Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_000913 | 3,838,901 | C→T | 15.0% | L219L (CTG→TTG) | yicL → | EamA family inner membrane putative transporter |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_000913 | 3,838,901 | 0 | C | T | 15.0% | 330.9 / 12.2 | 148 | L219L (CTG→TTG) | yicL | EamA family inner membrane putative transporter |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (43/81); new base T (20/4); total (63/85) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.94e-05 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 148 total aligned reads displayed.
GTGACACACGGTAATCCGACGTCATTATCGATCTCTCCTGCCGCGTTGTTCTGGGGCATTGCCTCGGCATTTGC‑TGCTGCATTCTATACCACCTATCCCTCAACGCTAATTGCCCGCTATGGCACGTTACCAGTCGTCGGCTGGAGTATGCTGATTGGCGGTCTGATTCTGTTGCCTTTTTATGCCAGACAAGGAACAAACTTTGTCGTTAACGGCAGTTTGATTC‑TGGCG‑TTTTTTTATTTGGTGGTC‑ATTGGTACGTCCCTGACA‑TTTAG‑TCTGTACC‑TGAAAGGA‑G‑CACAA‑TTAA‑TTGGCGGTCCAAAAGCCAGCATTTTGAGCTGTGCAGAACCATTAAGTAGCGCGCTACTCTCTTTGCTGTTGCTGGGGATCACGTTCACATTACCGGACTGGCTGGGAACGCTGCTGATTCTGTCATCGGTGATTTTGATTTCAATGGATTCCCGTCGCCGC > NC_000913/3838676‑3839134 | ccGGTTATCCGACGTCTTTTTCGATCTTTCCCGCCCCGTTTTTCTGGAGCATTGCCTCGGCATTTGC‑TGCTGCATTCTATACCACCTATCCCTCAACGCTAATTGCCCGCTATGGCACGTTACCAGTCGTCGGCTGGAGTATGCTGATTGGCGGTCTGATTCTGTTGCCTTTTTATGTCAGACAAGGAACAAACTTTGTCGTTAACGGCAGTTTGATTC‑TGGCG‑TTTTTTTATTtggtg < 2:899446/238‑1 (MQ=255) tCCGACGTCATTATCGATCTCTCCTGCCGCGTTGTTCTGGGGCATTGCCTCGGCATTTGC‑TGCTGCATTCTATACCACCTATCCCTCAACGCTAATTGCCCGCTATGGCACGTTACCAGTCGTCGGCTGGAGTATGCTGATTGGCGGTCTGATTCTGTTGCCTTTTTTTGCCAGCCAAGGAACAAACTTTTTCGTTAACGGCAGTTTGATTT‑TTGCG‑TTTTTTTTTTTTGTGGTC‑ATTg > 1:503619/1‑239 (MQ=255) cgccgctaTTTTCGATTTCGCCTTGCGGGTTGGTCTGGGGCCTTGCCTTGGCATTTGC‑TGCTGCCTTTTATCCCACCTAGCCCTCAACGCTAATTGCCCGCTATGGCACGTTACCAGTCGTCGGCTGGAGTATGCTGATTGGCTGTCTGATTCTGTTGCCTTTTTATGCCAGACAAGGAACAAACTTTGTCGTTAACGGCAGTTTGATTC‑TGGCG‑TTTTTTTATTTGGTGGTC‑ATTGGt < 2:762651/232‑1 (MQ=255) ccaccttctttttggtttctcCTGCCGCTTTGTTCTGGGGCATTGCCTCGGCATTTGC‑TGCTGCATTCTATACCGCCTATCCCTCAACGCTAATTGCCCGCTATGGCACGTTACCAGTCGTCGGCTGGAGTATGCTGATTGGCGGTCTGATTCTGTTGCCTTTTTATGCCAGACAAGGAACAAACTTTGTCGTTAACGGCAGTTTGATTC‑TGGCG‑TTTTTTTATTTGGTGGTC‑ATTGGt < 2:176690/222‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |