Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_000913 | 4,258,626 | A→C | 17.8% | T296P (ACC→CCC) | dinF → | oxidative stress resistance protein, putative MATE family efflux pump, UV and mitomycin C inducible protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 4,258,626 | 0 | A | C | 17.8% | 212.9 / 4.2 | 94 | T296P (ACC→CCC) | dinF | oxidative stress resistance protein, putative MATE family efflux pump, UV and mitomycin C inducible protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (44/29); new base C (7/13); total (52/42) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.42e-02 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
ACATTGCTGATTGGTCTGCTAATGGTGCGTAAAATCCTCAAACT‑ACGCGGAATTTCCGGCG‑AAATGCTGAAAACTGCCTGGCGAGGAAACTTCCGTC‑GC‑TTGCTGGCGCTTAACCGCGATATCATGCTGCGTTCGCTGTTGTTGCAACTCTGTTTCGGCGCGATCACCGTACTTGGCGCGCGACTGGGGAGTGACATTATCGCTGTTAACGCGGTTCTGATGACGCTACTCA‑CCTTTACCGCCTATGCGCTGGATGGTTTTGCCTACGCGGTTGAAGCGCACTCCGGTCAGGCATACGGTGCGCGCGACGGTAGCCAGTTGCTGGATGTCTGGCGGGCAGCGTGCCGCCAGTCGGGGATCGTAGCGTTACTGTTTTCGGTGGTTTATTTGCTGGCTGGGGAACACATCATTGCGTTACTGACGTCGTTAACCCAGATTCAGCAGCTGGCTGACCGCTATCTTA > NC_000913/4258395‑4258857 | actttGCTGGTTGGTTTGCTAAGGGGGCGTAAATTCCTAAACCT‑CCGCGGAATTTCCGGGA‑AAATGCTGAAAACGGCTGGGCGAGGAAACTTCGTGC‑GT‑TTGCGGGCGTTTAACCGCGATATCATGCTGTGTGCGCTGTTGTGGAAACCCTGTTTCGGCGCGTTCCCCGTACTTGGCGCGCGACTGGGGAGTGACATTATCGCTGTTAACGCGGTTCTGATGACGCTACTCA‑CCTTTAc < 2:806681/236‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |