| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | 2514275 = | NA (NA) | 3 (0.030) | 3/424 | NT | 3.9% | intergenic (+33/‑54) | nupC/insL1 | nucleoside (except guanosine) transporter/IS186 transposase |
| ? | NC_000913 | = 2536318 | 74 (0.740) | coding (487/510 nt) | crr | glucose‑specific enzyme IIA component of PTS | |||||
CTCTCCGCGTGCTGAAGGCATCATCTCTGTGTTCCTGGTTTCCTTCGCTAACTTCTCTTCAATCGGGATTATCGCAGGTGCAGTTAAAGGCCTGAATGAAGAGCAAGGTAACGTGGTTTCTCGCTTCGGTCTGAAGCTGGTTTACGGCTCTACCCTGGTGAGTGTGCTGTCTGCGTCAATCGCAGCACTGGTGCTGTAAGACCATACATAAAAAAGCCGGGGATAATTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTCACGATAACTGGTCAGCAATTCTGGCCCATATTGGTAAGCCCGAAGAACTGGATACTTCGGCACGTAATGCCGGGGCTCTAACCCGCCGCCGCGAAATTCGTGATGCTGCAACTCTGCTACGTCTGGGGCTGGCTTACGGCCCCGGGGGGATGTCATTACGTGAAGT > NC_000913/2514044‑2514507 | ctctcCTCGTGCTGAAGGAATCATGTCTGTGGTCCTTGTTTCCTTCGCTAACTGCTCTTCAATCGGGATTATCGCAGGTGCAGTTAAAGGCCTGAATGAAGAGCAAGGTAACTTGTTTTCTCGCTTCGGTCTGAAGCTGGTTTACGGCTCTTCCCTGGTGAGTGTGCTGTCTGCGTCAATCGCAGCACTGGTGCTGTAAGACCATACAGAAAAAAGCCGGGGATAATTCCCATAAgcgc < 2:845736/239‑1 (MQ=255)ctctcCGCGTGCTGAATGTATCATCTCTGTGTTCCTGGTTTCCTTCGCTAACTTCTCTTCAATCGGGATTATCGCAGGTGCAGTTAAAGGCCTGAATGAAGAGCAAGTTAACGTGGTTTCTCGCTTCGGTCTGAATCTGGTTTACGGCTCTACCCTGGTGAGTGTGCTGTCTGCGTCAATCGCAGCACTGGTGCTGTAAGACCATACATAAAAAAGCCGGGGATAATTCCCATAAgcgc 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(MQ=255) atacataAAAAAGCCGGGGATAATTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTCACGATAACTGGTCAGCAATTCTGGCCCATATTgg < 1:370808/129‑1 (MQ=255) atacataAAAAAGCCGGGGATAATTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTCACGATAACTGGTCAGCAATTCTGGCCCATATTGGTAAGCCCGAAGAACTGGATACTTCGGCACGTAATGCCGGGGCTCTAACCCGCCGCCGCGAAATTCGTGATGCTGCAACTCTGCTACGTCTGGGGCTGGCTTACGGCCCCg > 2:564905/1‑239 (MQ=39) atacataAAAAAGCCGGGGATAATTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTCACGATAACTGGTCAGCAATTCTGGCCCATATTGGTAAGCCCGAAGAACTGGATACTTCGGCACGTAATGCCGGGGCTCTAACCCGCCGCCGCGAAATTCGTGATGCTGCAACTCTGCTACGTCTGGGGCTGGCTTACGGCCCCg > 1:805521/1‑239 (MQ=39) tacataAAAAAGCCGGGGATAATTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTCACGATAACTGGTCAGCAATTCTGGCCCATATTGGTAAGCCCGAAGAACTGGATGCTTCGGCACGTAATGCCGGGGCTCTAACCCGCCGCCGCGAAATTCGTGATGCTGCAACTCTGCTACGGCTGGGGCTGGCTTACGGCCCCgg < 1:159121/239‑1 (MQ=255) 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CTCTCCGCGTGCTGAAGGCATCATCTCTGTGTTCCTGGTTTCCTTCGCTAACTTCTCTTCAATCGGGATTATCGCAGGTGCAGTTAAAGGCCTGAATGAAGAGCAAGGTAACGTGGTTTCTCGCTTCGGTCTGAAGCTGGTTTACGGCTCTACCCTGGTGAGTGTGCTGTCTGCGTCAATCGCAGCACTGGTGCTGTAAGACCATACATAAAAAAGCCGGGGATAATTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTCACGATAACTGGTCAGCAATTCTGGCCCATATTGGTAAGCCCGAAGAACTGGATACTTCGGCACGTAATGCCGGGGCTCTAACCCGCCGCCGCGAAATTCGTGATGCTGCAACTCTGCTACGTCTGGGGCTGGCTTACGGCCCCGGGGGGATGTCATTACGTGAAGT > NC_000913/2514044‑2514507 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 17 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |