| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 1,340,417 | A→G | 16.5% | I59V (ATT→GTT) | yciS → | DUF1049 family inner membrane protein, function unknown |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,340,417 | 0 | A | G | 16.5% | 178.1 / 2.4 | 92 | I59V (ATT→GTT) | yciS | DUF1049 family inner membrane protein, function unknown |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (26/40); new base G (14/3); total (49/43) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.23e-03 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TTAAAGGGCTATTGCGGTAAGTTGACCATAATTTATTCGCTCTAACCACATAACGGGAAGTAATGTGAAATATTTACTCATTTTCTTACTGGTGTTAGCGATCTTCGTGATTTCGGTCACGTTGGGTGCGCAGAACGATCAACAGGTGACGTTTAATTATCTGT‑TAGCGCAAGGGGAGTACCGTATTTCCACATTGCTGGCGGTATT‑GTTT‑GCTGC‑GGGGTTTGCTATCGGTTGGTTGATTTGTGGCC‑TGTTCTGG‑CTGCGAGTT‑CGTGTTTCCCT‑GGCGCGCGCTGAAC‑GTAAAATAAAGC‑GACTGGAAAACCAGCTTTCACCCGCGACTGACGTGGC‑TGTAGTGCCGCACTCGTCAGCGGCGAAGGAATAAC‑TTTCTATGCT‑GGAGTTGTTGTTTCTGCTTTTGCCTGTAGCCGCTGCCTATGGCTGGTATATGGGCCGCAGAAGTGCGCAACAAAACAAGCAAGATGAA > NC_000913/1340179‑1340650 | ttAAAGGGCTATTGCGGTAAGTTGACCATAATTTATTCGCTCTAACCACATAACGGGAAGTAATGTGAAATATTTACTCATTTTCTTACTGGTGTTAGCGATCTTCGTGATTTCGGTCACGTTGGGTGCGCAGAACGATCAACAGGTGACGTTTAATTATCTGT‑TAGCGCAAGGGGAGTACCGAATTTCCACATTGCTGGCGGGATT‑GTTT‑TCTGC‑GGGGGTTGTCATAGGTTGGTTGa > 1:467236/1‑239 (MQ=255) 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TTAAAGGGCTATTGCGGTAAGTTGACCATAATTTATTCGCTCTAACCACATAACGGGAAGTAATGTGAAATATTTACTCATTTTCTTACTGGTGTTAGCGATCTTCGTGATTTCGGTCACGTTGGGTGCGCAGAACGATCAACAGGTGACGTTTAATTATCTGT‑TAGCGCAAGGGGAGTACCGTATTTCCACATTGCTGGCGGTATT‑GTTT‑GCTGC‑GGGGTTTGCTATCGGTTGGTTGATTTGTGGCC‑TGTTCTGG‑CTGCGAGTT‑CGTGTTTCCCT‑GGCGCGCGCTGAAC‑GTAAAATAAAGC‑GACTGGAAAACCAGCTTTCACCCGCGACTGACGTGGC‑TGTAGTGCCGCACTCGTCAGCGGCGAAGGAATAAC‑TTTCTATGCT‑GGAGTTGTTGTTTCTGCTTTTGCCTGTAGCCGCTGCCTATGGCTGGTATATGGGCCGCAGAAGTGCGCAACAAAACAAGCAAGATGAA > NC_000913/1340179‑1340650 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |