| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,011,446 | T→G | 17.4% | G124G (GGT→GGG) | yigM → | putative inner membrane EamA‑like transporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,011,446 | 0 | T | G | 17.4% | 232.5 / 3.5 | 115 | G124G (GGT→GGG) | yigM | putative inner membrane EamA‑like transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (21/66); new base G (23/4); total (45/70) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.76e-08 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 115 total aligned reads displayed.
TTTCTGCGTACCCGTGGCAATAGCCTGAAAACGGTCGGCCTGTATATGCTGGTGGGCGCGATGCAGCTTGGCGTGATGTATATGCTGAGTTTCCGCGCTTATCTCTACCTGACGGTTTCCGAGCTGCTGCTGTTCACCGTGCTGACGCCGCTCTACATCACGCTGATTTATGACATCATGAGTAAGCGCCGTCTGCGCTGGGGCTATGCCTTTAGCGCCTTGCTGGCGGTGATTGGTGCCGGGATTATTCGCTATGATCAG‑GTCACCGACCATTTCTGGACTGGCTTGCTGC‑TGGTGCAACTCTCC‑AATATCACTTTTGCCATTGGCATGGTG‑GGTTAC‑AAACGCCTGATGGAAACTCGCCCGATGCCACAGCATAAC‑GCCTTTGCGTGGTTCTATCTTGGCGCGTTTCTGGTGGCAGTGATTGCATGGTTCTTGCTGGGAAATGCGCAGAAAATGCCGCAAACCACGCTGCA > NC_000913/4011210‑4011682 | tttttgggtgccctgggCAATGGCCTGAAAACGGGTGGCCTGTATATGCTGGGGGGCGCGATGCAGCTTGGCGTGATGTATATGCTGAGTTTCCGCGCTTATCTCTACCTGACGGTTTCCGAGCTGCTGCTGTTCACCGTGCTGACGCCGCTCTACATCACGCTGATTTATGACATCATGAGTAAGCGCCGTCTGCGCTGGGGCTATGCCTTTAGCGCCTTGCTGGCGGTGATTGGTGc < 2:94885/224‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |