Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_000913 | 3,532,593 | C→A | 20.4% | intergenic (‑156/‑223) | yhgE ← / → pck | DUF4153 family putative inner membrane protein/phosphoenolpyruvate carboxykinase [ATP] |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 3,532,593 | 0 | C | A | 20.4% | 216.1 / 6.9 | 89 | intergenic (‑156/‑223) | yhgE/pck | DUF4153 family putative inner membrane protein/phosphoenolpyruvate carboxykinase [ATP] |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (50/18); new base A (2/18); total (52/37) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.06e-07 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.74e-01 |
GCAGGTAGCAAACCAGACCCTGAAGTAATCCGGTAGCAATCATCCCCCAGCGTGTTGCGGGTGAAAGTTCAACGTTATCCATGTTGGTTATCCAGAATCAAAAGGTGGG‑TTAA‑TTATCGCATCCGGGCAGTAGTATTTTGC‑TTTTTTCAGAAAA‑TAATCAAAAAAA‑GTTAGCGT‑GGTGAATCGATACTTTACCGGTTGAA‑TTTGCATCAATTTCATTC‑AGGAATGCGATTCCACTCACAA‑TATTCCCGCCATATAAACCAAGATTTAACCTTTTGAGAACATTTTCCACACCTAAAATGCTATTTCTGCGATAATAGCAACCGTTTCGTGACAGGAATCACGGAGTTTTTTGTCAAATATGAATTTCTCCAGATACGTAAATCTATGAGCCTTGTCGCGGTTAACACCCCCAAAAAGACTTTACTATTCAGGCAATACATATTGGCTAAGGAGCAGTGAAATGCGCGTTAACAA > NC_000913/3532356‑3532829 | ccagttaacattccggttcccgAATTATTCTGGTTGCAATTAGCCCCCAGCGTGTTGTGGGGGAAAGTTCAACGTTATCCATGTTGTGTATTCATAATCAAAAGGTGTG‑TTAA‑TTATCGCATCCGGGCAGTAGTATTTTGC‑GTTTTTCAGAAAA‑TTATCAAAAAAA‑GTTAGCGT‑GGTGAATCGATACTTTACCGGTTGAA‑TTTGCATCAATTTCATTC‑AGGAATGCGATTCCACTcaca < 2:883410/218‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |