Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 630,187 | A→G | 20.1% | G98G (GGA→GGG) | cstA → | carbon starvation protein involved in peptide utilization, APC peptide transporter family protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 630,187 | 0 | A | G | 20.1% | 154.3 / 5.9 | 76 | G98G (GGA→GGG) | cstA | carbon starvation protein involved in peptide utilization, APC peptide transporter family protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (16/41); new base G (9/9); total (25/51) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 9.57e-02 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
GCTCTGGGATACATTGCTTTAAATCGTGGGGAACAGATCAACGCGCTGTGGATTGTGGTGGCGTCGGTCTGTATCTATCTGATCGCTTACCGTTTTTATGGGCTGTATATCGCCAAAAATGTGCTGGCGGTTGACCCGACGCGTATGACGCCAGCGGTGCGCCATAACGACGGGCT‑GGACTATGTGCCGACGGACAAGAAAGTGCT‑GTTCGGTCACCATTTTGCGGCCATTGCCGGAGCAG‑GTCCGCTGGTGGGGCCGGTAC‑TG‑GC‑GGCGCAAATGGGCTACCTG‑CCGGGGATGATCTGGCTGCTCGCTGGGGTGGTTCTCGCCGGTGCGGTGCAGGATTTCATGGTGCTGTTTGTTTCTACGCGCCGTGACGGTCGCTCGCTGGGTGAGCTGGTCAAAGAAGAGATGGGGCCAACCGCCGGGGTGATTGCGCTGGTGGCCTGCTTTATGATCATGGTCATTATCCTTG > NC_000913/629951‑630419 | gCTCTGGGATACTTTGTTTTAAAGCGTGGGGAACAGAACAACGCGCTGTGGATTGTGGTGGCGTCGGTCTGTATCTATGTGATCGCTTACCGTTTTTATGGGCTGTATATCGCCAAAAATGTGCTGGCGGTTGACCCGACGCGTATGACGCCAGCGGTGCGCCATAACGACGGGCT‑GGACTATGTGCCGACGGGCAAGAAAGTGCT‑GTTCGGTCACCATTTTGCGGCCATTGCCGGAGc < 2:365833/239‑1 (MQ=255) 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GCTCTGGGATACATTGCTTTAAATCGTGGGGAACAGATCAACGCGCTGTGGATTGTGGTGGCGTCGGTCTGTATCTATCTGATCGCTTACCGTTTTTATGGGCTGTATATCGCCAAAAATGTGCTGGCGGTTGACCCGACGCGTATGACGCCAGCGGTGCGCCATAACGACGGGCT‑GGACTATGTGCCGACGGACAAGAAAGTGCT‑GTTCGGTCACCATTTTGCGGCCATTGCCGGAGCAG‑GTCCGCTGGTGGGGCCGGTAC‑TG‑GC‑GGCGCAAATGGGCTACCTG‑CCGGGGATGATCTGGCTGCTCGCTGGGGTGGTTCTCGCCGGTGCGGTGCAGGATTTCATGGTGCTGTTTGTTTCTACGCGCCGTGACGGTCGCTCGCTGGGTGAGCTGGTCAAAGAAGAGATGGGGCCAACCGCCGGGGTGATTGCGCTGGTGGCCTGCTTTATGATCATGGTCATTATCCTTG > NC_000913/629951‑630419 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |