| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,159,550 | T→G | 15.6% | T668P (ACC→CCC) | fhuE ← | ferric‑rhodotorulic acid outer membrane transporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,159,550 | 0 | T | G | 15.6% | 200.9 / 4.0 | 97 | T668P (ACC→CCC) | fhuE | ferric‑rhodotorulic acid outer membrane transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (43/34); new base G (13/7); total (56/41) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.13e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TGGGGAGACTAAGGCAGCCAGATGGCTGCCTTTTTTACAGGTGTTATTCAGAATTGATACGTGCCGGTAATGCTGAAATTACGCGGTGTGCCGTAGACGATAGAAC‑CTTCCACGTTGGTATCGTAGGTTTTGTCGAACAGGTTATTGACGTTCCCCTGTAACGAGAAGTTTTTCGTCACCTGGTAGCGGGTGAAGAGATCCACCAGCGC‑GTAGCTACCTTGCTCGGCGCGGAAGGTGCCATACGGCGTCACGGTGTCGGTATACACGCGATTTTGCCAGTTAACACCACCGCCGACCGTCAACTCTGGCATGACAGGCAACCGATAGCTGGTGAACATTTTAACCGTGGTGCGTGGCAGATTAGGATTAACGGCGTTTCCTTCGTTATCCTCTGCAATATAGCGCGTTGCGCCAAATGTCAGCTGCCAGTTGTCGGTAATTGCGCCGTTGAGTTCAAATTCCAC > NC_000913/1159315‑1159778 | tGGGGAGACTAAGGCAGCCAGATGGCTGCCTTTTTTACAGGTGTTATTCAGAATTGATACGTGCCGGTAATGCTGAAATTACGCGGTGTGCCGTAGACGATAGAAC‑CTTCCACGTTGGTATCGTAGGTTTTGTCGAAAAGGTTATTGACGTTCCCCGGTAACGAGAAGTTTTTCGTCACCTGGTAGCGGGTGAAGAGATCCACCCGCGC‑GTGGCTACCTTGCCCGGCGGGGAAGGGGcc > 2:775659/1‑239 (MQ=255)tGGGGAGACTAAGGCAGCCAGATGGCTGCCTTTTTTACAGGTGTTATTCAGAATTGATACGTGCCGGTAATGCTGAAATTACGCGGTGTGCCGTAGACGATAGAAC‑CTTCCACGTTGGTATAGTAGGTTTTGTCGAACAGGTTATTGACGTTCCCCTGTACCGAGTAGTTTTTCGCCCCCTGGAAGCGGGTGAAGAGATCCACCAACGC‑GAACCTACCTTGCCCGGGGCGGAAGGGGcc > 2:282631/1‑239 (MQ=255) ggAGGCTAAGGCCGCCAGATGGTTTCCTTTTTTACAGGTTTTATTCAGAATTGATACGTGCCGGTAATGCTGAAATTACGCGGTGGGCCGTAGACGATAGAAC‑CTTCCACGTTGGTATCGTAGGTTTTGTCGAACAGGTTATTGACGTTCCCCTGTAACGAGAAGTTTTTCGTCACCTGGTAGCGGGTGAAGAGATCCACCAGCGC‑GTAGCTACCTTGCTCGGCGCGGAAGGTGCCATa < 2:889419/239‑1 (MQ=255) aCTAAGGCAGCCAGATGGCTGCCTTTTTTACAGGTGTTATTCAGAATTGATACGTGCCGGTAATGCTGAAATTACGCGGTGTGCCGTAGACGATAGAAC‑CTTCCACGTTTGTATCGTAGGTTTTGTCGAACAGGTTATTGACGTTCCCCTGTAACGAGAAGTTTTTCGTCACCTGGTAGCGGGTGAAGCGATCCACCAGCGC‑GTAGCTACCTTGCTCGGCGCGGAAGGTGCCATACGGc > 1:836121/1‑239 (MQ=255) 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cAGGCAGATGGCTGCCTTTTTTACAGGTGTTATTCAGAATTGATACGTGCCGGTAATGCTGAAATTACGCGGTGTGCCGTAGACGATAGAAC‑CTTCCACGTTGGTATCGTAGGTTTTGTCGAACAGGTTATTGACGTTCCCCTGTAACGAGAAGTTTTTCGTCACCTGGTAGCGGGTGAAGAGATCCACCAGCGC‑GTAGCTACCTTGCTCGGCGCGGAAGGTGCCATACGGCGTCACg < 1:421635/238‑1 (MQ=255) ccAGCTGGCTGCCTTTTTTACAGGTGTTATTCAGAATTGATACGTGCCGGTAATGCTGAAATTACGCGGTGTGCCGTAGACGATAGAAC‑CTTCCACGTTGGTATAGTAGGTTTTGTCGAACAGGTTATTGACGTTCCCCTGTAACGAGAAGTTTTTCGTCACCTGGTAGCGGGTGAAGGAATCCACCAGCGC‑GTAGCTACCTTCCCCGGCGCGGAAGGGGCAATAAGGCGCCAgggagg > 2:672106/1‑236 (MQ=255) ccAGATGGCTGCCTTTTTTACAGGTGTTATTCAGAATTGATACGTGCCGGTAATGCTGAAATTACGCGGTGTGCCGTAGACGATAGAAC‑CTTCCACGTTGGTATCGTAGGTTTTGTCGAACAGGTTATTGACGTTCCCCTGTAACGAGAAGTTTTTCGTCACCTGGTAGCGGGTGAAGAGATCCACCAGCGC‑GTAGCTACCTTGCTCGGCGCGGAAGGGTCCATACGGCGTCACGgtgc > 1:1052111/1‑238 (MQ=255) 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2:311215/1‑238 (MQ=255) aaTTGATACGTGCCGGTAATGCTGAAATTACGCGGTGTGCCGTAGACGATAGAAC‑CTTCAACGTTGGTATAGTAGGTTTTGTCGAACAGGTTATTGACGTTCCCCTGTAACGAGAAGTTTTTCGTCACCTGGTAGCGGGTGAAGAGATCCACCAGCGC‑GTAGCTACCTTGCTCGGCGCGGAAGGTGCCATACGGCGTCACGGTGTCGGTATACACGCGATTTTGCCAGTTAAcaccac > 1:440776/1‑238 (MQ=255) aTACGTGCCGGTAATGCTGAAATTACGCGGTGTGCCGTAGACGATAGAAC‑CTTCCACGTTGGTATCGTAGGTTTTGTCGAACAGGTTATTGACGTTCCCCTGTAACGAGAAGTTTTTCGTCACCTGGTAGCGGGTGAAGAGATCCACCAGCGC‑GTAGCTACCTTGCTCGGCGCGGAAGGTGCCATACGGCGTCACGGTGTCGGTATACACGCGGTTTTGCCAGTTACCACCAcccccg > 1:945573/1‑238 (MQ=255) aTACGTGCCGGTAATGCTGAAATTACGCGGTGTGCCGTAGACGATAGAAC‑CTTCCACGTTGGTATCGTAGGTTTTGTCGAACAGGTTATTGACGTTCCCCTGTAACGAGAAGTTTTTCGTCACCTGGTAGCGGGTGAAGAGATCCACCAGCGC‑GTAGCTACCTTGCTCGGCGCGGAAGGTGCCATACGGCGTCACGGTGTCGGTATACACGCGATTTTGCCAGTTAACACCAccgccg > 1:955478/1‑238 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |