| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 1,136,671 | T→G | 11.5% | V133G (GTG→GGG) | flgI → | putative flagellar basal body protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,136,671 | 0 | T | G | 11.5% | 327.7 / 2.0 | 135 | V133G (GTG→GGG) | flgI | putative flagellar basal body protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (49/62); new base G (21/3); total (70/65) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 9.10e-05 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 137 total aligned reads displayed.
GACGCCGTTTACCACACAAACGCTTAATAACA‑TGCTCTCACAGCTGGGAATTACCGTTCCGACGGGCACCAATATGCAGCTAAAAAACGTCGCTGCGGTAATGGTGACAGCGTCAC‑TTCCTCCGTTTGGACGTCAGGGGCAAACCATCGATGTGGTGGTTTCTTCCATGGGAAATGCCAAAAGCTTGCGTGGAGGTACGTTGTTGATGACACCGCTTAAGGGCGTTG‑AC‑AGTCAGGTGTATGCGCTGGCGCAGGGCAATATTCTGGTTGGCGGCGCAGGAGCCTCCGCTGGCGGTAGCAGTGTTCAGGTTAACCAACTGAACGGTGGACGGATCACCAATGGTGCGGTTATTGAACGTGAATTGCCCAGCCAGTTTGGCGTCGGGAATACCCTTAATTTGCAACTTAACGACGAAGATTTCAGCATGGCGCAGCAAATCGCTGACACCATCAACCGCGTGCGTGGATATG > NC_000913/1136435‑1136904 | gACGCCGTTTACAACACAAACGCTTAATAACA‑TGCTCTCACAGCTGGGAATTACCGTTCCGACGGGCACCAATATGCAGCTAAAAAACGTCGCTGCGGTAATGGTGACAGCGTCAC‑TTCCTCCGTTTGGACGTCAGGGGCAAACCATAGATGTGGAGGTTTCTTCCATGGGAAGTGCCAAAAGCTTGGGGGGGGGTACGGTATGGATGTAACCGCTTACGGGCGGAG‑AC‑CGAAAGgtgt > 2:83731/1‑239 (MQ=255) 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a‑TGCTCTCACAGCTGGGAATTACCGTTCCGACGGGCACCAATATGCAGCTAAAAAACGTCGCTGCGGTAATGGTGACAGCGTCAC‑TTCCTCCGTTTGGACGTCAGGGGCAAACCATCGATGTGGTGGTTTCTTCCATGGGAAATGCCAAAAGCTTGCGTGGAGGTACGTTGTTGATGACACCGCTTAAGGGCGTTG‑AC‑AGTCAGGGGTATGCGCTGGCGCAGGGCAATATTCTGGTTgc > 1:1264260/1‑238 (MQ=255) ctgctctacaaggtGGGGATTACCGTTCCGGCCGGCCACAATATGCCGCTAAAAAACGTCGCTGCGGTAATGGTGACAGCGTCAC‑TGCCTCCGTTTGGACGTCAGGGGCAAACCATCGATGTGGTGGTTTCTTCCATGGGAAATGCCAAAAGCTTGCGTGGAGGTACGTTGTTGATGACACCGCTTAAGGGCGTTG‑AC‑AGTCAGGTGTATGCGCTGGCGCAGGGCAATATTCTGGTTgg < 2:265630/226‑1 (MQ=255) gCTCTCACAGCTGGGAATTACCGTTCCGACGGGCACCAATATGCAGCTAAAAAACGTCGCTGCGGTAATGGTGACAGCGTCAC‑TTCCTCCGTTTGGACGTCAGGGGCAAACCATCGATGTGGTGGTTTCTTCCATGGGAAATGCCAAAAGCTTGCGTGGAGGTACGTTGTTGATGACACCGCTTAAGGGCGTTG‑AC‑AGTAAGGTGGATGGGCTGGCGCCGGGCATAATCTTGGTTgccg > 1:577518/1‑239 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |