| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,837,435 | T→G | 23.5% | V75G (GTG→GGG) | ynjC → | putative ABC transporter permease |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,837,435 | 0 | T | G | 23.5% | 136.3 / 4.9 | 90 | V75G (GTG→GGG) | ynjC | putative ABC transporter permease |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (19/45); new base G (21/5); total (40/50) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.40e-05 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TGCGCTGGAACAAGAATGGCTACACCGTTACGGTACGCATTAATCTTTTTGCTGTGGGCGATGGTGGCGGTGATTTATGCACCGCTGATCCCGGCAGCTCT‑CACGCTGATATCGCCTGCTTTGTCGTTGACACACTGGCAGGCGTTATTTGCCGATCCACAGTTACCGCAGGCATTACTGGCAACGCTGGTGTCGACAACCATCGCGGC‑GGTCGGGGCATTGTTGATTGCCCTGCTGGTGATTGTGGCGC‑TGTGGCCTGGGCCGAAA‑TGGCAGCG‑TATGTGC‑GCCCGTC‑TGCCGTGGCTG‑CTCG‑CCA‑TT‑CCCCATGTGGC‑TTTTGCCACCAGCGCCCTTCTGCTCTTTGCTGACGGAGGGCTGCTTTATGACTATTTCCCGTATTTCACTCCGCCAATGGACCGATTTGGCATCGGTCTGGGCCTCACCCTTGCAGTGAAAGAAAGCGCATTTCTGCTGTGGATCTTAGCA > NC_000913/1837197‑1837667 | tGCGCTGGAACAAGAATGGCTATACCGTTACGGTACGCATTAATCTTTTTGCTGTGGGCGATGGTGGCGGTGATTTATGCACCGCTGATCCCGGCAGCTCT‑CACGCTGATATCGCCTGCTTTGTCGTTGACACACTGGCAGGCGTTATTTGCCGATCCACAGTTACCGCAGGCATTACTGGCAACGCTGGTGTCGACAACCATCGCGGC‑GGTCGGGGCATTGTTGATTGCCCTGCTGGt < 1:606958/239‑1 (MQ=255) gAAAAAGAATGGCTACCCCTTTCCGGTACGCATTAATCTTTTTGCTGTGGGCGATGGTGGCGGTTATTTAGGCACCGCTGATCCCGGCAGCTCT‑CACGCTGATCTCGCCTGCTTTGTCGTTGACACACTGGCAGGCGTTATTTGCCGATCCACAGTTACCGCAGGCATTACTGGCAACGCTGGTGTCGACAACCATCGCGGC‑GGTCGGGGCATTGTTGATTGCCCTGCTGGTGATtgtg < 2:360226/239‑1 (MQ=255) aaaCAAGGATGGCTTAGGCGTTACTGTTCGCATTGCGTGTTTTGCTGTTGGCGGGGGGGGCGGTTATTTATGCCCCGCTGATCCCTGTAGCTGC‑ACCGCGTATGTCGCCTGGTTTGGCGTTGACACACTGGAAGGCGTGATTTGACGATGCACAGTTACCGCAGGCATTACTGTCAACGCTGGTGTCGACAACCATCGCGGC‑GGTCGGGGCATTGTTGATTGCCCTGCTGGTGATtgtg < 2:1244/238‑1 (MQ=255) aGAATGGCTACACCGTTACGGTACGCATTAATCTTTTTGCTGTGGGCGATGGTGGCGGTGATTTATGCACCGCTGATCCCGGCAGCTCT‑CACGCTGATATCGCCTGCTTTGTCGTTGACACACTGGCAGGCGTTATTTTCCGATCCACAGTTACCGCAGGCATTACTGGCAACGCTGGGGTCGACAACCATCGCGGC‑GGGCGGGGCCTTGTTGGTTTGCCCGCTGGGGATTTTGgggcg > 1:466880/1‑238 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |