| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 976,672 | T→G | 17.0% | V116G (GTG→GGG) | mukB → | chromosome condensin MukBEF, ATPase and DNA‑binding subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 976,672 | 0 | T | G | 17.0% | 195.4 / 3.1 | 92 | V116G (GTG→GGG) | mukB | chromosome condensin MukBEF, ATPase and DNA‑binding subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (34/38); new base G (14/5); total (49/43) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.88e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GGGGCGGGTAAATCCACCACCATGGCGGCGTTCGTTACGGCGCTGATCCCCGACCTGACCCTGCTGCATTTCCGTAACACTACGGAAGCCGGGGCCACCAGCGGTTCGCGCGATAAAGGTCTGCACGGTAAGCTGAAAGCGGGTGTCTGTTATTCGATGCTCGACACCATTAACTCGCGCCACCAGCGCGTGGTGGTCGGTGTGCGT‑CTGCAACAGGTTGCCGGACGCGATCGTAAAGTGGATATCAAGCCGTTTGCCATTCAGGGACTGCCGATGTCGGTGCAGCCGACACAGCTGGTGACCGAAACCCTGAACGAACGCCAGGCGCGCGTGCTGCCGCTTAACGAGCTGAAAGACAAGCTCGAGGCGATGGAAGGCGTGCAGTTTAAACAGTTCA‑ACTCCATTACTGATTACCACTCGCTGATGTTCGATCTGGGCATCATCGCGCGTCGTCTGCGCTCCGCATCTGACC > NC_000913/976434‑976905 | ggggCTGGTAAACCCCCCACCATGGCGGCTTTCGTTACGGCGCCGATCCCCGACCGGACCCTGCTGCATTTCCGTAACACTACGGAAGCCGGGGCCACCAGCGGTTCGCGCGATAAAGGTCTGCACGGTAAGCTGAAAGCGGGTGTCTGTTATTCGATGCTCGACACCATTAACTCGCGCCACCAGCGCGTGGTGGTCGGTGTGCGT‑CTGCAACAGGTTGCCGGACGCGATCGTAAAGt < 2:492645/239‑1 (MQ=255) 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GGGGCGGGTAAATCCACCACCATGGCGGCGTTCGTTACGGCGCTGATCCCCGACCTGACCCTGCTGCATTTCCGTAACACTACGGAAGCCGGGGCCACCAGCGGTTCGCGCGATAAAGGTCTGCACGGTAAGCTGAAAGCGGGTGTCTGTTATTCGATGCTCGACACCATTAACTCGCGCCACCAGCGCGTGGTGGTCGGTGTGCGT‑CTGCAACAGGTTGCCGGACGCGATCGTAAAGTGGATATCAAGCCGTTTGCCATTCAGGGACTGCCGATGTCGGTGCAGCCGACACAGCTGGTGACCGAAACCCTGAACGAACGCCAGGCGCGCGTGCTGCCGCTTAACGAGCTGAAAGACAAGCTCGAGGCGATGGAAGGCGTGCAGTTTAAACAGTTCA‑ACTCCATTACTGATTACCACTCGCTGATGTTCGATCTGGGCATCATCGCGCGTCGTCTGCGCTCCGCATCTGACC > NC_000913/976434‑976905 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |