Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 1,244,898 | T→G | 18.3% | S57R (AGT→AGG) | ymgE → | UPF0410 family putative inner membrane protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 1,244,898 | 0 | T | G | 18.3% | 186.3 / 5.2 | 80 | S57R (AGT→AGG) | ymgE | UPF0410 family putative inner membrane protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (15/47); new base G (16/2); total (31/49) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.03e-06 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
GCCTATACTTAGAGCGTTGATGTAAGCATTTCTTGCGTCCGATTCATCGAAACGAGGGCCTGAACATGGGAATTATTGCCTGGATTATTTTTGACCTGATAGCCGGCATTATCGCCAAGCTAATCATGCCGGGGCGTGATGGTGGTGGATTTTTCCTGACCTGTATTCTCGGGATAGTCGGTGCGGTGGTCGGCGGCTGGCTGGCGACCATGTTTGGCATTGGC‑GGCTCCAT‑C‑AGTGGTTTTAATCTGCACAGCTTCCTGGT‑GGCGGTGGTGGGAGCTATTCTCGTTCTGGGCATATTCCGCCTCCTGCGAAGAGAATAAGATTTTCATAAGGCGGA‑TAGCGATACAGATGCCGCTATCCGCTTTCACATCAG‑AACG‑TATACT‑CGACACCTGCTTTACGGGTGAAAAAAATCAATATAGCACTTCGATATCCGATAAAGTCGGTTCCCGGTAACAACAAC > NC_000913/1244663‑1245122 | gCCTATACTTAGAGCGTTGATGTAAGCATTTCTTGCGTCCGATTCATCGAAACGAGGGCCTGAACATGGGAATTATTGCCTGGATTATTTTTGACCTGATAGCCGGCATTATCGCCAAGCTAATCATGCCGGGGCGTGATGGTGGTGGATTTTTCCTGACCTGTATTCTCGGGATAGTCGGTGCGGTGGTCGGCGGCTGGCTGGCGACCATGTTTGGCATTGGC‑GGCCCCAT‑C‑Aggggg > 1:1086126/1‑238 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |