACTGAAATCAATACACCGATCTATCTGGGGCAAGGACTGACGGATATCTGGTTTTAAACCAAATTTATCGACCAGTGAATCATTGATGCATGGAATGGTTTTGTCA‑CCCTTTTTTTGCCA‑GTTAATTTTTTGCCCATTACTGATTTTGTTGTTATTCACCGCa < 1:1347064/239‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |