| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 223,706 | T→A | 7.5% | intergenic (+298/‑65) | gmhB → / → rrsH | D,D‑heptose 1,7‑bisphosphate phosphatase/16S ribosomal RNA of rrnH operon |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 223,706 | 0 | T | A | 7.5% | 277.3 / 2.2 | 142 | intergenic (+298/‑65) | gmhB/rrsH | D,D‑heptose 1,7‑bisphosphate phosphatase/16S ribosomal RNA of rrnH operon |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (53/76); new base A (11/2); total (64/78) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.13e-03 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
Only 100 of 143 total aligned reads displayed.
TATAATGCGCCTCCATCGACACGGCGGATGTGAATCACTTCACACAAACAGCCGGTTCGGTTGAAGAGAAAAATCCTGAAATTCAGGGTTGACTCTGAAAGAGGAAAGCGTAATATACGCCACCTCGCGACAGTGAGCTGAAAGCCGCGTCGCAACTGCTCTTTAACAATTTATCAGACAATCTGTGTGGGCACTCGAAGATACGGATTCTTAACGTCGCAAGACGAAAAATGAATACCAAGTCTCAAGAGTGAACACGTAATTCATTACAAAGTTTAATTCTTTGAGCATCAAACTTTTAAATTGAAGAGTTTGATCATGGCTCAGATTGAACGCTGGCGGCAGGCCTAACACATGCAAGTCGAACGGTAACAGGAAGAAGCTTGCTTCTTTGCTGACGAGTGGCGGACGGGTGAGTAATGTCTGGGAAACTGCC‑TGATGGAGGGGGATAACTACTGGAAACGGTAGC > NC_000913/223471‑223939 | tataATGCGCCTCCATCGACACGGCGGATGTGAATCACTTCACACAAACAGCCGGTTCGGTTGAAGAGAAAAATCCTGAAATTCAGGGTTGACTCTGAAAGAGGAAAGCGTAATATACGCCACCTCGCGACAGTGAGCTGAAAGCCGCGTCGAAACTGCTCTTTAACAATTTATCAGACAATCTGTGGGGGCCCTCGAAGATCCGGGGTCTTAACGTTGCAAACAGAAAAATGAATAcc > 1:402070/1‑239 (MQ=11) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |