Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
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RA | NC_000913 | 4,434,510 | A→G | 18.6% | intergenic (+16/+113) | ytfH → / ← cpdB | DUF24 family HxlR‑type putative transcriptional regulator/2':3'‑cyclic‑nucleotide 2'‑phosphodiesterase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 4,434,510 | 0 | A | G | 18.6% | 183.6 / 4.7 | 88 | intergenic (+16/+113) | ytfH/cpdB | DUF24 family HxlR‑type putative transcriptional regulator/2':3'‑cyclic‑nucleotide 2'‑phosphodiesterase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (36/33); new base G (11/8); total (47/41) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.96e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
CGGTGGGGTGAGTGAAAAGATGCTTGCGCAGTCGTTACAGGCGTTAGAACAGGATGGTTTTCTTAACCGTATCGCGTATCC‑GGTGGTGCCGCCGCATGTGGAATATAGCCTCACGCCGCTGGGCGAGCAGGTGAGCGAAAAGGTTGCTGCACTGGCGGACTGGATTGAGTTGAATT‑TGCCCGAGGTGTTGGCGGT‑GC‑GG‑GATGAACGTGCGGCATAACTGCCGGAT‑GCGCTGAGCTTATCTGGTCTACGGTGCAT‑GGCTTGTAGGGCGGATAAGATGCGCCAGCATCGCATCCGCCAATAAATGCCGGATGCGGTTGATGATTTATAGGCCGAAAAAGAAGTGTTTTACTTACTCAAATCCACCTGATAAATCGCAAACCCGATATCATCGGTCGCGACTTTATTCATCGGATACTGCCCTTTCTCTTTAATAAACGCTGCGGCTTTATCTGACGGAGAGGTTTCGAAACG > NC_000913/4434278‑4434748 | tggtggggtggGTGAAAAGTTTGTTGCCGAGTCTTTCACGGGGTTAGAACAGGATGGTTTTCTTAACCGTATCGCGTATCC‑GGGGGTGCCGCCGCATGTGGAATATAGCCTCACGCCGCTGGGCGAGCAGGTGAGCGAAAAGGTTGCTGCACTGGCGGACTGGATTGAGTTGAATT‑TGCCCGAGGTGTTGGCGGT‑GC‑GG‑GATGAACGTGCGGCATAACTGCCGGAT‑GCGCTGAGCTTAt < 2:300965/238‑1 (MQ=255) gtggggggTGATTGAAAAGTTGTTTGCGGAGTCGTTACGGGGGTTCGAACAGGGTGGTTTTCTTACCCGTATCGCGTTTCC‑GGTGGTGCCGCCGCATGTGGAATAGAGCCTCACGCCGCTGGGCGAGCAGGTGAGCGAAAAGGTTGCTGCACTGGCGGACTGGATTGAGTTGAATT‑TGCCCGAGGTGTTGGCGGT‑GC‑GG‑GATGAACGTGCGGCATAACTGCCGGAT‑GCGCTGAGCTTAt < 2:843617/235‑1 (MQ=255) gggTGGGGTGAGGTAAAAGGTGCTTGCGCAGTCGTTACAGGCGTTAGAACAGGATGGTTTTCTTAACCGTATCGCGTATCC‑GGTGGTGCCGCCGCATGTGGAATATAGCCTCACGCCGCTGGGCGAGCAGGTGAGCGAAAAGGTTGCTGCACTGGCGGACTGGATTGAGTTGAATT‑TGCCCGAGGTGTTGGCGGT‑GC‑GG‑GATGAACGTGCGGCATAACTGCCGGAT‑GCGCTGAGCTTAt < 1:902852/238‑1 (MQ=255) cGGTGGGGTGAGTGAAAAGATGCTTGCGCAGTCGTTTCAGGCGTTAGAACAGGATGGTTTTCTTAACCGTATCGGGTATCC‑GGTGGTGCCGCCGCATGGGGAATATAGCCTCACGCCGCTGGGCGAGCAGGTGAGCGAAAAGGTTGCTGCACTGGCGGACTGGATTGAGTTGAATT‑TGCCCGAGGTGTTGGCGGT‑GC‑GG‑GATGAACGTGCGGCATAACTGCCGGAT‑GCGCTGAGCTTAt < 1:524934/239‑1 (MQ=255) gaAAAGATGCTTGCGCAGTCGTTACAGGCGTTAGAACAGGATGGTTTTCTTAACCGTATCGCGTATCC‑GGTGGTGCCGCCGCATGTGGAATATAGCCTCACGCCGCTGGGCGAGCAGGTGAGCGAAAAGGTTGCTGCACTGGCGGACTGGATTGAGTTGAATT‑TGCCCGAGGTGTTGGCGGT‑GC‑GG‑GATGAACGTGCGGCATAACTGCCGGAT‑GCGCTGAGCTTATCTGGTCTACGGTg < 1:429260/239‑1 (MQ=255) aaaaGTTGTTTGCGCGTGCGTTTAAGGGTTTAGAACGGGAGTGTTTTCTTAACCGTAGCGCGTATCC‑GGTGGTGCCGCCGAATGTGGAATATAGCCTAACGCCGCTGGGCGAGCAGGTGAGCGAAAAGGTTGCTGCACTGGCGGACTGGATTGAGTTGAATT‑TGCCCGAGGTGTTGGCGGT‑GC‑GG‑GATGAACGTGCGGCATAACTGCCGGAT‑GCGCTGAGCTTATCTGGTCTACGGTGc < 2:321461/239‑1 (MQ=255) aatgATGCTTGCGCAGTCGTTACAGGCGTTAGAACAGGATGGTTTTTTTAACCGTACCGCGTAGCC‑GGTGGTGCCGCCGCATGTGGAATATAGCCTCACGCCGCTGGGCGAGCAGGTGAGCGAAAAGGTTGCTGCACTGGCGGACTGGATTGAGTTGAATT‑TGCCCGAGGTGTTGGCGGT‑GC‑GG‑GATGAACGTGCGGCATAACTGCCGGAT‑GCGCTGAGCTTATCTGGTCTACGGTGc < 1:357114/235‑1 (MQ=255) aaaggtcgttGCGCAGTCGTTACAGGCGTTAGAACAGGATGGTTTTCTTAACCGTATCGCGTATCC‑GGTGGTGCCGCCGCATGTGGAATATAGGCTCGCGCCGCTGGGCGAGCAGGTGAGCGAAAAGGTTGCTGCACTGGCGGACTGGATTGAGTTGAATT‑TGCCCGAGGTGTTGGCGGT‑GC‑GG‑GATGAACGTGCGGCATAACTGCCGGAT‑GCGCTGAGCTTATCTGGTCTACGGTGc < 1:850299/230‑1 (MQ=255) aaaGATGCTTGCGCAGTCGTTACAGGCGTGAGAACAGGATGGTTTTCTTAACCGTATCGCGTATCC‑GGTGGTGCCGCCGCATGTGGAATATAGCCTCACGCCGCTGGGCGAGCAGGTGAGCGAAAAGGTTGCTGCACTGGCGGACTGGATTGAGTTGAATT‑TGCCCGAGGTGTTGGCGGT‑GC‑GG‑GATGAACGTGCGGCATAACTGCCGGAT‑GCGCTGAGCTTATCTGGTCTACGGTGc < 1:814653/238‑1 (MQ=255) aaGATGCTTGCGCGTGCGTTACAGGCGTTAGAACAGGATGGTTTTCTTAACCGTATCGCGTATCC‑GGTGGGGCCGCCGCATGTGGAATATAGCCTCACGCCGCTGGGCGAGCAGGTGAGCGAAAAGGTTGCTGCACTGGCGGACTGGATTGAGTTGAATT‑TGCCCGAGGTGTTGGCGGT‑GC‑GG‑GATGAACGTGCGGCATAACTGCCGGAT‑GCGCTGAGCTTATCTGGTCTACGGTGCAt < 2:621948/239‑1 (MQ=255) cTTGCGCAGTCGTTACAGGCGTTAGAACAGGATGGTTTTCTTAACCGTATCGCGTATCC‑GGTGGTGCCGCCGCATGTGGAATATAGCCTCACGCCGCTGGGCGAGCAGGTGAGCGAAAAGGTTGCTGCACTGGCGGACTGGATTGAGTTGAATT‑TGCCCGAGGTGTTGGCGTG‑GC‑GG‑GGTGAACGGTGGGCATAACGGCCGGAT‑GCGCTGAGCTTATCTgggtccagggggctggcttg > 2:987940/1‑221 (MQ=255) cTTGCGCAGTCGTTACAGGCGTTAGAACAGGATGGTTTTCTTAACCGTATCGCGTATCC‑GGTGGTGCCGCCGCATGTGGAATATAGCCTCACGCCGCTGGGCGAGCAGGTGAGCGAAAAGGTTGCTGCACTGGCGGACTGGATTGAGTTGAATT‑TGCCCGAGGTGTTGGCGGT‑GC‑GG‑GATGAACTGGCGGCCTAACTGCCGGAT‑GCGCTGAGCTTATCTGGTCTACGGTGCAT‑GGCTTg > 1:490476/1‑239 (MQ=255) cTTGCGCAGTCGTTACAGGCGTTAGAACAGGATGGTTTTCTTAACCGTATCGCGTATCC‑GGTGGTGCCGCCGCATGTGGAATATAGCCTCACGCCGCTGGGCGAGCAGGTGAGCGAAAAGGTTGCTGCACTGGCGGACTGGATTGAGTTGAATT‑TGCCCGAGGTGTTGGCGGT‑GC‑GG‑GATGAAAGTGCGGGATAACTGCCGGAT‑TCGCTGGGCTTATCTGGGCTACGGTGCAT‑GGCTTg > 1:194117/1‑239 (MQ=255) gcgcAGTCGTTACAGGCGTTAGAACAGGATGGTTTTCTTAACCGTATCGCGTATCC‑GGTGGTGCCGCCGCATGTGGAATATAGCCTCACGCCGCTGGGCGAGCAGGTGAGCGAAAAGGTTGCTGCACTGGCGGACTGGATTGAGTTGAATT‑TGCCCGAGGTGTTGGCGGT‑GC‑GG‑GATGAACGTGCGGCATAACTGCCGGAT‑GCGCTGAGCTTATCTGGTCTACGGTGCAT‑GGCTTGTAg < 1:708691/239‑1 (MQ=255) gcAGTCGTTACAGGCGTTAGAACAGGATGGTTTTCTTAACCGTAACGCGTATCC‑GGTGGTGCCGCCGCATGTGGAATATAGCCTCACGCCGCTGGGCGAGCAGGTGAGCGAAAAGGTTGCTGCACTGGCGGACTGGATTGAGTTGAATT‑TGCCCGAGGTGTTGGCGGT‑GC‑GG‑GATGAACGTGCGGCATAACTGCCGGAT‑GCGCTGAGCTTATCTGGTCTACGGTGCAT‑GGCTTGTAgg < 1:626870/238‑1 (MQ=255) cggTCGTTACAGGGGTTAGAACCGGGTGTTTTTTTTAACCGTATCGGGTTTCC‑GGGGGTGCCGCCGCATGTGGAATATAGCCTCACGCCGCGGGGCGAGCAGGTGAGCGAAAAGGTTGCTGCACTGGCGGACTGGATTGAGTTGAATT‑TGCCCGAGGTGTTGGCGGT‑GC‑GG‑GATGAACGTGCGGCATAACTGCCGGAT‑GCGCTGAGCTTATCTGGTCTACGGTGCAT‑GGCTTGTAggg < 2:568829/236‑1 (MQ=255) acggcGTTACAGGCGTTAGAACAGGATGGTTTTCTTAACCGTATCGCGTATCC‑GGTGGTTGCGTCGAATGTGGAATATAGCCTCACGGCGCTGGGCGAGCAGGTGAGCGAAAAGGTTGCTGCACTGGCGGACTGGATTGAGTTGAATT‑TGCCCGAGGTGTTGGCGGT‑GC‑GG‑GATGAACGTGCGGCATAACTGCCGGAT‑GCGCTGAGCTTATCTGGTCTACGGTGCAT‑GGCTTGTAggg < 1:972654/234‑1 (MQ=255) tCGTTACAGGCGTTAGAACAGGATGGTTTTCTTAACCGTATCGCGTATCC‑GGTGGTGCCGCCGCATGTGGAATATAGCCTCACGCCGCTGGGCGAGCAGGTGAGCGAAAAGGTTGCTGCACTGGCGGACTGGATTGAGTTGAATT‑TGCCCGAGGTGTTGGCGGT‑GCGGG‑GATGAACGTGCGGCATAACTGCCGGAT‑GCGCTGAGCTTTTCTGGTTTACGGGGCAT‑GGCTTGTAGGGCgg > 1:999349/1‑239 (MQ=255) tCGTTACAGGCGTTAGAACAGGATGGTTTTCTTAACCGTATCGCGTATCC‑GGTGGTGCCGCCGCATGTGGAATATAGCCTCACGCCGCTGGGCGAGCAGGTGAGCGAAAAGGTTGCTGCACTGGCGGACTGGATTGAGTTGAATT‑TGCCCGAGGGGTTGGCGGG‑GC‑GG‑GATGGACGTGCGGCGTAAATGCCGGAT‑GCGTTGGGCTTTTCTGGGCTCCGGTGCCT‑GGGTTTTAggggggg > 2:626870/1‑238 (MQ=255) aCAGGCTTTAGAACAGGATGGTTTTCTTAACCGTACCGCGTATCC‑GGTGGTGCCGCCGCATGTGGAATATAGCCTCACGCCGCTGGGCGAGCAGGTGAGCGAAAAGGTTGCTGCACTGGCGGACTGGATTGAGTTGAATT‑TGCCCGAGGTGTTGGCGGT‑GC‑GG‑GATGAACGTGCGGCATAACTGCCGGAT‑GCGCTGAGCTTATCTGGTCTACGGTGCAT‑GGCTTGTAGGGCGGATAAGa < 1:262509/239‑1 (MQ=255) gTTAGAAGCGGGTGGTTTTTTTAACCGTATCGCGTTCCC‑GGTGGGGCCGCCGCATGGGGAATATAGCCTCACGCCGCTGGGCGAGCAGGTGAGCGAAAAGGTTGCTGCACTGGCGGACTGGATTGAGTTGAATT‑TGCCCGAGGTGTTGGCGGT‑GC‑GG‑GATGAACGTGCGGCATAACTGCCGGAT‑GCGCTGAGCTTATCTGGTCTACGGTGCAT‑GGCTTGTAGGGCGGATAAGATgcgc < 2:235711/238‑1 (MQ=255) gTTAGAACGGTTTGTTTTTTTTAACCGTTTCGCGTTTCC‑GGGGGGGCGGCGGTATGTGGAATATAGCCTCACGCCGCTGGGGGAGCAGGTGAGAGAAAAGGTTGCTGCACTGGCGGACTGGATTGAGTTGAATT‑TGCCCGAGGTGTTGGCGGT‑GC‑GG‑GATGAACGTGCGGCATAACTGCCGGAT‑GCGCTGAGCTTATCTGGTCTACGGTGCAT‑GGCTTGTAGGGCGGATAAGATGCGcc < 2:400265/239‑1 (MQ=255) 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CGGTGGGGTGAGTGAAAAGATGCTTGCGCAGTCGTTACAGGCGTTAGAACAGGATGGTTTTCTTAACCGTATCGCGTATCC‑GGTGGTGCCGCCGCATGTGGAATATAGCCTCACGCCGCTGGGCGAGCAGGTGAGCGAAAAGGTTGCTGCACTGGCGGACTGGATTGAGTTGAATT‑TGCCCGAGGTGTTGGCGGT‑GC‑GG‑GATGAACGTGCGGCATAACTGCCGGAT‑GCGCTGAGCTTATCTGGTCTACGGTGCAT‑GGCTTGTAGGGCGGATAAGATGCGCCAGCATCGCATCCGCCAATAAATGCCGGATGCGGTTGATGATTTATAGGCCGAAAAAGAAGTGTTTTACTTACTCAAATCCACCTGATAAATCGCAAACCCGATATCATCGGTCGCGACTTTATTCATCGGATACTGCCCTTTCTCTTTAATAAACGCTGCGGCTTTATCTGACGGAGAGGTTTCGAAACG > NC_000913/4434278‑4434748 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |