| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,340,405 | A→T | 15.5% | I55F (ATC→TTC) | yciS → | DUF1049 family inner membrane protein, function unknown |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,340,405 | 0 | A | T | 15.5% | 174.6 / 3.7 | 92 | I55F (ATC→TTC) | yciS | DUF1049 family inner membrane protein, function unknown |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (36/38); new base T (11/5); total (48/44) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.75e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TTAAAGGGCTATTGCGGTAAGTTGACCATAATTTATTCGCTCTAACCACATAACGGGAAGTAATGTGAAATATTTACTCATTTTCTTACTGGTGTTAGCGATCTTCGTGATTTCGGTCACGTTGGGTGCGCAGAACGATCAACAGGTGACGTTTAATTATCTGT‑TAGCGCAAGGGGAGTACCGTATTTCCACATTGCTGGCGGTATT‑GTTT‑GCTGC‑GGGGTTTGCTATCGGTTGGTTGATTTGTGGCC‑TGTTCTGG‑CTGCGAGTT‑CGTGTTTCCCT‑GGCGCGCGCTGAAC‑GTAAAATAAAGC‑GACTGGAAAACCAGCTTTCACCCGCGACTGACGTGGC‑TGTAGTGCCGCACTCGTCAGCGGCGAAGGAATAAC‑TTTCTATGCT‑GGAGTTGTTGTTTCTGCTTTTGCCTGTAGCCGCTGCCTATGGCTGGTATATGGGCCGCAGAAGTGCGCAACAAAACAA > NC_000913/1340179‑1340640 | ttAAAGGGCTATTGCGGTAAGTTGACCATAATTTATTCGCTCTAACCACATAACGGGAAGTAATGTGAAATATTTACTCATTTTCTTACTGGTGTTAGCGATCTTCGTGATTTCGGTCACGTTGGGTGCGCAGAACGATCAACAGGTGACGTTTAATTATCTGT‑TAGCGCAAGGGGAGTACCGAATTTCCACATTGCTGGCGGGATT‑GTTT‑TCTGC‑GGGGGTTGTCATAGGTTGGTTGa > 1:467236/1‑239 (MQ=255) 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TTAAAGGGCTATTGCGGTAAGTTGACCATAATTTATTCGCTCTAACCACATAACGGGAAGTAATGTGAAATATTTACTCATTTTCTTACTGGTGTTAGCGATCTTCGTGATTTCGGTCACGTTGGGTGCGCAGAACGATCAACAGGTGACGTTTAATTATCTGT‑TAGCGCAAGGGGAGTACCGTATTTCCACATTGCTGGCGGTATT‑GTTT‑GCTGC‑GGGGTTTGCTATCGGTTGGTTGATTTGTGGCC‑TGTTCTGG‑CTGCGAGTT‑CGTGTTTCCCT‑GGCGCGCGCTGAAC‑GTAAAATAAAGC‑GACTGGAAAACCAGCTTTCACCCGCGACTGACGTGGC‑TGTAGTGCCGCACTCGTCAGCGGCGAAGGAATAAC‑TTTCTATGCT‑GGAGTTGTTGTTTCTGCTTTTGCCTGTAGCCGCTGCCTATGGCTGGTATATGGGCCGCAGAAGTGCGCAACAAAACAA > NC_000913/1340179‑1340640 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |