| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 4,480,112 | C→T | 11.7% | L128F (CTC→TTC) | yjgN → | DUF898 family inner membrane protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,480,112 | 0 | C | T | 11.7% | 266.3 / 4.2 | 106 | L128F (CTC→TTC) | yjgN | DUF898 family inner membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (31/60); new base T (9/5); total (41/65) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.99e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.74e-01 | |||||||||||
Only 100 of 110 total aligned reads displayed.
AAATGTAAGCGTTATCTTTATGCTAATATGGAAGTTAACGGACAACGATTTTCTTATGGAATTACCGGTGGGAATGTTTTTGTTAGTTGTCTTTTTTTTGTTTTTTTCTATTTCGCAATCTTAATGACAGTGTCAGCAGATATGCCGCTTGTTGGTTGTGTTTTGACTTTGTTACTGTTGGTTTTGCTTATATTTATGGCAGCAAAAGGAC‑TGCGTCATCAGGCCTTAATGACCAGTCTCAACGGCGTAAGATTTAGTTTTAATTGCTCTATGAAAGGGTTCTGGTGGGTGACCTTTTTCTTGCCGATTTTAATGGCCATTGGGATGGGGACTGTTTTCTTTATCTCGACAAAGATGCTACCTGCCAATAGTTCAAGTAGTGTTATTATATCCATGGTTCTGATGGCAATAGTTGGTATTGTTTCCATTGGTATTTTTAATGGTACTTTATATAGTCTGGTAATGAGTTTT > NC_000913/4479875‑4480345 | aaaTGTAAGCGTTATCTTTATGCTAATATGGAAGTTAACGGTCAACGATTTTCTTATGGAATTACCGGTGGGACTGTTTTTGTTAGTTGTCTTTTTTTTGTTTTTTTCTATTTCGCAATCTTAATGACAGGGTCCGCGTTTATTCCGCTTGTTGGTTGTGTTTTGACTTTGTTATTGTTGGTTTTGCTTAATTTTATGGCAGCAAAAGGAC‑TTCGTCTTCAGGGCTTAATGACCATtc > 2:225141/1‑238 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |