| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 71,877 | A→G | 28.7% | E176G (GAG→GGG) | yabI → | DedA family inner membrane protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 71,877 | 0 | A | G | 28.7% | 117.5 / 9.7 | 73 | E176G (GAG→GGG) | yabI | DedA family inner membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (14/35); new base G (20/3); total (35/38) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.39e-06 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GATAAAACTGAACATGCGTTGCATCAACACAGCATGTTCACCATTCTGGTCGGTCGTTTTGTTGGCCCGACGCGTCCGCTGGTGCCAATGGTGGCGGGAA‑TGCTGGATCTGCCGGTGGCTAAATTTATTACGCCGAATATTATCGGCTGCCTGCTGTGGCCGCCGTTTTACTTCCTGCCAGGGATTCTGGCGGGCG‑CGGCGATCGATATTCCTGCCGGAATG‑CAGAG‑CGG‑TGAGTTTAAATGGTTGCTGCTGGCAA‑CAGC‑GGTGTTTTTGTGGGTTGGTGGCTGGCTGTGCTGGCGGTTATGGCGCA‑‑GCGGTAAAGCGACTGACCGTTTGAGTCATTATTTGTCCCGCGGTCGTTTGTTGTGGCTGACGCCGTTGATTTCTGCCATCG‑GCGTGGTGGCGCTGGTGGTGTTAATTCGCCACCCGTTGATGCCGGTGTATATCGATATTTTGCGTAAAGTGGTTGGGGTTTAG > NC_000913/71645‑72115 | gATAAAACTGAACATGCGTTGCATCAACACAGCATGTTCACCATTCTGGTCGGTCGTTTTGTTGGCCCGACGCGTCCGCTGGTGCCAATGGTGGCGGGAA‑TGCTGGATCTGCCGGTGGCTAAATTTATTACGCCGAATATTATCGGCTGCCTGCTGTGGCCGCCGTTTTACTTCCTGCCAGGGATTCTGGCGGGCG‑CGGCGATCGCAATTCCTGCCGGAATG‑CGGAG‑CGG‑GGGGTTTaa > 1:581658/1‑239 (MQ=255) ctgacctggCGTTGCATCAACCCAGCCGGTTCCCCATTCTGGGCGGTCGTTTTGTTGGCCCGACGCGTCCGCTGGTGCCAATGGTGGCGGGAA‑TGCTGGATCTGCCGGTGGCTAAATTTATTACGCCGAATATTATCGGCTGCCTGCTGTGGCCGCCGTTTTACTTCCTGCCAGGGATTCTGGCGGGCG‑CGGCGATCGATATTCCTGCCGGAATG‑CAGAG‑CGG‑TGAGTTTAAATGGTtg < 1:219131/231‑1 (MQ=255) cTGAACATGCGTTGCATTAAAACAGCATGTTCCCCATTCTGTCCGGTCGTTTTTTTGGCCCGACGCGTCCGCTGGTGCCAATGGTGGCGGGAA‑TGCTGGATCTGCCGGTGGCTAAATTTATTACGCCGAATATTATCGGCTGCCTGCTGTGGCCGCCGTTTTACTTCCTGCCAGGGATTCTGGCGGGCG‑CGGCGATCGATATTCCTGCCGGAATG‑CAGAG‑CGG‑TGAGTTTAAATGGTtg < 1:310680/239‑1 (MQ=255) cTGAACATGCGTTGCATCAACACAGCATGTTCACCATTCTGGTCGGTCGTTTTGTTGGCCCGACGCGTCCGCTGGTGCCAATGGTGGCGGGAA‑TGCTGGATCTGCCGGGGGCTAAATTTATTACGCCGGATATTATCGGCTGGCTGCTGTGGCCGCCGTTTTACTTCCCGCCAGGGATTCTGGCGGGCG‑CGGGGGTCGGGATTTCTTCCGGAATG‑GAGCG‑CGG‑GGGGGTTaaaaaggtg > 2:398388/1‑233 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |