| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 840,656 | A→G | 14.1% | T292T (ACT→ACC) | fiu ← | catecholate siderophore receptor |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 840,656 | 0 | A | G | 14.1% | 178.3 / 3.4 | 84 | T292T (ACT→ACC) | fiu | catecholate siderophore receptor |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (40/29); new base G (10/3); total (52/32) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.33e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TCACATCTTTGGTATTCGCCGTGCGTGACCAGGTCCAGCTATTCACATCGCTGGTGGGCTGAGTAATATTCGACGCCCCGCCCATAATCGC‑CGTCATCAGGTAATCCTGCTTTACGCGCGACCAACGGGTAGTATTGCGAATGGTGGTGTTATCGTTGATGTCGTGCTCAAAACGCATGGTGGCGGTGTCGGTGGTCGAATCGTCGTAATCGGAATCCGTGCCGTAAAAGTTAT‑GAGTATCAACTTTTCCGGAATGATTCAGGGCCGCCGTTCCCGCAGATGGGGCAGAATAGCCCGGCAAACCGATGGTCGGAATGCCGCCGTCTGGCGTGTTGTGCTGGGTGACATGCAGATAATTAAGATACAAACGATTCGCTGTACCAAGGCCAAAAGCGACAGAAGGGGCGACGCCGTAACGCTCATTTTTGACTTTGTCGCGTCCGGCATCGTGCGTTTTTTCGCCCATTACATTC > NC_000913/840421‑840893 | tCACATCTTTGGTATTCGCCGTGCGTGACCAGGTCCAGCTATTCACATCGCTGGTGGGCTGAGTAATATTCGACGCCCCGCCCATAATCGC‑CGTCATCAGGTAATCCTGCTTTACGCGCGACCAACGGGTAGTATTGCGAATGGTGGTGTTATCGTTGATGTCGTGCTCAAAACGCATGGTGGCGGTGTCGGTGGTCGAATCGTCGTAATCGGAATCCGTGCCGTAAAAGTTAT‑GAGTa > 1:323748/1‑239 (MQ=255) aTCTTTGGTATTCGCCGTGCGTGACCAGGTCCAGCTATTCACATCGCTGGTGGGCTGAGTAATATTCGACGCCCCGCCCATAATCGC‑CGTCATCAGGTAATCCTGCTTTACGCGCGACCAACGGGTAGTATTGCGAATGGTGGTGTTATCGTTGATGTCGTTCTCAAACCGCATGGTGGCGGGGTCGGGGGTCGAATCGTCGGAATCGGAAACCGTGCCGGTAAATTTAT‑TAggcaca > 1:1325582/1‑233 (MQ=255) aTCTTTGGTATTCGCCGTGCGTGACCAGGTCCAGCTATTCACATCGCTGGTGGGCTGAGTAATATTCGACGCCCCGCCCATAATCGC‑CGTCATCAGGTAATCCTGCTTTACGCGCGACCAACGGGTAGTATTGCGAATGGTGGTGTTATCGTTGATGTCGTGCTCAAAACGCATGGTGGCGGGGCCGGTGGTCGAATCGTCGTAATCGGAATCCGTGCCGTAATAGTTAT‑GAGTAtg > 1:717335/1‑236 (MQ=255) ggTATTCGCCGTGCGTGACCAGGTCCAGCTATTCACATCGCTGGTGGGCTGAGTAATATTCGACGCCCCGCCCATAATCGC‑CGTCATCAGGTAATCCTGCTTTACGCGCGACCAACGGGTAGTATTGCGAATGGTGGTGTTATCGTTGATGTCGTGCTCAAAACGCATGGTGGCGGTGTCGGTGGTCGAATCGTCGTAATCGGAATCCGTGCCGTAAAAGTTAT‑GAGTATCAACTTTTc < 1:850786/239‑1 (MQ=255) ttCGCCGTGCGTGACCAGGTCCAGCTATTCACATCGCTGGTGGGCTGAGTAATATTCGACGCCCCGCCCATAATCGC‑CGTCATCAGGTAATCCTGCTTTACGCGCGACCAACGGGTAGTATTGCGAATGGTGGTGTTATCGTTGATGTCGTGCTCAAAACGCATGGTGGCGGTGTCGGTGGTCGAATCGTCGTAATCGGAATCCGTGCCGTAAAAGTTTT‑GAGGATAACCTTTTCCGGa > 1:703110/1‑239 (MQ=255) ttCGCCGTGCGTGACCAGGTCCAGCTATTCACATCGCTGGTGGGCTGAGTAATATTCGACGCCCCGCCCATAATCGC‑CGTCATCAGGTAATCCTGCTTTACGCGCGACCAACGGGTAGTATTGCGAATGGGGGTGTTATCGTTGGTTTCGTGCTCAAACCGCATGGTGGCGGTGTCGGGGGTCGGATGGTCGGACACGGAATCTGTGCCGGAAAAGCTAT‑GTGGAGCAAATTTTTCGGa > 2:1336027/1‑239 (MQ=255) tCGCCGGGGGGGCCCAGGTCCAGCTTTTCCCATCGCTGGGGGGCTGAGTAATTGTCGACGCCCCGCCCATAATCGG‑CGTCATCAGGTAATCCTGCTTTACGGGCGACCAACGGGTAGTATTGCGAATGGTGGTGTTATCGTTGATGTCGTGCTCAAAACGCATGGTGGCGGTGTCGGTGGTCGAATCGTCGTAATCGGAATCCGTGCCGTAAAAGTTAT‑GAGTATCAACTTTTCCGGaa < 2:703110/239‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |