| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 361,668 | C→T | 17.5% | E65K (GAA→AAA) | lacA ← | thiogalactoside acetyltransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 361,668 | 0 | C | T | 17.5% | 111.0 / 4.2 | 70 | E65K (GAA→AAA) | lacA | thiogalactoside acetyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (13/43); new base T (9/4); total (22/48) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.59e-03 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.85e-01 | |||||||||||
CCGATCCAGACGTTATTGCCAATCGTTATCGGAAAAGAGTACATCTCGCCGTTTTTTCTCAATTCATGGTGTACAGGGTGTCCCGTAACGGAAAGAGTAACGTTGGGTGCAATCAGTACGTTATCACCGATTGTTACCGTGTAGTCATCGACAATGGTTAAATTGAAATTTGCATAAAAATTGCGGCCTATATGGATGTTGGAACCGTAAGAGAAATAGACAGGCGGT‑TCT‑ACCCAGGC‑GTTTTCCCCTA‑CCGT‑GGC‑AAACATTTCTTTAATCAGGCTTTCTCTTTTTTCAACTTCTG‑ATGG‑ATGCGAGTGATTAAACTCATACA‑TTAAC‑GTTTTCCCACGAAGTCTTTTTTCCGGTAAGCCTTCGCACATATCGGTAAATAGCTTGCCTGCTCTTATTCTTTCGGTCATTGGCATGTTCAATGCGATCACTCCGTTATGATATGTTGGTC > NC_000913/361439‑361889 | ccGATCCAGACGTTATTGCCAATCGTTATCGGAAAAGAGTACATCTCGCCGTTTTTTCTCAATTCATGGTGTACAGGGTGTCCCGTAACGGAAAGAGTAACGTTGGGTGCAATCAGTACGTTATCACCGATTGTTACCGTGTAGTCATCGACAATGGTTAAATTGAAATTTGCATAAAAATTGCGGCCTATATGGATGTTGGAACCGTAAGAGAAATAGACAGGCGGT‑TCT‑Tccccaga > 1:118795/1‑235 (MQ=255)ccGATCCAGACGTTATTGCCAATCGTTATCGGAAAAGAGTACATCTCGCCGTTTTTTCTCAATTCATGGTGTACAGGGTGTCCCGTAACGGAAAGAGTAACGCTGGGCGCAATCAGTACGTTATCACCGATTGTTACCGTGTAGTCATCGACAATGGTTAAATTGAAATTTGCATAAAAATTGCGGCCTATATGGATGTTGGAAACGAAAAAGAAACAAACAGGCGGT‑TTT‑ATCCacac > 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ccGATTGTTACCGTGTAGTCATAGACAATGGTTAAATTGAAATTTGCATAAAAATTGCGGCCTATATGGATGTTGGAACCGTAAGAGAAATAGACAGGCGGA‑TCT‑ACCCTCGCGGTTTCCCCCTC‑CCGC‑GCA‑AAACTTTATTTTTAT‑AGGCCTTTTCTTTTTTTCACTATTG‑ATGG‑ACGCAGGGGGTTATACTCAAACA‑TTTACTTTTTTTCCCCACAGTCTTTTTTcgttaaacatt > 2:504585/1‑228 (MQ=255) tttttttccgtgttggtaacGACAATGGTTAAATTGAAATTTGCATAAAAATTGCGGCCTATATGGATGTTGGAACCGTAAGAGAAATAGACAGGCGGT‑TCT‑ACCCAGGC‑GTTTTCCCCTA‑CCGT‑GGC‑AAACATTTCTTTAATCAGGCTTTCTCTTTTTTCAACTTCTG‑ATGG‑ATGCGAGTGATTAAACTCATACA‑TTAAC‑GTTTTCCCACGAAGTCTTTTTTCCGGTAAGCCTTCGca < 2:550415/220‑1 (MQ=255) atggTTACCGTGTAGTCATCGACAATGGTTAAATTGAAATTTGCATAAAAATTGCGGCCTATATGGATGTTGGAACCGTAAGAGAAATAGACAGGCGGT‑TCT‑ACCCCGGA‑GGTTTCCCCCACCCGT‑GCC‑AAA‑AATTCTTTTATCAGGCTTTCTCTTTTTTTCACTTCTGAATGG‑ATGAG‑GGGATTTAAATCCTACATTTACC‑GTTTTCCCCCCAAGTCTTTTTTCGGGAAACCTTTcc > 1:579098/4‑237 (MQ=255) 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1:792572/155‑1 (MQ=255) aaTAGACAGGCGGT‑TCT‑ACCCAGGC‑GTTTTCCCCTA‑CCGT‑TGC‑AAACATTTCTTTAATCAGGCTTTCTCTTTTTTCAACTTCTG‑ATGG‑ATGCGAGTGATTAAACTCATACA‑TTAAC‑GTTTTCCCACGAAGTCTTTTTTCCGGTAAGCCTTCGCACATATCGGTAAATAGCTTGCCTGCTCTTATTCTTTCGGTCATTGGCATGTTCAATGCGATCACTCCGTTATGATATGTTGGTc < 1:371709/237‑1 (MQ=255) | CCGATCCAGACGTTATTGCCAATCGTTATCGGAAAAGAGTACATCTCGCCGTTTTTTCTCAATTCATGGTGTACAGGGTGTCCCGTAACGGAAAGAGTAACGTTGGGTGCAATCAGTACGTTATCACCGATTGTTACCGTGTAGTCATCGACAATGGTTAAATTGAAATTTGCATAAAAATTGCGGCCTATATGGATGTTGGAACCGTAAGAGAAATAGACAGGCGGT‑TCT‑ACCCAGGC‑GTTTTCCCCTA‑CCGT‑GGC‑AAACATTTCTTTAATCAGGCTTTCTCTTTTTTCAACTTCTG‑ATGG‑ATGCGAGTGATTAAACTCATACA‑TTAAC‑GTTTTCCCACGAAGTCTTTTTTCCGGTAAGCCTTCGCACATATCGGTAAATAGCTTGCCTGCTCTTATTCTTTCGGTCATTGGCATGTTCAATGCGATCACTCCGTTATGATATGTTGGTC > NC_000913/361439‑361889 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |