| Predicted mutation | |||||||
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| RA | NC_000913 | 974,068 | C→A | 11.2% | R178R (CGG→AGG) | smtA → | putative S‑adenosyl‑L‑methionine‑dependent methyltransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | NC_000913 | 974,068 | 0 | C | A | 11.2% | 359.1 / 5.1 | 149 | R178R (CGG→AGG) | smtA | putative S‑adenosyl‑L‑methionine‑dependent methyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (43/85); new base A (19/2); total (62/87) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.71e-07 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 150 total aligned reads displayed.
TTGCGCCGCTCAGGATGTTGCTTCGCATTTGGAAACGCCCGTTGATCTGATATTGTTCCATGCGGTGCTCGAGTGGGTGGCTGATCCCCGCAGCGTATTGCAGACCCTCTGGTCAGTGTTGCGTCCAGGCGGCGTGTTGTCGTTAATGTTCTACAATGCGCATGGTTTGTTGATGCATAACATGGTCGCCGGGAATTTTGATTACGTGCAGGCGGGAATGCCGAAAAAGAAAAAACGGACGCTTTCGCCAGA‑TTATCCACGCGACCCGGC‑GCAGGTTTATCTGTGGCTGGAAGAAGCT‑GGTTGGCAAATTATGGGTAAGACAGGCGTT‑CGCGTGTTTCATGATTATCTGCGCGAGAAACACCAGCAG‑CGC‑GACTGCTATGAAGCATTACTTGAATTAGAAACGCGTTATTGCCGTCAGGAACCGTATATTACCCTGGGGCGTTATATTCATGTCACCGCGCGCAAACCG > NC_000913/973833‑974301 | tGCGCCGCTCAGGATGTTGCTTCGCATTTGGAAACGCCCGTTGATCTGATATTGTTCCATGCGGTGCTCGAGTGGGTGGCTGATCCCCGCAGCGTATTGCAGACCCTCTGGTCAGTGTTGCGTCCAGGCGGCGTGTTGTCGTTAATGTTCTACAATGCGCATGGTTTGTTGATGCATAACATGGTCGCCGGGAATTTTGATTACGTGCAGGCGGGAATGCCGAAAAAGAAAAAACGGAc > 1:909251/1‑239 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |