Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 2,745,087 | A→C | 16.4% | V84G (GTG→GGG) | trmD ← | tRNA m(1)G37 methyltransferase, SAM‑dependent |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 2,745,087 | 0 | A | C | 16.4% | 221.4 / 4.4 | 96 | V84G (GTG→GGG) | trmD | tRNA m(1)G37 methyltransferase, SAM‑dependent |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (66/11); new base C (5/14); total (71/25) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.09e-06 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
ATGTCCCAGTACTCCCGGAATAAACCGGGAAACGGAGTCAATCAGCGTCATTGCTGGTAACTCACCACCACTGAGAACGTAATCGCCGATTGACCATTCTTCGTCAATTTCGGTTTGGATCACGCGCTCATCTATACCTTCGTAGCGACCGCACACC‑AGAATCAATTTTTGATTCGTTG‑CCAGTTCGCTGACGCCCGCTTG‑ATCAAGCTTGCGTCCCTGTGGTG‑ACAGATAAATCA‑CCTTTGCGCCTTCACCCGCCGCGGCTTTTG‑CTGCATGAATGGCGTCCCGCAAGGGTTGCACCATCATTAACATCCCCGGTCCGCCGCCGTAAGGACGATCGTCCACGGTACGGTGCCGGTCATGCGTGAAGTCGCGAGGACTCCAGCTCTGGATGCTCAGCAGGCCATTTTTAACTGCCCGGCCAGTTACCCCGTAATCGGTAATTGCGCGGAACATTTCAGGAAAC > NC_000913/2744852‑2745314 | aTGTCCCAGTACTCCCGGAATAAACCGGGAAACGGAGTCAATCAGCGTCATTGCTGGTAACTCACCACCACTGAGAACGTAATCGCCGATTGACCATTCTTCGTCAATTTCGGTTTGGATCACGCGCTCATCTATACCTTCGTAGCGACCGCACACC‑AGAATCAATTTTTGATTCGTTG‑CCAGTTCGCTGACGCCCGCTTG‑ATCAAGCTTGCGTCCCTGTGGTG‑ACAGATAAATCA‑CCt > 1:934723/1‑239 (MQ=255) ccAGTACTCCCGGAATAAACCGGGAAACGGAGTCAATCAGCGTCATTGCTGGTAACTCACCACCACTGAGAACGTAATCGCCGATTGACCATTCTTCGTCAATTTCGGTTTGGATCACGCGCTCATCTATACCTTCGTAGCGACCGCACACC‑AGAATCAATTTTTGATTCGTTG‑CCAGTTCGCTGACGCCCGCTTG‑ATCAAGCTTGCGTCCCTGTGGTG‑ACAGATAAATCA‑CCTTTgc > 1:787193/1‑238 (MQ=255) ttcccccGGAAAAAACCGGGAAACGGAGTCAATCAGCTTCATTGCTGGTAACTCACCCCCCCTGAGAACGTAACCGCCGATTGACCATTCTTCGTCAATTTCGGTTTGGATCACGCGCTCATCTATACCTTCGTAGCGACCGCACACC‑AGAATCAATTTTTGATTCGTTG‑CCAGTTCGCTGACGCCCGCTTG‑ATCAAGCTTGCGTCCCTGTGGTG‑ACAGATAAATCA‑CCTTTGCGCCtt < 2:866033/235‑1 (MQ=255) ccGGAATAAACCGGGAAACGGAGTCAATCAGCGTCATTGCTGGTAACTCACCACCACTGCGAACGTAATCGCCGATTGACCATTCTTCGTCAATTTCGGTTTGGATCACGCGCTCATCTATACCTTCGTAGCGACCGCACACC‑AGAATCAATTTTTGATTCGTTG‑CCAGTTCGCTGACGCCCGATTG‑ATCAAGCTTGCGTCCCTGTGTTG‑ACAGATAAATCA‑CCTTTTCGCCTTCAcc > 1:360392/1‑238 (MQ=255) ccGGAATAAACCGGGAAACGGAGTCAATCAGCGTCATTGCTGGTAACTCACCACCACTGAGAACGTAATCGCCGATTGACCATTCTTCGTCAATTTCGGTTTGGATCACGCGCTCATCTATACCTTCGTAGCGACCGCACACC‑AGAATCAATTTTTGATTCGTTG‑CCAGTTCGCTGACGCCCGCTTG‑ATCAAGCTTGCGTCCCTGTGGTG‑CCAGATAAATCA‑CCTTTGCGCCTTCAcc > 1:1042756/1‑238 (MQ=255) ccGGAATAAACCGGGAAACGGAGTCAATCAGCGTCATTGCTGGTAACTCACCACCACTGAGAACGTAATCGCCGATTGACCATTCTTCGTCAATTTCGGTTTGGATCACGCGCTCATCTATACCTTCGTAGCGACCGCACACC‑AGAATCAATTTTTGATTCGTTG‑CCAGTTCGCTGACGCCCGCTTG‑ATCAAGCTTGCGTCCCTGTGGTG‑ACAGATAAATCA‑CCTTTCCGCCTTAAcc > 1:265662/1‑238 (MQ=255) ccGGAATAAACCGGGAAACGGAGTCAATCAGCGTCATTGCTGGTAACTCACCACCACTGAGAACGTAATCGCCGATTGACCATTCTTCGTCAATTTCGGTTTGGATCACGCGCTCATCTATACCTTCGTAGCGACCGCACACC‑AGAATCAATTTTTGATTCGTTG‑CCAGTTCGCTGACGCCCGCTTG‑ATCAAGATTGCGTCCCTGTGGTG‑ACAGATAAATCA‑CCTTTGCGCCTTCAcc > 1:802460/1‑238 (MQ=255) ccGGAATAAACCGGGAAACGGAGTCAATCAGCGTCATTGCTGGTAACTCACCACCACTGAGAACGTAATCGCCGATTGACCATTCTTCGTCAATTTCGGTTTGGATCACGCGCTCATCTATACCTTCGTAGCGACCGCACACC‑AGAATCAATTTTTGATTCGTTG‑CCACTTCGCTGACGCCCGCTTG‑ATCAAGCTTGCGTCCCTCTGGTG‑ACAGATAAATCC‑CCTTTGCGCCttaccc > 1:121984/1‑234 (MQ=255) aaCCGGGAAACGGAGTCAATCAGCGTCATTGCTGGTAACTCACCACCACTGAGAACGTAATCGCCGATTGACCATTCTTCGTCAATTTCGGTTTGGATCACGCGCTCATCTATACCTTCGTAGCGACCGCACACC‑AGAATCAATTTTTGATTCGTTG‑CCAGTTCGCTGACGCCCGCTTG‑CTCAACCTTGCGCCCCTTTGTGG‑ACAGATAAATCC‑ACTTTGCCCCTTCCCCCCCcgcg > 2:334119/1‑237 (MQ=255) aaCCGGGAAACGGAATCAATCCGCGTCATTGCTGGTAACTCACCACCACTGAGAACGTAATCGCCGATTGGCCATTCTTCGTCAATTTCGGTTTGGATCACGCGCTCATCTATACCTTCGTAGCGACCGCACACC‑AGAATCAATTTTTGATTCGTTG‑CCAGTTCGCTGACGCCCGCTTG‑ATCAAGCTTGCGTCCCTGTGGTG‑ACAGATAAATCA‑CCTTTGCGCCTTCCCCCGCCGCGGc < 1:678151/239‑1 (MQ=255) 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agaACGTAATCGCCGATTGACCATTCTTCGTCAATTTCGGTTTGGATCACGCGCTCATCTATACCTTCGTAGCGACCGCACACC‑AGAATCAATTTTTGATTCGTTG‑CCAGTTCGCTGACGCCCGCTTG‑ATCAAGCTTGCGTCCCTGTGGTG‑ACAGATAAATCA‑CCTTTGCGCCTTCACCCGCCGCGGCTTTTG‑CTGCATGACTGGCGTCCCGCAAGGGTTGCACCATCATTAACATcc > 1:912588/1‑238 (MQ=255) agaACGTAATCGCCGATTGACCATTCTTCGTCAATTTCGGTTTGGATCACGCGCTCATCTATACCTTCGTAGCGACAGCACACC‑AGAATCAATTTTTGATTCGTTG‑CCAGTTCGCTGTCGCCCGCTTG‑ATCAAGCTTGCGTCCCTGTGTTG‑ACAGATAAATCC‑CCTTTACGCCTTCACCCGCCGCGGCTTTTT‑CTGCATGAATGGCGTCCCGCCAGGAGTGCACactcataaccaccc > 1:241853/1‑230 (MQ=255) aaCGTAATCGCCGATTGACCATTCTTCGTCAATTTCGGTTTGGATCACGCGCTCATCTATACCTTCTTAGCGACCGCACACC‑AGAATCAATTTTTGATTCGTTG‑CCAGTTCGCTGACGCCCGCTTG‑ATCAAGCTTGCGTCCCTGTGGTG‑ACAGATAAATCA‑CCTTTTCGCCTTCCACCGCCGCGGCTTTTG‑CTGCTTGACTGGCGTCCCGAACGGGTTGCACCACCATTAACATCCCCg > 1:1086970/1‑239 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |